Estoniya tarixi — estonların yaşadığı Baltik dənizinin şərq sahillərindən başlayır. Estonlar tarixən Tevton ordeni ilə yaxından əməkdaşlıq etmiş Livoniya ordeni və Hanza ittifaqı kimi birliklərin fəaliyyətində yaxından iştirak etmişlər.
Estonlar eradan əvvəl Ural dağının ətəklərindən başlayaraq, indiki yaşadıqları ərazilərə doğru hərəkət etməyə başlamışdılar. Estonlar tarixi baxımdan Macarlar və Finlərlə yaxın münasibətlərdə olmuşlar. Estoniya sözünün dünya dillərində bu gündə işlədilən Eastern sözündən yarandığı ehtimal edilir. Şərq mənasını bildirən bu söz Eston xalqının Baltik dənizinin şərqində yaşadığını göstərirdi. Estonlar Baltik dənizinin şərqində yerləşən limanlarda XV əsrdən etibarən yaşamağa başlamışdılar. Estonlar Avropada Xristianlıq dinini ən geç qəbul etmiş xalqlardandır. XII əsrdə Baltik dənizinin şərq sahillərində ticarət fəaliyyəti ilə məşğul olmuş Almanların qədim nəsilləri yerli xalqı Xristianlıq dininə dəvət etmişdilər. Estonların yeni dinə maraq göstərmədiklərini və dini qəbul etməkdən imtina etdiklərini gördükdə, Roma Papası vəziyyət barədə məlumatlandırılmışdır. Roma Papası Estonlar üzərinə hərbi qoşun göndərmişdir. Bu şəkildə estonların xristianlıqı qəbul etməməyə qarşı olan müqavimətləri qırılmışdır. XII əsrdə Tevton ordeninin nümayəndələri Estoniya və Latviya ərazilərində Livoniya ordeni adlı orden yaratmışdılar. XIV əsrin əvvələrində Tallin şəhəri başda olmaqla bir sıra Estoniya şəhərləri Hanza ittifaqına qatılmışdılar. Estoniya XVI əsrin ortalarına qədər əslən Alman olan ailələr tərəfindən idarə edilmişdir.
1517-ci ildə Avropada başlayan Protestantlıq hərəkatının təsir etdiyi ölkələrdən biridə Estoniya olmuşdur. 1524-cü ildə Estonların böyük bir qismi Protestantlıq məzhəbini qəbul etmişdilər. 1558 və 1582-ci illəri əhatə etmiş Livoniya müharibəsi Estoniya tarixində dərin iz bıraxmışdır. Müharibədə Rusiya imperiyasının məğlub olması nəticəsində Estoniyanın şimal hissəsi İsveç imperiyasının nəzarəti altına keçmişdir. Estoniya müharibə nəticəsində cənub ərazilərində böyük hissəsini itirmişdir. Cənub ərazilərdə Reç Pospolita dövləti tərəfindən işğal edilmişdir. 1625-ci ildən etibarən Estoniya tam olaraq İsveçin himayəsinə keçmişdir. Şimal müharibəsi (1700-1721) döyüşünün başlanma səbəbi I Pyotrun Baltik dənizində Rusiya imperiyasının mövqeyini gücləndirmək məqsədi ilə İsveçlə olan anlaşılmazlıqlar səbəb olmuşdur. Rus çarı I Pyotr Polşa kralı və Saksoniya çarı II Avqust və Danimarka kralı IV Fridrix arasında Şimal ittifaqı adlanan birlik yaradılmışdır.
Müharibənin gedişində Rusiya ilə Danimarka arasında 1699-cu ildə müqavilə imzalanır. İsveç kralı XII Karl Rusiya ilə 1709-cu ildə Poltava döyüşündə məğlub olması müharibənin gedişini dəyişmişdir. XII Karl Osmanlı İmperiyasına sığınmağa məcbur olmuşdur. Müharibənin gedişində Osmanlı İmperiyası İsveçi dəstəkləyirdi. İsveç kralını təqib etmək adı altında I Pyotr Boqdan istiqamətində hərəkət etməyə başladı. Pyotrun əsas hədəfi Osmanlı İmperiyası ərazilərinin bir qisminin işğal etmək və bu şəkildə İsveçi dəstəkləyən dövlətə zərəbə vurmaq idi. I Pyotr gözlənilmədən 1711-ci ildə Prut yaxınlığında mühasirəyə düşür. Daha sonra tərəflər arasında bəzi ərazilərin qaytarılması haqqında bir sıra müqavilələr imzalanır. Əsas qaytarılması nəzərdə tutulanlardan biridə ruslar tərəfindən işğal edilmiş Osmanlı İmperiyasına məxsus qalalar idi. Müqavilənin imzalanmasından 10 il sonra 1721-ci ildə Finlandiyanın Nişdat şəhərində eyni adlı yekun müqavilə imzalanır. Müqaviləyə görə İsveç bir çox əraziləri kimi Estoniya üzərində də olan hüquqlarını itirir və Estoniya Rusiya imperiyasının himayəsi altına keçir.
XVII vı XVIII əsrlərdə Estoniya 200 il müddətində Rusiya imperiyasının tərkibində qalmışdır. Oktyabr inqilabı nəticəsində Rusiya imperiyası dağıldı. Yaradılmış inqilabi əhval rühiyyədən istifadə edən Estonlar 24 fevral 1918-ci ildə İstiqlaliyyət Bəyannaməsi qəbul edirlər. Estonlar tərəfindən yaradılan dövlət 22 il fəaliyyət göstərə bilir. 1940-cı ilin iyun ayında Estoniya Sovet Sosialist Respublikaları İttifaqı tərəfindən işğal edilir. Estoniyada yeni sovet dövləti Estoniya Sovet Sosialist Respublikası yaradılır. 1941 və 1944-cü illərdə Estoniya Üçüncü Reyx tərəfindən işğal edilir. Estonların tarixən Alman xalqı ilə yaxın dostluq münasibətlərinin olması İkinci dünya müharibəsi zamanı özünü göstərmişdir. Estonlar könüllü formada nasist təşkilatlara qatılır və sovet qoşunlarına qarşı döyüşürdülər. Müharibə zamanı Estonların 45% könüllü olaraq Almanlar tərəfindən döyüşmüşdür.
1944-cü ildə Estoniya Sovet Sosialist Respublikası yenidən bərpa edildi. Sovet rəhbərliyində müharibə zamanı Estonların yarsının Almanlar tərəfindən döyüşməsi və sovet əsgərlərinə qarşı aparılmış hərbi əməliyyatlarda fəal iştirak etməsi, İosif Stalin qəzəbləndirmişdir. Müharibənin sonunda Estoniyada olan Almanpərəst Estonların böyük bir qismi güllələnmişdir. Estoniya Sovet Sosialist Respublikaları İttifaqına ən gec daxil olan və ən tez çıxan dövlətdir. 20 avqust 1991-ci ildə Estoniya Sovet Sosialist Respublikaları İttifaqından ayrıldığını bəyan etdi.
31 avqust 1994-ci ildə rus ordusunun Estoniyadan geri çəkilməsi ilə ölkənin Qərbi Avropa ilə münasibətləri güclənmiş və Estoniya tam olaraq müstəqil dövlətə çevrilmişdir. 29 mart 2004-cü ildə Estoniya NATO-ya daxil oldu. Estoniya Avropa İttifaqına 1 may 2004-cü ildə daxil olmuşdur.