PDPR
| PDPR | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | PDPR | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | OMIM: 617835 MGI: 2442188 HomoloGene: 9948 GeneCards: PDPR | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 16: 70.11 – 70.16 Mb | Chr 8: 111.82 – 111.86 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Regulacijska podjedinica piruvat-dehidrogenazne fosfataze je protein koji je kod ljudi kodiran genom PDPR.[5]
Struktura
[uredi | uredi izvor]Kompletna cDNK PDPR, koja sadrži 2885 baznih parova, ima otvoreni okvir čitanja od 2634 nukleotida, koji kodiraju navodnu predsekvencu od 31 aminokiselinska ostatka i zreli protein od 847. Karakteristike nativnog PDPR uključuju sposobnost smanjenja osetljivosti katalitske podjedinice na Mg2 + i poništavanje ovog inhibitornog efekta poliaminom sperminom. Pretragom baza podataka o proteinima BLAST otkriveno je da je PDPr u daljnjoj vezi sa mitohondrijskim flavoproteinom dimetilglicin-dehidrogenaza, koji funkcionira u razgradnji holina.[6]
- Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 879 aminokiselina, a molekulska težina 99.364 Da.[7].
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MMFYRLLSIV | GRQRASPGWQ | NWSSARNSTS | AAEARSMALP | TQAQVVICGG | ||||
| GITGTSVAYH | LSKMGWKDIV | LLEQGRLAAG | STRFCAGILS | TARHLTIEQK | ||||
| MADYSNKLYY | QLEQETGIQT | GYTRTGSIFL | AQTQDRLISL | KRINAGLNVI | ||||
| GIPSEIISPK | KVAELHHLLN | VHDLVGAMHV | PEDAVVSSAD | VALALASAAS | ||||
| QNGVQIYDRT | SVLHVMVKKG | QVTGVETDKG | QIECQYFVNC | AGQWAYELGL | ||||
| SNEEPVSIPL | HACEHFYLLT | RPLETPLQSS | TPTIVDADGR | IYIRNWQGGI | ||||
| LSGGFEKNPK | PIFTEGKNQL | EIQNLQEDWD | HFEPLLSSLL | RRMPELETLE | ||||
| IMKLVNCPET | FTPDMRCIMG | ESPAVQGYFV | LAGMNSAGLS | FGGGAGKYLA | ||||
| EWMVHGYPSE | NVWELDLKRF | GALQSSRTFL | RHRVMEVMPL | MYDLKVPRWD | ||||
| FQTGRQLRTS | PLYDRLDAQG | ARWMEKHGFE | RPKYFVPPDK | DLLALEQSKT | ||||
| FYKPDWFDIV | ESEVKCCKEA | VCVIDMSSFT | KFEITSTGDQ | ALEVLQYLFS | ||||
| NDLDVPVGHI | VHTGMLNEGG | GYENDCSIAR | LNKRSFFMIS | PTDQQVHCWA | ||||
| WLKKHMPKDS | NLLLEDVTWK | YTALNLIGPR | AVDVLSELSY | APMTPDHFPS | ||||
| LFCKEMSVGY | ANGIRVMSMT | HTGEPGFMLY | IPIEYALHVY | NEVMSVGQKY | ||||
| GIRNAGYYAL | RSLRIEKFFA | FWGQDINNLT | TPLECGRESR | VKLEKGMDFI | ||||
| GRDALLQQKQ | NGVYKRLTMF | ILDDHDSDLD | LWPWWGEPIY | RNGQYVGKTT | ||||
| SSAYSYSLER | HVCLGFVHNF | SEDTGEEQVV | TADFINRGEY | EIDIAGYRFQ | ||||
| AKAKLYPVAS | LFTQKRRKDD | MELSDLHGK |
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
Funkcija
[uredi | uredi izvor]Mitohondrijski kompleks piruvat-dehidrogenaze (PDC) katalizira oksidativnu dekarboksilaciju piruvata, povezujući glikolizu sa ciklusom trikarbonske kiseline i sintezom masnih kiselina (FA). Poznavanje mehanizama koji regulišu aktivnost PDC-a je važno, jer je inaktivacija PDC-a presudna za očuvanje glukoze kada je ima malo, dok je potrebna dovoljna aktivnost PDC-a, kako bi se omogućila proizvodnja ATP[]-a i FA iz glukoze. Mehanizmi koji kontroliraju PDC aktivnost sisara uključuju njegovu fosforilaciju (inaktivaciju) enzimima porodicve piruvat-dehidrogenazne kinaze (PDKs 1-4) i njenu defosforilaciju (aktivaciju, reaktivaciju) fosfatazom piruvat dehidrogenaza(PDP 1 i 2).[8]
Klinički značaj
[uredi | uredi izvor]Kako je PDPR uključen u regulaciju centralnog metaboličkog puta, njegovo je učešće u patofiziološkim osnovama bolesti vjerovatno, ali o tome do sada nije objavljeno istraživanje.[5]
Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000090857 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000033624 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ a b "Entrez Gene: Pyruvate dehydrogenase phosphatase regulatory subunit".
- ^ Lawson JE, Park SH, Mattison AR, Yan J, Reed LJ (decembar 1997). "Cloning, expression, and properties of the regulatory subunit of bovine pyruvate dehydrogenase phosphatase". The Journal of Biological Chemistry. 272 (50): 31625–9. doi:10.1074/jbc.272.50.31625. PMID 9395502.
- ^ "UniProt, Q8NCN5". Pristupljeno 8. 7. 2021.
- ^ Sugden MC, Holness MJ (maj 2003). "Recent advances in mechanisms regulating glucose oxidation at the level of the pyruvate dehydrogenase complex by PDKs". American Journal of Physiology. Endocrinology and Metabolism. 284 (5): E855-62. doi:10.1152/ajpendo.00526.2002. PMID 12676647.
Dopunska literatura
[uredi | uredi izvor]- Sugden MC, Holness MJ (maj 2003). "Recent advances in mechanisms regulating glucose oxidation at the level of the pyruvate dehydrogenase complex by PDKs". American Journal of Physiology. Endocrinology and Metabolism. 284 (5): E855-62. doi:10.1152/ajpendo.00526.2002. PMID 12676647.
- Chen X, Li X, Wang P, Liu Y, Zhang Z, Zhao G, Xu H, Zhu J, Qin X, Chen S, Hu L, Kong X (august 2010). "Novel association strategy with copy number variation for identifying new risk Loci of human diseases". PLOS ONE. 5 (8): e12185. Bibcode:2010PLoSO...512185C. doi:10.1371/journal.pone.0012185. PMC 2924882. PMID 20808825.
- Ohara O, Nagase T, Mitsui G, Kohga H, Kikuno R, Hiraoka S, Takahashi Y, Kitajima S, Saga Y, Koseki H (april 2002). "Characterization of size-fractionated cDNA libraries generated by the in vitro recombination-assisted method". DNA Research. 9 (2): 47–57. doi:10.1093/dnares/9.2.47. PMID 12056414.
- Lawson JE, Park SH, Mattison AR, Yan J, Reed LJ (decembar 1997). "Cloning, expression, and properties of the regulatory subunit of bovine pyruvate dehydrogenase phosphatase". The Journal of Biological Chemistry. 272 (50): 31625–9. doi:10.1074/jbc.272.50.31625. PMID 9395502.