Tiểu phần lớn ở nhân thực (60S)

Các hạt ribosome được phân biệt theo hệ số lắng của chúng với đơn vị là Svedberg (S). Tiểu phần 60S là tiểu đơn vị lớn của ribosome 80S của sinh vật nhân chuẩn. Tiểu phần này có cấu trúc và chức năng liên quan đến tiểu phần 50S của ribosome 70S ở bọn nhân sơ.[1][2][3][4][5][6] Tuy nhiên, tiểu đơn vị 60S là lớn hơn nhiều so với tiểu đơn vị 50S của nhân sơ và chứa nhiều phân đoạn protein bổ sung, cũng như các đoạn mở rộng ARN ribosome.

Cấu trúc chung

[sửa | sửa mã nguồn]

Đặc điểm đặc trưng của tiểu đơn vị lớn, được hiển thị bên dưới trong "Crown View", bao gồm một vùng lồi lên ở trung tâm (CP) và hai nhánh hai bên, được đặt tên theo thành phần protein vi khuẩn của chúng (nhánh L1 ở bên trái như được thấy từ mặt trong tiểu đơn vị và nhánh L7 / L12 ở bên phải). Có ba vị trí cho tRNA gắn vào, là miền A, miền P và miền E (xem bài viết về Dịch mã để biết chi tiết). Lõi của tiểu đơn vị 60S được hình thành bởi RNA ribosome 28S (viết tắt là 28S rRNA), tương đồng với rRNA 23S ở nhân sơ, cũng góp phần vào vị trí hoạt động (lõi của peptidyl transferase, PTC) của ribosome.[2][4] rRNA lõi được đi kèm với hàng chục protein. Trong hình "Cấu trúc tinh thể của tiểu đơn vị ribosome nhân thực 60S từ T. thermophila", lõi rRNA được biểu diễn là một dải màu xám và các đoạn mở rộng được thể hiện bằng màu đỏ. Protein có tương đồng ở cả sinh vật nhân chuẩn, vi sinh vật cổ và vi khuẩn được thể hiện là dải màu xanh. Protein chỉ được giống nhau giữa các sinh vật nhân chuẩn và vi sinh vật cổ được thể hiện là các dải màu cam và các protein đặc trưng cho sinh vật nhân chuẩn được biểu hiện là các dải màu đỏ.

Cấu trúc tinh thể của tiểu phần ribosome 60S ở sinh vật nhân thực từ T. thermophila
  • Tiểu phần 60S nhìn từ mặt trong tiểu phần, PDB chỉ ra 4A17, 4A19
    Tiểu phần 60S nhìn từ mặt trong tiểu phần, PDB chỉ ra 4A17, 4A19
  • Tiểu phần 60S nhìn từ mặt tiếp xúc với dung môi, PDB chỉ ra 4A17, 4A19
    Tiểu phần 60S nhìn từ mặt tiếp xúc với dung môi, PDB chỉ ra 4A17, 4A19

Các protein ribosome của tiểu phần 60S

[sửa | sửa mã nguồn]

Bảng "Protein ribosome 60S" cho thấy các nếp gấp protein riêng lẻ của tiểu đơn vị 60S vẫn sử dụng mã màu như trên. Các phần mở rộng cụ thể của sinh vật nhân thực, từ một vài chuỗi bên hoặc vòng lặp đến các xoắn alpha rất dài và các miền bổ sung, đều được đánh dấu bằng màu đỏ.[2]

Trong lịch sử, các thuật ngữ khác nhau đã được sử dụng cho các protein ribosome. Ví dụ, các protein đã được đánh số theo tính chất di chuyển của chúng trong các thí nghiệm điện di gel. Do đó, các tên gọi khác nhau có thể chỉ các protein tương đồng từ các sinh vật khác nhau, trong khi các tên giống hệt nhau lại không nhất thiết biểu thị các protein giống nhau. Bảng "Protein ribosome 60S" liên kết chéo các tên protein ribosome của con người mà tương đồng ở nấm men, vi khuẩn và vi sinh vật cổ.[7] Thông tin thêm có thể được tìm thấy trong cơ sở dữ liệu gen protein ribosome (RPG).[7]

Protein ribosome 60S
Cấu trúc (Nhân thực)[8] H. sapiens[7][9] amino acid[10] Bảo thủ[11] S. cerevisiae[12] Tương đồng ở Vi khuẩn (E. coli) Tương đồng ở Vi sinh vật cổ
RPLP0 318 EAB P0 L10 L10
RPL3 404 EAB L3 L3 L3
RPL4 428 EAB L4 L4 L4
RPL5 298 EAB L5 L18 L18p
RPL6 289 E L6 n/a n/a
RPL7 254 EAB L7 L30 L30
RPL7A 267 EA L8 n/a L7Ae
RPL8 258 EAB L2 L2 L2
RPL9 193 EAB L9 L6 L6
RPL10 215 EAB L10 L16 L10e
RPL11 EAB L11 L5 L5
RPL13 EA L13 n/a L13e
RPL13A 204 EAB L16 L13 L13
RPL14 221 EA L14 n/a L14e
RPL15 205 EA L15 n/a L15e
RPL17 185 EAB L17 L22 L22
RPL18 189 EA L18 n/a L18e
RPL18A 177 EA L20 n/a Lx
RPL19 197 EA L19 n/a L19
RPL21 161 EA L21 n/a L21e
RPL22 129 E L22 n/a n/a
RPL23 141 EAB L23 L14 L14p
RPL23A 157 EAB L25 L23 L23
RPL24 158 EA L24 n/a L24e
RPL26 146 EAB L26 L24 L24
RPL27 137 E L27 n/a n/a
RPL27A 149 EAB L28 L15 L15
RPL28 E n/a[2][3][13] n/a n/a
RPL29 E L29 n/a n/a
RPL30 116 EA L30 n/a L30e
RPL31 126 EA L31 n/a L31e
RPL32 136 EA L32 n/a L32e
RPL34 118 EA L34 n/a L34e
RPL35 124 EAB L35 L29 L29
RPL35A EA L33 n/a L35Ae
RPL36 106 E L36 n/a n/a
RPL36A 107 EA L42 n/a L44e
RPL37 98 EA L37 n/a L37e
RPL37A EA L43 n/a L37Ae
RPL38 EA L38 n/a L38e
RPL39 52 EA L39 n/a L37Ae
RPL40 129 EA L40 n/a L40e

Xem thêm

[sửa | sửa mã nguồn]

Tham khảo

[sửa | sửa mã nguồn]
  1. ^ MeSH 60S+Ribosome+Subunits
  2. ^ a b c d Klinge, S; Voigts-Hoffmann, F; Leibundgut, M; Arpagaus, S; Ban, N (2011). “Crystal structure of the eukaryotic 60S ribosomal subunit in complex with initiation factor 6”. Science. 334 (6058): 941–8. doi:10.1126/science.1211204. PMID 22052974.
  3. ^ a b Ben-Shem, A; Garreau; de Loubresse, N; Melnikov, S; Jenner, L; Yusupova, G; Yusupov, M (tháng 12 năm 2011). “The structure of the eukaryotic ribosome at 3.0 Å resolution”. Science. 334 (6062): 1524–9. doi:10.1126/science.1212642. PMID 22096102.
  4. ^ a b Ban, N; Nissen, P; Hansen, J; Moore, PB; Steitz, TA (tháng 8 năm 2000). “The complete atomic structure of the large ribosomal subunit at 2.4 A resolution”. Science. 289 (5481): 905–20. doi:10.1126/science.289.5481.905. PMID 10937989.
  5. ^ Cate, JH; Yusupov, MM; Yusupova, GZ; Earnest, TN; Noller, HF (tháng 9 năm 1999). “X-ray crystal structures of 70S ribosome functional complexes”. Science. 285 (5436): 2095–104. doi:10.1126/science.285.5436.2095. PMID 10497122.
  6. ^ Yusupov, MM; Yusupova, GZ; Baucom, A; Lieberman, K; Earnest, TN; Cate, JH; Noller, HF (tháng 5 năm 2001). “Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution”. Science. 292 (5518): 883–96. doi:10.1126/science.1060089. PMID 11283358.
  7. ^ a b c Nakao, A; Yoshihama, M; Kenmochi, N (2004). “RPG: the Ribosomal Protein Gene database”. Nucleic Acids Res. 32: D168–70. doi:10.1093/nar/gkh004. PMC 308739. PMID 14681386.
  8. ^ Structure of the T. thermophila,' proteins from the structures of the large subunit PDBS 417, 4A19
  9. ^ Nomenclature according to the ribosomal protein gene database, applies to H. sapiens and T. thermophila
  10. ^ Yoshihama, Maki; Uechi, Tamayo; Asakawa, Shuichi; Kawasaki, Kauhiko (2002). “The Human Ribosomal Protein Genes: Sequencing and Comparative Analysis of 73 Genes”. Genome Research. 12: 379–390. doi:10.1101/gr.214202. PMC 155282. PMID 11875025.
  11. ^ EAB means conserved in eukaryotes, archaea and bacteria, EA means conserved in eukaryotes and archaea and E means eukaryote-specific protein
  12. ^ Traditionally, ribosomal proteins were named according to their apparent molecular weight in gel electrophoresis, leading to different names for homologous proteins from different organisms. The RPG offers a unified nomenclature for ribosomal protein genes based on homology.
  13. ^ RPL28 has no detectable homolog in yeast

Liên kết ngoài

[sửa | sửa mã nguồn]

Bản mẫu:Ribosome subunits