La data de 9 decembrie2012 a câștigat funcția de deputat de Prahova pe listele USL. În cadrul activității sale Parlamentare, Sebastian-Aurelian Ghiță a fost membru în grupul parlamentar de prietenie cu Regatul Unit al Marii Britanii și Irlandei de Nord.
Între august 2016 și februarie 2017 a fost membru PRU.[5]
În anul 2002 a fost trimis în judecată în dosarul „Tracia – Asesoft”, fiind acuzat de complicitate la înșelăciune și fals în declarații, în legătură cu mai multe tranzacții petroliere care au dus la prejudicierea bugetului de stat cu 20 de miliarde de lei vechi[6].
Pe 3 martie 2016 Curtea de Apel București a constatat definitiv intervenirea prescripției în acest dosar, Sebastian Ghiță scăpând de acuzații.[6][7][8]
Este cercetat penal în mai multe dosare fiind acuzat de spălare de bani, folosire de informații confidențiale, șantaj, mită, cumpărare de influență, conducere fără permis, și i s-a stabilit o cauțiune de 13 milioane de euro[9].
În septembrie 2016, Sebastian Ghiță s-a autodenunțat la Parchet: „Am participat la măsluirea raportului de expertiză privind teza de doctorat a Codruței Kövesi”.[10][11][12][13][14][15][16]
Fostul deputat Sebastian Ghiță, aflat sub control judiciar și cu interdicție de a părăsi țara, a fost văzut ultima oară în public în seara zilei de luni, 19 decembrie 2016, la o reuniune de bilanț a SRI cu parlamentarii care au făcut parte din Comisia de Control din Parlament.[17] La o săptămână după această dispariție, la postul de televiziune deținut de Sebastian Ghiță, România TV, au început să fie difuzate o serie de înregistrări nedatate, înregistrări în care acesta aducea acuzații grave la adresa procurorului șef al DNA, Laura Codruța Kövesi, respectiv a generalului SRI Florian Coldea. Acesta din urmă a și fost demis în urma respectivelor dezvăluiri.
Pe 14 aprilie 2017, autoritățile sârbe și române au anunțat reținerea lui Sebastian Ghiță de către poliția din Belgrad. După o lună și jumătate a fost eliberat din arestul preventiv și menținut în arest la domiciliu, pentru o cauțiune de 200.000 de euro. [18]