LRRC40

LRRC40
Identifikatori
AliasiLRRC40
Vanjski ID-jeviMGI: 1914394 HomoloGene: 9825 GeneCards: LRRC40
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 1 (čovjek)
Hrom.Hromosom 1 (čovjek)[1]
Hromosom 1 (čovjek)
Genomska lokacija za LRRC40
Genomska lokacija za LRRC40
Bend1p31.1Početak70,144,805 bp[1]
Kraj70,205,579 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 3 (miš)
Hrom.Hromosom 3 (miš)[2]
Hromosom 3 (miš)
Genomska lokacija za LRRC40
Genomska lokacija za LRRC40
Bend3|3 H4Početak157,742,299 bp[2]
Kraj157,774,124 bp[2]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

55631

67144

Ensembl

ENSG00000066557

ENSMUSG00000063052

UniProt

Q9H9A6

Q9CRC8

RefSeq (mRNK)

NM_017768

NM_001289524
NM_001289525
NM_024194
NM_001359763

RefSeq (bjelančevina)

NP_060238

NP_001276453
NP_001276454
NP_077156
NP_001346692

Lokacija (UCSC)Chr 1: 70.14 – 70.21 MbChr 3: 157.74 – 157.77 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

LRRIQ3 (Leucinom-bogarta ponavljanja sa IQ motivom 3), znan i kao LRRC44, jest protein koji je kod ljudi kodiran genom LRRIQ3 sa hromosoma 1. .[5] It is predominantly expressed in the testes, and is linked to a number of diseases.[6]

Aminokiselinska sekvenca

[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 624 aminokiseline, a molekulska težina 73.675 Da.[7]

1020304050
MFHGTVTEELTSHEEWSHYNENIREGQKDFVFVKFNGLHLKSMENLQSCI
SLRVCIFSNNFITDIHPLQSCIKLIKLDLHGNQIKSLPNTKFWNGLKNLK
LLYLHDNGFAKLKNICVLSACPTLIALTMFDCPVSLKKGYRHVLVNSIWP
LKALDHHVISDEEIIQNWHLPERFKACNHRLFFNFCPALRKGTTYEEEIN
NIKHITSKINAILAHNSPVLIVQRWIRGFLVRKNLSPVFFHKKKQQEKII
RGYEAKWIYITKGYEDKLLKDLFFKPETNIKGKLAYWKHNIYYPVDLKNS
SEHRKHVSSILCELKPKDLGMKSKTSRHLIQKGQESEDEIVDEKLDTSFR
ISVFKLPIYTSGSLKNNAVLREKKQHFFPAYPQPIYTTHPKPIIKKDIRL
ERSMKEFFAPQRAGMKLRTFSDIDKYYTEQKKQEYHKEKVRVVAMAQVAR
ERVRVAVNEHLNQKKYATQKLIEENKETIQNSLRQVWQNRFNYLEKARER
KALFLKEKSQKASERLLVQNLNNERTLLTRGLLKIDRLEKNEAVLKEKSL
IVKQKLKAEKYRKNLLKEMKKVRSQEIYKRHCEEKFVMDMIAFEKACERL
QDAKTKVAIVKTNLDFKVPNGLIK

Gen

[uredi | uredi izvor]

Lokus

[uredi | uredi izvor]

LRRIQ3 se nalazi na minus lancu kraja kratkog kraka ljudskog hromosoma 1 na sekvenci 1p31.1.[8]

Sveukupna struktura

[uredi | uredi izvor]

U navodnoj sekvenci LRRIQ3 postoji ukupno sedam egzona.[8]

iRNK

[uredi | uredi izvor]

Ekspresija

[uredi | uredi izvor]

LRRIQ3 se eksprimira kao dvije primarne izoforme, koje proizvode proteine dužine 624, odnosno 464 aminokiseline.[8] It is expressed at low levels in human and brown rat tissues,[9][10] sa najvišim nivoima ekspresije u tkivu sjemenika. Postoje relativno visoki nivoi ekspresije u T-ćelijama, epididimisu, bubrezima i brojnim žlijezdama.[11]

Protein

[uredi | uredi izvor]

Opća i kompoziciona svojstva

[uredi | uredi izvor]

Izoforma 1 ljudskog proteina LRRIQ3 sastoji se od 624 aminokiseline i ima molekulsku težinu od 73,7 kDa. Izoelektrična tačka LRRIQ3 je 9,73, što sugerira da je LRRIQ3 bazna pri normalnom fiziološkom pH (~7,4).[12] Pored toga, postoje snažni dokazi da se ljudski LRRIQ3 nalazi na plazmamembrani obojenih antitijela.[13] LRRIQ3 je bogat lizinskom ostacima, sa ukupno 82 lizina. Ima nešto manje glicina.[14]

Domeni i motivi

[uredi | uredi izvor]

Ukupno postoje četiri konzervirana domena unutar LRRIQ3: 3 ponavljanja bogata leucinom i jedan IQ kalmodulin-vezujući motiv.[14] Ponavljanja bogata leucinom obično su uključena u interakcije protein-protein i formiraju karakterističnu α/β potkovicu nabora.[15][16] IQ motiv omogućava mjesto vezanja za kalmodulin (CaM) ili proteine slične CaM-u.[17]

Sekundarna i tercijarna struktura

[uredi | uredi izvor]

Predviđeno je da je LRRIQ3 uglavnom alfa-heliksna struktura, uključujući dugi alfa-heliksni C-terminalni domen. Također je predviđeno da funkcionira kao monomer.[18][19][20][21]

Najbolji model LRRIQ3, generiran preko I-TASSERa[22]. Tri ponavljanja bogata leucinom prikazana su u crvenoj, lososnoj i magenta boji. IQ domen koji veže kalmodulin prikazan je zelenom.

Posttranslacijske modifikacije

[uredi | uredi izvor]

Predviđa se da će LRRIQ3 biti podvrgnut mnogim posttranslacionim modifikacijama. To uključuje O-GlcNAcilaciju, SUMOilacija, ubikvitinaciju i fosforilaciju.[23][24] LRRIQ3 is predicted to have 4 well conserved SUMOlyation sites and 1 well conserved ubiquitination site.[23] Prikaz ovih posttranslacijskih modifikacija je na donjoj slici.

Representacija domena, motiva i mjesta posttranslacijske modifikacije LRRIQ3, generirana pomoću DOG 2.0.[25]

Interakcije proteina

[uredi | uredi izvor]

Postoje dokazi da LRRIQ3 stupa u interakciju sa brojnim proteinima iz dvohibridni eseji i afinitetna hromatografija. Proteini sa kojima LRRIQ3 stupa u interakciju uključuju LYN, NCK2, GNB4 i ABL1.[26][27] Ovi proteini povezani su sa ćelijskom signalizacijom, reorganizacijom citoskeleta i ćelijskom diferencijacijom, kao i drugim pojavama.[28][29][30][31]

Homologija i evolucija

[uredi | uredi izvor]

Paralozi i ortolozi

[uredi | uredi izvor]

Kod ljudi ne postoji paralog za LRRIQ3.[6] Međutim, postoji veliki broj ortologa, kako navodi BLAST, od kojih su neki navedeni u nastavku.[32] Broj godina od divergencije od ljudskog proteina, naveden u "prije miliona godina" ispod, izračunat je pomoću TimeTree.[33]

Ortolozi ljudskog proteina LRRIQ3 (NP_001099129.1)
Rod i vrsta Uobičajeno ime Datiranje divergencije od ljudske loze (milioni godina) Pristupni broj Dužina sekvnce (aa) Identitget sekvence sa ljudskom (%) Sličnost sekvence sa ljudskom
Gorilla gorilla gorilla Gorila 9,06 XP_004026030.1 624 97% 98%
Macaca mulatta Rezus-makak 29,44 XP_001097148.2 623 93% 95%
Ursus maritimus Polarni medvjed 96 XP_008689049.1 625 76% 87%
Felis catus Domaća mačka 96 XP_003990274.1 625 74% 86%
Camelus ferus Baktrijska kamila 96 XP_006178380.1 618 73% 84%
Oryctolagus cuniculus Evropski kunić 90 XP_002715603.1 622 71% 83%
Bison bison bison Američki bizon 96 XP_010847739.1 625 70% 82%
Trichechus manatus latirostris Morska krava 105 XP_004369192.1 623 70% 82%
Loxodonta africana Afrički slon 105 XP_003411181.1 625 68% 80%
Condylura cristata Zvjezdonosa krtica 96 XP_004679575.1 627 67% 80%
Eptesicus fuscus Veliki smeđi šišmiš 96 XP_008137759.1 621 66% 80%
Myotis davidii Vesperov šišmiš 96 XP_006775977.1 618 65% 79%
Rattus norvegicus Norveški pacov 90 NP_001019478.1 633 62% 77%
Mus musculus Kućni miš 90 NP_083214.2 633 63% 76%
Sorex araneus Obična verirovka 96 XP_004603704.1 612 55% 73%
Chrysemys picta bellii Obojena kornjača 312 XP_005285573.1 624 40% 56%
Pogona vitticeps Bradati zmaj (gušter) 312 XP_020650341.1 651 35% 54%
Astryx australis mantelli Smeđi kivi 312 XP_013800580.1 664 35% 54%
Struthio camelus australis Južna ostriga 312 XP_009685099.1 628 34% 51%

Klinički značaj

[uredi | uredi izvor]

LRRIQ3 je povezan sa brojnim tipovma raka. Eksperimenti RNK-seq pokazali su da je LRRIQ3 jako smanjeno reguliran (Log2 puta promjene između –3,4 i –4,2) u brojnim bolesnim stanjima, uključujući rak gušterače, kolorektumski rak i rak dojke.[34][35][36]

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000066557 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000063052 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ "LRRIQ3 Gene - GeneCards".
  6. ^ a b "AceView entry on LRRIQ3".
  7. ^ "UniProt, A6PVS8" (jezik: eng.). Pristupljeno 30. 11. 2021.CS1 održavanje: nepoznati jezik (link)
  8. ^ a b c "LRRIQ3 leucine rich repeats and IQ motif containing 3 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 30. 4. 2018.
  9. ^ "Lrriq3 protein abundance in PaxDb". pax-db.org (jezik: engleski). Pristupljeno 30. 4. 2018.
  10. ^ "LRRIQ3 protein abundance in PaxDb". pax-db.org (jezik: engleski). Pristupljeno 30. 4. 2018.
  11. ^ "GDS3834 / 3169". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 6. 5. 2018.
  12. ^ "ExPASy - Compute pI/Mw tool". web.expasy.org (jezik: engleski). Pristupljeno 30. 4. 2018.
  13. ^ "Cell atlas - LRRIQ3 - The Human Protein Atlas". www.proteinatlas.org. Arhivirano s originala, 7. 5. 2018. Pristupljeno 30. 4. 2018.
  14. ^ a b EMBL-EBI. "SAPS < Sequence Statistics < EMBL-EBI". www.ebi.ac.uk (jezik: engleski). Pristupljeno 30. 4. 2018.
  15. ^ Kobe B, Deisenhofer J (oktobar 1994). "The leucine-rich repeat: a versatile binding motif". Trends Biochem. Sci. 19 (10): 415–21. doi:10.1016/0968-0004(94)90090-6. ISSN 0968-0004. PMID 7817399.
  16. ^ Enkhbayar P, Kamiya M, Osaki M, Matsumoto T, Matsushima N (februar 2004). "Structural principles of leucine-rich repeat (LRR) proteins". Proteins. 54 (3): 394–403. doi:10.1002/prot.10605. ISSN 1097-0134. PMID 14747988. S2CID 19951452.
  17. ^ Rhoads AR, Friedberg F (april 1997). "Sequence motifs for calmodulin recognition". FASEB J. 11 (5): 331–40. doi:10.1096/fasebj.11.5.9141499. ISSN 0892-6638. PMID 9141499. S2CID 1877645.
  18. ^ Rost B (2001). "Review: protein secondary structure prediction continues to rise". J. Struct. Biol. 134 (2–3): 204–18. CiteSeerX 10.1.1.8.8169. doi:10.1006/jsbi.2001.4336. ISSN 1047-8477. PMID 11551180.
  19. ^ Ouali M, King RD (juni 2000). "Cascaded multiple classifiers for secondary structure prediction". Protein Sci. 9 (6): 1162–76. doi:10.1110/ps.9.6.1162. ISSN 0961-8368. PMC 2144653. PMID 10892809.
  20. ^ Cuff JA, Barton GJ (august 2000). "Application of multiple sequence alignment profiles to improve protein secondary structure prediction". Proteins. 40 (3): 502–11. doi:10.1002/1097-0134(20000815)40:3<502::AID-PROT170>3.0.CO;2-Q. ISSN 0887-3585. PMID 10861942.
  21. ^ Jones DT (septembar 1999). "Protein secondary structure prediction based on position-specific scoring matrices". J. Mol. Biol. 292 (2): 195–202. doi:10.1006/jmbi.1999.3091. ISSN 0022-2836. PMID 10493868. S2CID 15506630.
  22. ^ Yang J, Yan R, Roy A, Xu D, Poisson J, Zhang Y (januar 2015). "The I-TASSER Suite: protein structure and function prediction". Nat. Methods. 12 (1): 7–8. doi:10.1038/nmeth.3213. ISSN 1548-7091. PMC 4428668. PMID 25549265.
  23. ^ a b Pagni M, Ioannidis V, Cerutti L, Zahn-Zabal M, Jongeneel CV, Falquet L (juli 2004). "MyHits: a new interactive resource for protein annotation and domain identification". Nucleic Acids Res. 32 (Web Server issue): W332–5. doi:10.1093/nar/gkh479. ISSN 0305-1048. PMC 441617. PMID 15215405.
  24. ^ de Castro E, Sigrist CJ, Gattiker A, Bulliard V, Langendijk-Genevaux PS, Gasteiger E, Bairoch A, Hulo N (juli 2006). "ScanProsite: detection of PROSITE signature matches and ProRule-associated functional and structural residues in proteins". Nucleic Acids Res. 34 (Web Server issue): W362–5. doi:10.1093/nar/gkl124. ISSN 1362-4962. PMC 1538847. PMID 16845026.
  25. ^ Ren J, Wen L, Gao X, Jin C, Xue Y, Yao X (februar 2009). "DOG 1.0: illustrator of protein domain structures". Cell Res. 19 (2): 271–3. doi:10.1038/cr.2009.6. ISSN 1001-0602. PMID 19153597.
  26. ^ "Results - mentha: the interactome browser". mentha.uniroma2.it. Pristupljeno 30. 4. 2018.
  27. ^ "LRRIQ3 - Leucine-rich repeat and IQ domain-containing protein 3 - Homo sapiens (Human) - LRRIQ3 gene & protein". www.uniprot.org (jezik: engleski). Pristupljeno 30. 4. 2018.
  28. ^ Harder KW, Parsons LM, Armes J, Evans N, Kountouri N, Clark R, Quilici C, Grail D, Hodgson GS, Dunn AR, Hibbs ML (oktobar 2001). "Gain- and loss-of-function Lyn mutant mice define a critical inhibitory role for Lyn in the myeloid lineage". Immunity. 15 (4): 603–15. doi:10.1016/s1074-7613(01)00208-4. ISSN 1074-7613. PMID 11672542.
  29. ^ Downes GB, Gautam N (decembar 1999). "The G protein subunit gene families". Genomics. 62 (3): 544–52. doi:10.1006/geno.1999.5992. ISSN 0888-7543. PMID 10644457.
  30. ^ Tu Y, Li F, Wu C (decembar 1998). "Nck-2, a novel Src homology2/3-containing adaptor protein that interacts with the LIM-only protein PINCH and components of growth factor receptor kinase-signaling pathways". Mol. Biol. Cell. 9 (12): 3367–82. doi:10.1091/mbc.9.12.3367. ISSN 1059-1524. PMC 25640. PMID 9843575.
  31. ^ Era T (juli 2002). "Bcr-Abl is a "molecular switch" for the decision for growth and differentiation in hematopoietic stem cells". Int. J. Hematol. 76 (1): 35–43. doi:10.1007/BF02982716. PMID 12138893. S2CID 10269867.
  32. ^ Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ (oktobar 1990). "Basic local alignment search tool". J. Mol. Biol. 215 (3): 403–10. doi:10.1016/S0022-2836(05)80360-2. ISSN 0022-2836. PMID 2231712.
  33. ^ "TimeTree :: The Timescale of Life". www.timetree.org. Pristupljeno 6. 5. 2018.
  34. ^ "Tissue expression of LRRIQ3 - Summary - The Human Protein Atlas". www.proteinatlas.org. Pristupljeno 6. 5. 2018.
  35. ^ github.com/gxa/atlas/graphs/contributors, EMBL-EBI Expression Atlas development team. "Search results < Expression Atlas < EMBL-EBI". www.ebi.ac.uk (jezik: engleski). Pristupljeno 30. 4. 2018.
  36. ^ github.com/gxa/atlas/graphs/contributors, EMBL-EBI Expression Atlas development team. "Experiment < Expression Atlas < EMBL-EBI". www.ebi.ac.uk (jezik: engleski). Pristupljeno 6. 5. 2018.