FANCE

FANCE
Dostupne strukture
PDBPretraga Human UniProta: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova

2ILR

Identifikatori
AliasiFANCE
Vanjski ID-jeviOMIM: 613976 MGI: 1920025 HomoloGene: 11066 GeneCards: FANCE
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 6 (čovjek)
Hrom.Hromosom 6 (čovjek)[1]
Hromosom 6 (čovjek)
Genomska lokacija za FANCE
Genomska lokacija za FANCE
Bend6p21.31Početak35,452,338 bp[1]
Kraj35,467,104 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 17 (miš)
Hrom.Hromosom 17 (miš)[2]
Hromosom 17 (miš)
Genomska lokacija za FANCE
Genomska lokacija za FANCE
Bend17|17 A3.3Početak28,532,493 bp[2]
Kraj28,545,546 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija• molekularna funkcija
• GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
Ćelijska komponenta• Fanconi anaemia nuclear complex
• jedro
• nukleoplazma
Biološki proces• interstrand cross-link repair
• cellular response to DNA damage stimulus
• GO:0100026 Popravka DNK
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

2178

72775

Ensembl

ENSG00000112039

ENSMUSG00000007570

UniProt

Q9HB96

n/a

RefSeq (mRNK)

NM_021922

NM_001163819
NM_001163820
NM_028348

RefSeq (bjelančevina)

NP_068741

n/a

Lokacija (UCSC)Chr 6: 35.45 – 35.47 MbChr 17: 28.53 – 28.55 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Protein komplemenrntarne grupe E Fanconijeve anemije jest protein koji je kod ljudi kodiran genom FANCE sa hromosoma 6.[5][6][7] Kompementarna grupa C Fanconijeve anemije (FANC) uključuje FANCA, FANCB, FANCC, FANCD1 (također zvana BRCA2), FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG i FANCL. Fanconijeva anemija je genetički heterogeni recesivni poremećaj karakteriziran citogenetičkom nestabilnošću, preosjetljivošću na agense za umrežavanje DNK, povećanim lomovima hromosoma i defektnim popravkom DNK. Članovi komplementarne grupe za Fanconijevu anemiju ne dijele sličnost sekvenci; oni su povezani svojim sklapanjem u zajednički jedarni proteinski kompleks. Ovaj gen kodira protein za komplementaciju grupe fcrp E.[7]

Jedrov kompleks koji sadrži protein FANCE (kao i FANCC, FANCF i FANCG) neophodan je za aktivaciju proteina FANCD2 u monoubikvitiniranoj izoformi.[8] U normalnim, nemutantnim ćelijama, FANCD2 je monoubikvitiniran, kao odgovor na oštećenje DNK. FENCE zajedno sa FANCC djeluje kao adapter supstrata za ovu reakciju [9] Aktivirani protein FANCD2 kolokalizuje se sa BRCA1 (proteinom osjetljivosti na rak dojke) u žarištima izazvanim ionizirajućim zračenjem i u sinaptonemskim kompleksima hromosoma u mejozi. Aktivirani protein FANCD2 može funkcionirati prije inicijacije mejotskih rekombinacija, možda za pripremu hromosoma za sinapse ili za regulaciju naknadnih događaja rekombinacije.[8]

Aminokiselinska sekvenca

[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 536 aminokiselina, a molekulska težina 58.711 Da.[7]

1020304050
MATPDAGLPGAEGVEPAPWAQLEAPARLLLQALQAGPEGARRGLGVLRAL
GSRGWEPFDWGRLLEALCREEPVVQGPDGRLELKPLLLRLPRICQRNLMS
LLMAVRPSLPESGLLSVLQIAQQDLAPDPDAWLRALGELLRRDLGVGTSM
EGASPLSERCQRQLQSLCRGLGLGGRRLKSPQAPDPEEEENRDSQQPGKR
RKDSEEEAASPEGKRVPKRLRCWEEEEDHEKERPEHKSLESLADGGSASP
IKDQPVMAVKTGEDGSNLDDAKGLAESLELPKAIQDQLPRLQQLLKTLEE
GLEGLEDAPPVELQLLHECSPSQMDLLCAQLQLPQLSDLGLLRLCTWLLA
LSPDLSLSNATVLTRSLFLGRILSLTSSASRLLTTALTSFCAKYTYPVCS
ALLDPVLQAPGTGPAQTELLCCLVKMESLEPDAQVLMLGQILELPWKEET
FLVLQSLLERQVEMTPEKFSVLMEKLCKKGLAATTSMAYAKLMLTVMTKY
QANITETQRLGLAMALEPNTTFLRKSLKAALKHLGP

Ekspresija gena

[uredi | uredi izvor]

Navodi se da je FANCE eksprimiran u 151 organu sa najvišim nivoom u ženskim gonadama.[10]

Hromosomska lokacija

[uredi | uredi izvor]

Lokacija gena je u regiji 6p21.31, gdje je p kratki krak hromosoma 6 na poziciji 21.31[11]

Lokacija na molekulskom nivou je u parovima baza od 35,452.339 do 35,467.106 na hromosomu 6 (Homo sapiens anotacija, iedicija 109, GRCh38.p12) [11]

Karakteristike proteina

[uredi | uredi izvor]

Glavni kompleks FA sadrži jedarni kompleks sa više podjedinica 8 FA proteina.[12] Ovo dodaje jedan sveprisutni lanac FANCD2 nakon oštećenja DNK ili dupliranog pritiska.[13]

Za prikupljanje FANCC-a, FANCE je važan u jedru i prikupljanju jedarnog kompleksa. Neke karakteristike FANCE-a su da se može postaviti sa ubikvitinirani FANCD2, BRCA2 i konstruisanim jedarnim žarištima. Također, pošto je jedini član koji pokazuje direktnu vezu sa FANCD2 i daje potrebne veze između FA jedarnog kompleksa i FANCD2.[14]

Struktura FANCE-a ima epitop na svojoj površini za koji je utvrđeno da je važno za njegovo vezivanje sa FANCD2. Postojanje rekurentnog spiralnog motiva nije bilo jasno kada su rađene analize aminokiselina.

Struktura proteina

[uredi | uredi izvor]

Sastoji se od 13 α-heliksa, 1 310-heliksa i bez β-lanca. Dugog oblika, neglobularnog oblika i veličine 70 Å n. Širina 30 Å i debljina 20 Å. Protein se neprekidno savija desno od N- do C-terminala. Lako ga je prepoznati zbog njegovih spirala na kraju C-kraja.[14]

Funkcija

[uredi | uredi izvor]

Obnavlja unakrsne veze DNK i potreban je za jedarnu akumulaciju FANCC-a, isporučujući kritični most između FA kompleksa i FANCD2.[15]

Miševi s nedostatkom FANCE-a pokazuju smanjeni broj oocita i poremećaj profaza I mejoze[16] što ukazuje da FANCE ima suštinsku ulogu u mejozi.

Aplikacije

[uredi | uredi izvor]
  • FANCE ima svoju primjenu u Western-blotiranju i IHC-P (Imunohistohemiji) gdje je predviđena molekulska težina bila 58 kDa u Western blot-u i oporavak antigena sa citratnim puferom pH6 je obavljen prije početaka IHC-P.[15]
  • FANCE se također koristi u gensko mapiranje, ovdje mapiranje homozigotnosti, gdje je spojen sa 3 DNK ćelije koje će pomoći u izračunavanju osjetljivosti na kompozite mitomicina C, DNK križanja-vezujućeg agensa (Sigma). Zatim se ispituje upotreba mikrosatelitskih markera D6S422 i D6S1610,[17] za povezivanje. Iz ovoga se hromosomska regija na hromosomu 6p nalazi za FANCE.[17]
  • Imunoblotiranje je pokazalo da mutanti FANCE-L348M i FANCE-E263K pokazuju podjelu u jedarnoj membrani FA-E EUFA409 LCL što ukazuje da, bez obzira na to da FANCE ima navodne signale jedarne lokalizacije,[18] ograničava se prvenstveno na jedro.[19]

Interakcije

[uredi | uredi izvor]

Pokazalo se da FANCE interraguje sa:

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000112039 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000007570 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Joenje H, Lo ten Foe JR, Oostra AB, van Berkel CG, Rooimans MA, Schroeder-Kurth T, Wegner RD, Gille JJ, Buchwald M, Arwert F (septembar 1995). "Classification of Fanconi anemia patients by complementation analysis: evidence for a fifth genetic subtype". Blood. 86 (6): 2156–60. doi:10.1182/blood.V86.6.2156.bloodjournal8662156. PMID 7662964.
  6. ^ de Winter JP, Léveillé F, van Berkel CG, Rooimans MA, van Der Weel L, Steltenpool J, Demuth I, Morgan NV, Alon N, Bosnoyan-Collins L, Lightfoot J, Leegwater PA, Waisfisz Q, Komatsu K, Arwert F, Pronk JC, Mathew CG, Digweed M, Buchwald M, Joenje H (novembar 2000). "Isolation of a cDNA representing the Fanconi anemia complementation group E gene". American Journal of Human Genetics. 67 (5): 1306–8. doi:10.1016/S0002-9297(07)62959-0. PMC 1288571. PMID 11001585.
  7. ^ a b c "Entrez Gene: FANCE Fanconi anemia, complementation group E".
  8. ^ a b Garcia-Higuera I, Taniguchi T, Ganesan S, Meyn MS, Timmers C, Hejna J, Grompe M, D'Andrea AD (februar 2001). "Interaction of the Fanconi anemia proteins and BRCA1 in a common pathway". Molecular Cell. 7 (2): 249–62. doi:10.1016/s1097-2765(01)00173-3. PMID 11239454.
  9. ^ van Twest S, Murphy VJ, Hodson C, Tan W, Swuec P, O'Rourke JJ, Heierhorst J, Crismani W, Deans AJ (januar 2017). "Mechanism of Ubiquitination and Deubiquitination in the Fanconi Anemia Pathway". Molecular Cell. 65 (2): 247–259. doi:10.1016/j.molcel.2016.11.005. PMID 27986371.
  10. ^ "FANCE - Fanconi anemia group E protein - Homo sapiens (Human) - FANCE gene & protein". www.uniprot.org (jezik: engleski). Pristupljeno 9. 11. 2018.
  11. ^ a b "FANCE FA complementation group E [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov (jezik: engleski). Pristupljeno 9. 11. 2018.
  12. ^ a b c d Medhurst AL, Huber PA, Waisfisz Q, de Winter JP, Mathew CG (februar 2001). "Direct interactions of the five known Fanconi anaemia proteins suggest a common functional pathway". Human Molecular Genetics. 10 (4): 423–9. doi:10.1093/hmg/10.4.423. PMID 11157805.
  13. ^ Garcia-Higuera I, Taniguchi T, Ganesan S, Meyn MS, Timmers C, Hejna J, Grompe M, D'Andrea AD (februar 2001). "Interaction of the Fanconi anemia proteins and BRCA1 in a common pathway". Molecular Cell. 7 (2): 249–62. doi:10.1016/S1097-2765(01)00173-3. PMID 11239454.
  14. ^ a b Nookala RK, Hussain S, Pellegrini L (2007). "Insights into Fanconi Anaemia from the structure of human FANCE". Nucleic Acids Research. 35 (5): 1638–48. doi:10.1093/nar/gkm033. PMC 1865054. PMID 17308347.
  15. ^ a b "Anti-FANCE antibody (ab126177) | Abcam". www.abcam.com (jezik: engleski). Pristupljeno 9. 11. 2018.
  16. ^ Yin H, Suye S, Zhou Z, Cai H, Fu C. The reduction of oocytes and disruption of the meiotic prophase I in Fanconi anemia E-deficient mice. Reproduction. 2022 Jul 14;164(3):71-82. doi: 10.1530/REP-21-0421. PMID 35671285
  17. ^ a b Waisfisz Q, Saar K, Morgan NV, Altay C, Leegwater PA, de Winter JP, Komatsu K, Evans GR, Wegner RD, Reis A, Joenje H, Arwert F, Mathew CG, Pronk JC, Digweed M (maj 1999). "The Fanconi anemia group E gene, FANCE, maps to chromosome 6p". American Journal of Human Genetics. 64 (5): 1400–5. doi:10.1086/302385. PMC 1377877. PMID 10205272.
  18. ^ de Winter JP, Léveillé F, van Berkel CG, Rooimans MA, van Der Weel L, Steltenpool J, Demuth I, Morgan NV, Alon N, Bosnoyan-Collins L, Lightfoot J, Leegwater PA, Waisfisz Q, Komatsu K, Arwert F, Pronk JC, Mathew CG, Digweed M, Buchwald M, Joenje H (novembar 2000). "Isolation of a cDNA representing the Fanconi anemia complementation group E gene". American Journal of Human Genetics. 67 (5): 1306–8. doi:10.1016/s0002-9297(07)62959-0. PMC 1288571. PMID 11001585.
  19. ^ a b c d Taniguchi T, D'Andrea AD (oktobar 2002). "The Fanconi anemia protein, FANCE, promotes the nuclear accumulation of FANCC". Blood. 100 (7): 2457–62. doi:10.1182/blood-2002-03-0860. PMID 12239156.
  20. ^ a b c d e Pace P, Johnson M, Tan WM, Mosedale G, Sng C, Hoatlin M, de Winter J, Joenje H, Gergely F, Patel KJ (juli 2002). "FANCE: the link between Fanconi anaemia complex assembly and activity". The EMBO Journal. 21 (13): 3414–23. doi:10.1093/emboj/cdf355. PMC 125396. PMID 12093742.
  21. ^ Meetei AR, de Winter JP, Medhurst AL, Wallisch M, Waisfisz Q, van de Vrugt HJ, Oostra AB, Yan Z, Ling C, Bishop CE, Hoatlin ME, Joenje H, Wang W (oktobar 2003). "A novel ubiquitin ligase is deficient in Fanconi anemia". Nature Genetics. 35 (2): 165–70. doi:10.1038/ng1241. PMID 12973351. S2CID 10149290.
  22. ^ a b Gordon SM, Buchwald M (juli 2003). "Fanconi anemia protein complex: mapping protein interactions in the yeast 2- and 3-hybrid systems". Blood. 102 (1): 136–41. doi:10.1182/blood-2002-11-3517. PMID 12649160.
  23. ^ Hussain S, Wilson JB, Medhurst AL, Hejna J, Witt E, Ananth S, Davies A, Masson JY, Moses R, West SC, de Winter JP, Ashworth A, Jones NJ, Mathew CG (juni 2004). "Direct interaction of FANCD2 with BRCA2 in DNA damage response pathways". Human Molecular Genetics. 13 (12): 1241–8. doi:10.1093/hmg/ddh135. PMID 15115758.
  24. ^ a b Léveillé F, Blom E, Medhurst AL, Bier P, Laghmani M, Johnson M, Rooimans MA, Sobeck A, Waisfisz Q, Arwert F, Patel KJ, Hoatlin ME, Joenje H, de Winter JP (septembar 2004). "The Fanconi anemia gene product FANCF is a flexible adaptor protein". The Journal of Biological Chemistry. 279 (38): 39421–30. doi:10.1074/jbc.M407034200. PMID 15262960.

Dopunska literatura

[uredi | uredi izvor]

Vanjski linkovi

[uredi | uredi izvor]