Hans arbeten präglas av en djup religiös livshållning. Inspirationen är hämtad från den franske skulptören Auguste Rodin och gotisk skulptur men har även tydliga likheter med Carl Milles. John Lundqvist ägnade sig huvudsakligen åt kyrkliga skulpturutsmyckningar, som Uppståndelsemonumentet vid Heliga Korsets kapell på Skogskyrkogården i Stockholm. Lundqvist har även gjort krucifixets förgyllda Kristusfigur inne i kapellet.[6]
Andra berömda verk är Uppståndelsen (Nationalmuseum) och Orfeus, förstudier till Uppståndelsemonumentet, krucifix för svenska kyrkan i Paris (1926), Job (kalkstensskulptur, Nationalmuseum)[7], Två människor (1923) samt fontänkompositionen Forskarlen (1933, för Laholms stad).[8] Lundqvist utförde även en bronsbyst över borgarrådetYngve Larsson (ansvarig för Skogskyrkogården) som återfinns på 3:e våningen i Stockholms stadshus.[9]
^Andreas Beyer & Bénédicte Savoy (red.), Artists of the World Online, K.G. Saur Verlag och Walter de Gruyter, 2009, 10.1515/AKL, Artists of the World konstnärs-ID: 00052294.[källa från Wikidata]
^Konstnärslistan (Nationalmuseum), 12 februari 2016, läs online, läst: 28 februari 2016.[källa från Wikidata]
^I Tingshusparken finns Konsthallen där entrédörrarna har bronsreliefer (1949) av Lundqvist och på väggen finns en bronsplatta av Lundqvist med texten: "På denna plats höllos ting under åren 1882-1945. Här lagfors Alfred Nobels testamente år 1897."