Tiểu phần lớn ở nhân thực (60S)

Các hạt ribosome được phân biệt theo hệ số lắng của chúng với đơn vị là Svedberg (S). Tiểu phần 60S là tiểu đơn vị lớn của ribosome 80S của sinh vật nhân chuẩn. Tiểu phần này có cấu trúc và chức năng liên quan đến tiểu phần 50S của ribosome 70S ở bọn nhân sơ.^{[1][2][3][4][5][6]} Tuy nhiên, tiểu đơn vị 60S là lớn hơn nhiều so với tiểu đơn vị 50S của nhân sơ và chứa nhiều phân đoạn protein bổ sung, cũng như các đoạn mở rộng ARN ribosome.

Cấu trúc chung

Đặc điểm đặc trưng của tiểu đơn vị lớn, được hiển thị bên dưới trong "Crown View", bao gồm một vùng lồi lên ở trung tâm (CP) và hai nhánh hai bên, được đặt tên theo thành phần protein vi khuẩn của chúng (nhánh L1 ở bên trái như được thấy từ mặt trong tiểu đơn vị và nhánh L7 / L12 ở bên phải). Có ba vị trí cho tRNA gắn vào, là miền A, miền P và miền E (xem bài viết về Dịch mã để biết chi tiết). Lõi của tiểu đơn vị 60S được hình thành bởi RNA ribosome 28S (viết tắt là 28S rRNA), tương đồng với rRNA 23S ở nhân sơ, cũng góp phần vào vị trí hoạt động (lõi của peptidyl transferase, PTC) của ribosome.^[2][4] rRNA lõi được đi kèm với hàng chục protein. Trong hình "Cấu trúc tinh thể của tiểu đơn vị ribosome nhân thực 60S từ T. thermophila", lõi rRNA được biểu diễn là một dải màu xám và các đoạn mở rộng được thể hiện bằng màu đỏ. Protein có tương đồng ở cả sinh vật nhân chuẩn, vi sinh vật cổ và vi khuẩn được thể hiện là dải màu xanh. Protein chỉ được giống nhau giữa các sinh vật nhân chuẩn và vi sinh vật cổ được thể hiện là các dải màu cam và các protein đặc trưng cho sinh vật nhân chuẩn được biểu hiện là các dải màu đỏ.

Cấu trúc tinh thể của tiểu phần ribosome 60S ở sinh vật nhân thực từ T. thermophila

• 
  Tiểu phần 60S nhìn từ mặt trong tiểu phần, PDB chỉ ra 4A17, 4A19
• 
  Tiểu phần 60S nhìn từ mặt tiếp xúc với dung môi, PDB chỉ ra 4A17, 4A19

Các protein ribosome của tiểu phần 60S

Bảng "Protein ribosome 60S" cho thấy các nếp gấp protein riêng lẻ của tiểu đơn vị 60S vẫn sử dụng mã màu như trên. Các phần mở rộng cụ thể của sinh vật nhân thực, từ một vài chuỗi bên hoặc vòng lặp đến các xoắn alpha rất dài và các miền bổ sung, đều được đánh dấu bằng màu đỏ.^[2]

Trong lịch sử, các thuật ngữ khác nhau đã được sử dụng cho các protein ribosome. Ví dụ, các protein đã được đánh số theo tính chất di chuyển của chúng trong các thí nghiệm điện di gel. Do đó, các tên gọi khác nhau có thể chỉ các protein tương đồng từ các sinh vật khác nhau, trong khi các tên giống hệt nhau lại không nhất thiết biểu thị các protein giống nhau. Bảng "Protein ribosome 60S" liên kết chéo các tên protein ribosome của con người mà tương đồng ở nấm men, vi khuẩn và vi sinh vật cổ.^[7] Thông tin thêm có thể được tìm thấy trong cơ sở dữ liệu gen protein ribosome (RPG).^[7]

Protein ribosome 60S

Cấu trúc (Nhân thực)[8]	H. sapiens[7][9]	amino acid[10]	Bảo thủ[11]	S. cerevisiae[12]	Tương đồng ở Vi khuẩn (E. coli)	Tương đồng ở Vi sinh vật cổ
	RPLP0	318	EAB	P0	L10	L10
	RPL3	404	EAB	L3	L3	L3
	RPL4	428	EAB	L4	L4	L4
	RPL5	298	EAB	L5	L18	L18p
	RPL6	289	E	L6	n/a	n/a
	RPL7	254	EAB	L7	L30	L30
	RPL7A	267	EA	L8	n/a	L7Ae
	RPL8	258	EAB	L2	L2	L2
	RPL9	193	EAB	L9	L6	L6
	RPL10	215	EAB	L10	L16	L10e
	RPL11		EAB	L11	L5	L5
	RPL13		EA	L13	n/a	L13e
	RPL13A	204	EAB	L16	L13	L13
	RPL14	221	EA	L14	n/a	L14e
	RPL15	205	EA	L15	n/a	L15e
	RPL17	185	EAB	L17	L22	L22
	RPL18	189	EA	L18	n/a	L18e
	RPL18A	177	EA	L20	n/a	Lx
	RPL19	197	EA	L19	n/a	L19
	RPL21	161	EA	L21	n/a	L21e
	RPL22	129	E	L22	n/a	n/a
	RPL23	141	EAB	L23	L14	L14p
	RPL23A	157	EAB	L25	L23	L23
	RPL24	158	EA	L24	n/a	L24e
	RPL26	146	EAB	L26	L24	L24
	RPL27	137	E	L27	n/a	n/a
	RPL27A	149	EAB	L28	L15	L15
	RPL28		E	n/a[2][3][13]	n/a	n/a
	RPL29		E	L29	n/a	n/a
	RPL30	116	EA	L30	n/a	L30e
	RPL31	126	EA	L31	n/a	L31e
	RPL32	136	EA	L32	n/a	L32e
	RPL34	118	EA	L34	n/a	L34e
	RPL35	124	EAB	L35	L29	L29
	RPL35A		EA	L33	n/a	L35Ae
	RPL36	106	E	L36	n/a	n/a
	RPL36A	107	EA	L42	n/a	L44e
	RPL37	98	EA	L37	n/a	L37e
	RPL37A		EA	L43	n/a	L37Ae
	RPL38		EA	L38	n/a	L38e
	RPL39	52	EA	L39	n/a	L37Ae
	RPL40	129	EA	L40	n/a	L40e

Xem thêm

• Tiểu phần nhỏ ở nhân thực (40S)

Tham khảo

1. MeSH 60S+Ribosome+Subunits
2. ^ Klinge, S; Voigts-Hoffmann, F; Leibundgut, M; Arpagaus, S; Ban, N (2011). “Crystal structure of the eukaryotic 60S ribosomal subunit in complex with initiation factor 6”. Science. 334 (6058): 941–8. doi:10.1126/science.1211204. PMID 22052974.
3. ^ Ben-Shem, A; Garreau; de Loubresse, N; Melnikov, S; Jenner, L; Yusupova, G; Yusupov, M (tháng 12 năm 2011). “The structure of the eukaryotic ribosome at 3.0 Å resolution”. Science. 334 (6062): 1524–9. doi:10.1126/science.1212642. PMID 22096102.
4. ^ Ban, N; Nissen, P; Hansen, J; Moore, PB; Steitz, TA (tháng 8 năm 2000). “The complete atomic structure of the large ribosomal subunit at 2.4 A resolution”. Science. 289 (5481): 905–20. doi:10.1126/science.289.5481.905. PMID 10937989.
5. Cate, JH; Yusupov, MM; Yusupova, GZ; Earnest, TN; Noller, HF (tháng 9 năm 1999). “X-ray crystal structures of 70S ribosome functional complexes”. Science. 285 (5436): 2095–104. doi:10.1126/science.285.5436.2095. PMID 10497122.
6. Yusupov, MM; Yusupova, GZ; Baucom, A; Lieberman, K; Earnest, TN; Cate, JH; Noller, HF (tháng 5 năm 2001). “Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution”. Science. 292 (5518): 883–96. doi:10.1126/science.1060089. PMID 11283358.
7. ^ Nakao, A; Yoshihama, M; Kenmochi, N (2004). “RPG: the Ribosomal Protein Gene database”. Nucleic Acids Res. 32: D168–70. doi:10.1093/nar/gkh004. PMC 308739. PMID 14681386.
8. Structure of the T. thermophila,' proteins from the structures of the large subunit PDBS 417, 4A19
9. Nomenclature according to the ribosomal protein gene database, applies to H. sapiens and T. thermophila
10. Yoshihama, Maki; Uechi, Tamayo; Asakawa, Shuichi; Kawasaki, Kauhiko (2002). “The Human Ribosomal Protein Genes: Sequencing and Comparative Analysis of 73 Genes”. Genome Research. 12: 379–390. doi:10.1101/gr.214202. PMC 155282. PMID 11875025.
11. EAB means conserved in eukaryotes, archaea and bacteria, EA means conserved in eukaryotes and archaea and E means eukaryote-specific protein
12. Traditionally, ribosomal proteins were named according to their apparent molecular weight in gel electrophoresis, leading to different names for homologous proteins from different organisms. The RPG offers a unified nomenclature for ribosomal protein genes based on homology.
13. RPL28 has no detectable homolog in yeast

Liên kết ngoài

• Cơ sở dữ liệu Gen Protein Ribosome (RPG)

Bản mẫu:Ribosome subunits