COH1 | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
Aliasi | VPS13B | ||||||||||||||||||||||||
Vanjski ID-jevi | OMIM: 607817 MGI: 1916380 HomoloGene: 49516 GeneCards: VPS13B | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
Entrez | |||||||||||||||||||||||||
Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
UniProt | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
Lokacija (UCSC) | Chr 8: 99.01 – 99.88 Mb | Chr 15: 35.37 – 35.93 Mb | |||||||||||||||||||||||
PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
|
Sortirajući vakuolski protein 13B (kvaščev) | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Identifikatori | |||||||
Simbol | VPS13B | ||||||
Alt. simboli | CHS1, COH1 | ||||||
NCBI gen | 157680 | ||||||
HGNC | 2183 | ||||||
OMIM | 607817 | ||||||
RefSeq | NM_184042 | ||||||
UniProt | Q7Z7G8 | ||||||
Ostali podaci | |||||||
Lokus | Hrom. 8 q22-q23 | ||||||
|
VPS13B, znan i kao pridruženi protein vakuolskog sortiranja 13B, je protein koji je kod ljudi kodiran genom VPS13B. to je gigantski protein povezan sa Golgijevim aparatom za koji se vjeruje da je uključen u sortiranje i promet aparatom.[5] Mutacije u ljudskom genu VPS13B uzrokuju Cohenov sindrom.
Gen VPS13B se također označava i kao CHS1, COH1, KIAA0532[6] i DKFZp313I0811.[7]
Citogenetička lokacija ljudskog gena VPS13B je 8q22, što je dugi krak hromosoma 8 na poziciji 22.2. Identificirane su različite varijante transkripta koje kodiraju izoforme. Kanonski oblik eksprimiranog proteina kodiranog ljudskim genom VPS13B ima 3997 aminokiselina.[6]
Dužina polipeptidnog lanca je čak 4.022 aminokiselina, а molekulska težina 448.664 Da.[8]
10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MLESYVTPIL | MSYVNRYIKN | LKPSDLQLSL | WGGDVVLSKL | ELKLDVLEQE | ||||
LKLPFTFLSG | HIHELRIHVP | WTKLGSEPVV | ITINTMECIL | KLKDGIQDDH | ||||
ESCGSNSTNR | STAESTKSSI | KPRRMQQAAP | TDPDLPPGYV | QSLIRRVVNN | ||||
VNIVINNLIL | KYVEDDIVLS | VNITSAECYT | VGELWDRAFM | DISATDLVLR | ||||
KVINFSDCTV | CLDKRNASGK | IEFYQDPLLY | KCSFRTRLHF | TYENLNSKMP | ||||
SVIKIHTLVE | SLKLSITDQQ | LPMFIRIMQL | GIALYYGEIG | NFKEGEIEDL | ||||
TCHNKDMLGN | ITGSEDETRI | DMQYPAQHKG | QELYSQQDEE | QPQGWVSWAW | ||||
SFVPAIVSYD | DGEEDFVGND | PASTMHQQKA | QTLKDPIVSI | GFYCTKATVT | ||||
FKLTEMQVES | SYYSPQKVKS | KEVLCWEQEG | TTVEALMMGE | PFFDCQIGFV | ||||
GCRAMCLKGI | MGVKDFEENM | NRSETEACFF | ICGDNLSTKG | FTYLTNSLFD | ||||
YRSPENNGTR | AEFILDSTHH | KETYTEIAGM | QRFGAFYMDY | LYTMENTSGK | ||||
GSTNQQDFSS | GKSEDLGTVQ | EKSTKSLVIG | PLDFRLDSSA | VHRILKMIVC | ||||
ALEHEYEPYS | RLKSDIKDEN | ETILNPEEVA | LLEEYIPTRH | TSVTLLKCTC | ||||
TISMAEFNLL | DHLLPVIMGE | KNSSNFMNTT | NFQSLRPLPS | IRILVDKINL | ||||
EHSVPMYAEQ | LVHVVSSLTQ | PSDNLLHYCY | VHCYLKIFGF | QAGLTSLDCS | ||||
GSYCLPVPVI | PSFSTALYGK | LLKLPTCWTK | RSQIAITEGI | FELPNLTIQA | ||||
TRAQTLLLQA | IYQSWSHLGN | VSSSAVIEAL | INEIFLSIGV | KSKNPLPTLE | ||||
GSIQNVELKY | CSTSLVKCAS | GTMGSIKICA | KAPVDSGKEK | LIPLLQGPSD | ||||
TKDLHSTKWL | NESRKPESLL | APDLMAFTIQ | VPQYIDYCHN | SGAVLLCSIQ | ||||
GLAVNIDPIL | YTWLIYQPQK | RTSRHMQQQP | VVAVPLVMPV | CRRKEDEVSI | ||||
GSAPLAKQQS | YQASEYASSP | VKTKTVTESR | PLSVPVKAML | NISESCRSPE | ||||
ERMKEFIGIV | WNAVKHLTLQ | LEVQSCCVFI | PNDSLPSPST | IVSGDIPGTV | ||||
RSWYHGQTSM | PGTLVLCLPQ | IKIISAGHKY | MEPLQEIPFV | IPRPILEEGD | ||||
AFPWTISLHN | FSIYTLLGKQ | VTLCLVEPMG | CTSTLAVTSQ | KLLATGPDTR | ||||
HSFVVCLHVD | LESLEIKCSN | PQVQLFYELT | DIMNKVWNKI | QKRGNLNLSP | ||||
TSPETMAGPV | PTSPVRSSIG | TAPPDTSTCS | PSADIGTTTE | GDSIQAGEES | ||||
PFSDSVTLEQ | TTSNIGGTSG | RVSLWMQWVL | PKITIKLFAP | DPENKGTEVC | ||||
MVSELEDLSA | SIDVQDVYTK | VKCKIESFNI | DHYRSSLGEE | CWSLGQCGGV | ||||
FLSCTDKLNR | RTLLVRPISK | QDPFSNCSGF | FPSTTTKLLD | GTHQQHGFLS | ||||
LTYTKAVTKN | VRHKLTSRNE | RRSFHKLSEG | LMDGSPHFLH | EILLSAQAFD | ||||
IVLYFPLLNA | IASIFQAKLP | KTQKEKRKSP | GQPMRTHTLT | SRNLPLIYVN | ||||
TSVIRIFIPK | TEEMQPTVEA | NQAAKEDTVV | LKIGSVAMAP | QADNPLGRSV | ||||
LRKDIYQRAL | NLGILRDPGS | EIEDRQYQID | LQSINIGTAQ | WHQLKPEKES | ||||
VSGGVVTETE | RNSQNPALEW | NMASSIRRHQ | ERRAILTPVL | TDFSVRITGA | ||||
PAVIFTKVVS | PENLHTEEIL | VCGHSLEVNI | TTNLDFFLSV | AQVQLLHQLI | ||||
VANMTGLEPS | NKAAEISKQE | QKKVDIFDGG | MAETSSRYSG | AQDSGIGSDS | ||||
VKIRIVQIEQ | HSGASQHRIA | RPSRQSSIVK | NLNFIPFDIF | ITASRISLMT | ||||
YSCMALSKSK | SQEQKNNEKT | DKSSLNLPEV | DSDVAKPNQA | CISTVTAEDL | ||||
LRSSISFPSG | KKIGVLSLES | LHASTRSSAR | QALGITIVRQ | PGRRGTGDLQ | ||||
LEPFLYFIVS | QPSLLLSCHH | RKQRVEVSIF | DAVLKGVASD | YKCIDPGKTL | ||||
PEALDYCTVW | LQTVPGEIDS | KSGIPPSFIT | LQIKDFLNGP | ADVNLDISKP | ||||
LKANLSFTKL | DQINLFLKKI | KNAHSLAHSE | ETSAMSNTMV | NKDDLPVSKY | ||||
YRGKLSKPKI | HGDGVQKISA | QENMWRAVSC | FQKISVQTTQ | IVISMETVPH | ||||
TSKPCLLASL | SNLNGSLSVK | ATQKVPGIIL | GSSFLLSIND | FLLKTSLKER | ||||
SRILIGPCCA | TANLEAKWCK | HSGNPGPEQS | IPKISIDLRG | GLLQVFWGQE | ||||
HLNCLVLLHE | LLNGYLNEEG | NFEVQVSEPV | PQMSSPVEKN | QTFKSEQSSD | ||||
DLRTGLFQYV | QDAESLKLPG | VYEVLFYNET | EDCPGMMLWR | YPEPRVLTLV | ||||
RITPVPFNTT | EDPDISTADL | GDVLQVPCSL | EYWDELQKVF | VAFREFNLSE | ||||
SKVCELQLPD | INLVNDQKKL | VSSDLWRIVL | NSSQNGADDQ | SSASESGSQS | ||||
TCDPLVTPTA | LAACTRVDSC | FTPWFVPSLC | VSFQFAHLEF | HLCHHLDQLG | ||||
TAAPQYLQPF | VSDRNMPSEL | EYMIVSFREP | HMYLRQWNNG | SVCQEIQFLA | ||||
QADCKLLECR | NVTMQSVVKP | FSIFGQMAVS | SDVVEKLLDC | TVIVDSVFVN | ||||
LGQHVVHSLN | TAIQAWQQNK | CPEVEELVFS | HFVICNDTQE | TLRFGQVDTD | ||||
ENILLASLHS | HQYSWRSHKS | PQLLHICIEG | WGNWRWSEPF | SVDHAGTFIR | ||||
TIQYRGRTAS | LIIKVQQLNG | VQKQIIICGR | QIICSYLSQS | IELKVVQHYI | ||||
GQDGQAVVRE | HFDCLTAKQK | LPSYILENNE | LTELCVKAKG | DEDWSRDVCL | ||||
ESKAPEYSIV | IQVPSSNSSI | IYVWCTVLTL | EPNSQVQQRM | IVFSPLFIMR | ||||
SHLPDPIIIH | LEKRSLGLSE | TQIIPGKGQE | KPLQNIEPDL | VHHLTFQARE | ||||
EYDPSDCAVP | ISTSLIKQIA | TKVHPGGTVN | QILDEFYGPE | KSLQPIWPYN | ||||
KKDSDRNEQL | SQWDSPMRVK | LSIWKPYVRT | LLIELLPWAL | LINESKWDLW | ||||
LFEGEKIVLQ | VPAGKIIIPP | NFQEAFQIGI | YWANTNTVHK | SVAIKLVHNL | ||||
TSPKWKDGGN | GEVVTLDEEA | FVDTEIRLGA | FPGHQKLCQF | CISSMVQQGI | ||||
QIIQIEDKTT | IINNTPYQIF | YKPQLSVCNP | HSGKEYFRVP | DSATFSICPG | ||||
GEQPAMKSSS | LPCWDLMPDI | SQSVLDASLL | QKQIMLGFSP | APGADSSQCW | ||||
SLPAIVRPEF | PRQSVAVPLG | NFRENGFCTR | AIVLTYQEHL | GVTYLTLSED | ||||
PSPRVIIHNR | CPVKMLIKEN | IKDIPKFEVY | CKKIPSECSI | HHELYHQISS | ||||
YPDCKTKDLL | PSLLLRVEPL | DEVTTEWSDA | IDINSQGTQV | VFLTGFGYVY | ||||
VDVVHQCGTV | FITVAPEGKA | GPILTNTNRA | PEKIVTFKMF | ITQLSLAVFD | ||||
DLTHHKASAE | LLRLTLDNIF | LCVAPGAGPL | PGEEPVAALF | ELYCVEICCG | ||||
DLQLDNQLYN | KSNFHFAVLV | CQGEKAEPIQ | CSKMQSLLIS | NKELEEYKEK | ||||
CFIKLCITLN | EGKSILCDIN | EFSFELKPAR | LYVEDTFVYY | IKTLFDTYLP | ||||
NSRLAGHSTH | LSGGKQVLPM | QVTQHARALV | NPVKLRKLVI | QPVNLLVSIH | ||||
ASLKLYIASD | HTPLSFSVFE | RGPIFTTARQ | LVHALAMHYA | AGALFRAGWV | ||||
VGSLDILGSP | ASLVRSIGNG | VADFFRLPYE | GLTRGPGAFV | SGVSRGTTSF | ||||
VKHISKGTLT | SITNLATSLA | RNMDRLSLDE | EHYNRQEEWR | RQLPESLGEG | ||||
LRQGLSRLGI | SLLGAIAGIV | DQPMQNFQKT | SEAQASAGHK | AKGVISGVGK | ||||
GIMGVFTKPI | GGAAELVSQT | GYGILHGAGL | SQLPKQRHQP | SDLHADQAPN | ||||
SHVKYVWKML | QSLGRPEVHM | ALDVVLVRGS | GQEHEGCLLL | TSEVLFVVSV | ||||
SEDTQQQAFP | VTEIDCAQDS | KQNNLLTVQL | KQPRVACDVE | VDGVRERLSE | ||||
QQYNRLVDYI | TKTSCHLAPS | CSSMQIPCPV | VAAEPPPSTV | KTYHYLVDPH | ||||
FAQVFLSKFT | MVKNKALRKG | FP |
C: Cistein
D: Aspartat
E: Glutamat
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
Y: Tirozin
Gen VPS13B nalazi se na hromosomu 8, sekvenca q22, čije su delecije povezane sa Cohenovim sindromom, zbog čega se ovaj gen alternativno naziva COH1.[9] Gen sadrži 66 egzona, od kojih su četiri alternativna.[10] Obrazac alternativne prerade u genu VS13B je složen u analiziranim regijama, uključujući egzone 28B i 28. To na kraju uzrokuje da 4 završna kodona i tri alternativno prerađene izoforme mogu biti u upotrebi.[11] U egzonu 2 dolazi do njegove translacije start kodona.[10] VPS13B je veliki gen; prostire se na području sekvence genomske DNK od oko 864 parova kilobaza ili 846.000 parova baza.[10] Gen VPS13B je široko eksprimiran, posebno u prostati, sjemenicima, jajnicima i debelom crijevu sa transkriptima od oko 12 do 14 kilobaznih parova. Izražava se i u fetalnom mozgu, jetri i bubrezima, sa transkriptima od oko 2,0 do 5,0 kilobaznih parova. Ekspresija u mozgu odraslih je vrlo minimalna.[12] Varijante 1A i 2A su osnovne varijante gena koji kodira proteine od 4.022 i 39.997 aminokiselina.[9] Dvije Alu ponavljajuće sekvence prisutne su u tri primarne neprevedene regije.[13]
Gen VPS13B je također poznat kao:[14]
Proteini proizvedeni iz gena VPS13B dio su Golgijevog aparata.[14] Također odgovorni su za sortiranje i transport proteina unutar ćelije. Protein VPS13B je važan jer ima značajnu ulogu u funkciji normalnog rasta, razvoju neurona i razvoju adipocita.[14] Ovaj protein također može imati ulogu u razvoj funkcije očiiju, krvnog i centralnog nervnog sistema, te za skladištenje i distribuciju masti u tijelu.[15] VPS13B se nalazi na lokusu 8q22.2.[14] Budući da se VPS13B protein sastoji od 4.022 aminokiseline, može imati ukupno deset transmembranskih domena i složen obrazac funkcionalnih motiv.[16]
Do sada je gen VPS13B prepoznat kao gen za kodiranje proteina koji proizvodi protein VPS13B.[17] Protein VPS13B povezan je s Golgijevim aparatom i unutarćelijskim procesima kao što su modifikacije proteina, organizacija i distribucija proteina.[18] Također se spekuliralo da protein VPS13B može uticati na razvoj određenih somatskih ćelija i tjelesnih sistema te može biti uključen u skladištenje i raspodjelu masti kod ljudi.[6][18]
Mutacija u genu VPS13B mogu rezultirati njegovom abnormalnom funkcijom. Mutacije unutar gena povezane su kao potencijalni faktor za Cohenov sindrom i autizam.[18][19][20][21] Kod Cohenovog sindroma smatra se da delecijska mutacija) u genu mijenja oblik proteina VPS13B, rezultirajući kraćim, nefunkcionalnim proteinom.[18][20] Izmijenjeni protein VPS13B tada ne može pravilno funkcionirati zbog ovih genetičkih promjena, što rezultira opstrukcijom redovnih procesa.[18] Studije su također povezale mutacije u genu VPS13B sa osteoporozom.[9] Povezanost između povećanja VPS13B je pronađena kod odraslih, uz variranje broja kopija i manju mineralnu gustoću kostiju.[9] Ipak, normalna, definitivna funkcija gena VPS13B je nepoznata, kao i specifične implikacije njegovih mutiranih oblika.
Kod osoba kojima je dijagnosticiran Cohenov sindrom identificirano je preko 150 tipova različitih mutacija u genu VPS13B.[14] Delecija uzrokuje preuranjeni signal u upute za stvaranje proteina VPS13B, uzrokujući da protein postane nenormalno kratak i nefunkcionalan.[14] Kada se to dogodi, nefunkcionalni protein uzrokuje da Golgijev aparat ne radi ispravno i zaustavlja normalnu glikozilaciju.[14]
Osiromašenje COH1 u HeLa ćelijama ometa normalnu Golgijevu organizaciju. Delecije ovog gena uzrok su autosomno recesivnog Cohenovog sindroma. Fibroblasti kod pacijenata sa Cohenovim sindromom također imaju abnormalnu Golgijev aparat.[22] Pokazalo se da pacijenti s Cohenovim sindromom imaju neispravnu proteinsku glikozilaciju,[23] što mu je glavna funkcija, čime se podupire sugestija da disfunkcija Golgijevog aparata doprinosi patologiji Cohenovog sindroma.[22]
Cohenov sindrom je vrlo rijetko nasljedno stanje, koje je dijagnosticirano kod gotovo hiljadu ljudi širom svijeta. Javlja se kada postoji mutacija u nečijem VPS13B genu. Ovaj poremećaj uzrokuje niz simptoma koji se nikada ne ublažavaju. Mikrocefalija, hipotonija, pogoršanje vida, mrežnjačna distrofija, odgođeni pubertet, hiperpokretljivost i gojaznost samo su neki primjeri. Ljudi s ovim sindromom imaju različite crte lica koje se razlikuju od uobičajenog izgleda. Imaju izbočene noseve, oči neobičnog oblika, vrlo gustu kosu, uske šake i stopala, bademaste oči i vrlo duge, tanke prste.[24]
Simptomi Cohenovog sindroma počinju se pojavljivati u vrlo mladoj dobi. Novorođenčad pri rođenju ne moraju pokazati nikakve simptome, ali kada počnu razvijati svoje karakteristike lica, to postaje vidljivo.[25] Tada počinje s neuspješnim napredovanjem kod dojenčadi i djece, a od tada počinju i svi razvojni zastoji: mikrocefalija, retinohorodijalna distrofija, psihomotorna retardacija, visoka kratkovidnost, neutropenija, hiperpokretljivost zglobova i izrazite crte lica. Zatim, u tinejdžerskim i adolescentnim godinama, nizak rast i pretilost počinju postajati briga. Gotovo 30% ljudi s ovim sindromom nisu rječitii i nepismeni.[26] U mnogim slučajevima u kojima je kašnjenje govora izraženo kod ovog sindroma, unutar usta nalaze se aftozni čirevi i nanose mnogo boli pogođenoj osobi. Vremenom, mnogi ljudi pogođeni Cohenovim sindromom počinju gubiti vid do svoje tridesete godine. Iako Cohenov sindrom ne smanjuje životni vijek, ali smanjuje kvalitet života zbog nemogućnosti govora i /ili gledanja.[25] Poznato je da pacijenti s ovim sindromom pate i od napadaja šake i stopala te nedostataka hormona rasta.[27]
Cohenov sindrom je autosomno recesivni poremećaj koji karakterizira uglavnom dismorfizam lica, mikrocefalija, opuštenost zglobova i povremena neutropenija. Autosomna recesivniobrazac nasljeđivanja pudrazumijeva da postoji 50% šanse da nepogođena osoba bude prenositelj. Djeca ljudi sa ovim sindromom su nositelji gena za sindrom.[20] U finskoj populaciji, 75% osoba sa Cohenovim sindromom, ima mutaciju u obje kopije gena. Mutacije u genu VPS13B javljaju se samo u malom broju porodica, izvan finskih i amiških grupa.[18]
Još jedna bolest kojoj doprinose mutacije gen VPS13B je neutropenija. Bolest se ispoljava u tome što pogođena osoba ima nisku koncentraciju neutrofila.[28] Neutrofili su tip bijelih krvnih zrnaca. Zbog njih osoba može lakše dovbiti druge infekcije i bolesti.[28] Iako je to nasljedna bolest, mogu je uzrokovati određeni lijekovi, a ponekad i poremećena koštana srž.[28]
Suttonova bolest je hronična upalna bolest koja se javlja u ustima osobe. Stvara bolne čireve u području usta.[29] Mogu biti različite veličine i različito bolne. Drugi naziv za ovu bolest po kojem je općenito poznata je afte.[29]
Ewingov sarkom je karcinomski tumor koji se javlja u kostima ili mehkim tkivima.[30] Primjeri su pojave na hrskavicama ili živcima.[30] Obično se javljaju kod djece, tinejdžera i mladih odraslih osoba.[30] Postoje i druge bolesti slične Ewingovom sarkomu ali ovaj jedini ima gen VPS13B.[30]
Mikrocefalija je zdravstveno stanje koje ima nepravilno oblikovanu glavu, manju od normalnog oblika glave.[31] Razlog za to je što je fetus u maternici prestao da se formira ili se mozak prestao rasti.[31] Utiče na oblikovanje glave i mozga. Čak i kad se to dogodi, osoba će biti normalna, i to ne utiče na nju, ali to je povremeno.[31] Većinu vremena kada se to dogodi imaju problema s napadima, kašnjenjem u razvoju, a mogu se pojaviti problemi s kretanjem, ali i ravnotežom, teško uzimanje hrane, gubitak sluha i/ili vida.[31]
Sindromski autizam je također povezan sa ovim genom,[7] kao i intelektualna invalidnost.[32][33]
|journal=
(pomoć)