RAD23B

RAD23B
Dostupne strukture
PDBPretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova

1P1A, 1PVE, 1UEL

Identifikatori
AliasiRAD23B
Vanjski ID-jeviOMIM: 600062 MGI: 105128 HomoloGene: 37704 GeneCards: RAD23B
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 9 (čovjek)
Hrom.Hromosom 9 (čovjek)[1]
Hromosom 9 (čovjek)
Genomska lokacija za RAD23B
Genomska lokacija za RAD23B
Bend9q31.2Početak107,283,137 bp[1]
Kraj107,332,192 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 4 (miš)
Hrom.Hromosom 4 (miš)[2]
Hromosom 4 (miš)
Genomska lokacija za RAD23B
Genomska lokacija za RAD23B
Bend4|4 B3Početak55,350,043 bp[2]
Kraj55,392,237 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije


Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija single-stranded DNA binding
oštećeno vezivanje sa DNK
polyubiquitin modification-dependent protein binding
GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
ubiquitin binding
proteasome binding
Ćelijska komponenta XPC complex
Proteasom
jedro
nukleoplazma
citoplazma
citosol
Biološki proces cellular response to DNA damage stimulus
Popravak ekscizijom nukleotida
global genome nucleotide-excision repair
nucleotide-excision repair, DNA damage recognition
Spermatogeneza
embryonic organ development
proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process
regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process
GO:0100026 Popravka DNK
nucleotide-excision repair, preincision complex assembly
Savijanje proteina
protein deubiquitination
cellular response to interleukin-7
nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_002874
NM_001244713
NM_001244724

NM_009011

RefSeq (bjelančevina)

NP_001231642
NP_001231653
NP_002865

NP_033037

Lokacija (UCSC)Chr 9: 107.28 – 107.33 MbChr 4: 55.35 – 55.39 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Homolog B UV-ekscizijskog popravka proteina RAD23 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom RAD23B sa hromosoma 9.[5][6]

Aminokiselinska sekvenca

[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 409 aminokiselina, a molekulska težina 43.171 Da.[6]

1020304050
MQVTLKTLQQQTFKIDIDPEETVKALKEKIESEKGKDAFPVAGQKLIYAG
KILNDDTALKEYKIDEKNFVVVMVTKPKAVSTPAPATTQQSAPASTTAVT
SSTTTTVAQAPTPVPALAPTSTPASITPASATASSEPAPASAAKQEKPAE
KPAETPVATSPTATDSTSGDSSRSNLFEDATSALVTGQSYENMVTEIMSM
GYEREQVIAALRASFNNPDRAVEYLLMGIPGDRESQAVVDPPQAASTGAP
QSSAVAAAAATTTATTTTTSSGGHPLEFLRNQPQFQQMRQIIQQNPSLLP
ALLQQIGRENPQLLQQISQHQEHFIQMLNEPVQEAGGQGGGGGGGSGGIA
EAGSGHMNYIQVTPQEKEAIERLKALGFPEGLVIQAYFACEKNENLAANF
LLQQNFDED

Funkcija

[uredi | uredi izvor]

Protein kodiran ovim genom jedan je od dva ljudska homologa Saccharomyces cerevisiae Rad23, proteina uključenog u popravak ekscizijom nukleotida (NER). Utvrđeno je da je ovaj protein komponenta proteinskog kompleksa koji specifično nadopunjuje NER defekt ekstrakta ćelija xeroderma pigmentosum grupe C (XP-c) in vitro. Pokazalo se i da ovaj protein stupa u interakciju sa i podiže ekscizijsku aktivnost 3-metiladenin-DNK glikozilaznog (MPG) nukleotida, što ukazuje na ulogu u prepoznavanju oštećenja DNK u popravci ekscizijom baze. Ovaj protein sadrži N-terminalni domen sličan ubikvitinu, za koji je objavljeno da interragira sa proteasomom 26S, te stoga ovaj protein može biti uključen u proteolitski put u ćelijama, posredovan ubikvitinom.[7]

Uloga u popravku DNK

[uredi | uredi izvor]

Kompleks XPC-RAD23B je početni faktor prepoznavanja oštećenja u globalnom popravku ekscizijom genomskih nukleotida (GG-NER). XPC-RAD23B prepoznaje širok spektar lezija koje termodinamički destabiliziraju DNK duplekse, uključujući UV-inducirane fotoproizvode (ciklopirimidinski dimeri i 6-4 fotoproizvodi), adukte formirane mutagenima iz okoliša, kao što su benzo[a]piren ili različiti aromatski amini, određene oksidativnne endogene lezije kao što su ciklopurini i adukti formirani hemoterapijskim lijekovima protiv raka kao što je cisplatin. Prisustvo XPC-RAD23B je potrebno za sklapanje drugih jedarnih faktora NER i progresiju kroz NER put i in vitro i in vivo.[8] Although most studies have been performed with XPC-RAD23B, it is part of a trimeric complex with centrin-2, a calcium-binding protein of the calmodulin family.[8]

Epigenetička represija

[uredi | uredi izvor]

Nivo ekspresije proteina RAD23B može biti epigenetički potisnut, bilo promotora metilacije gena RAD23B [9][10] ili bilo kojom od dvije mikroRNK (miR -744-3p[11] ili miR-373.[12])

Nedostatak RAD23B kod raka

[uredi | uredi izvor]

Nedostatak ekspresije gena za popravak DNK povećava rizik od raka (pogledajte nedostatak popravka DNK u karcinogenezi). Ekspresija RAD23B je smanjena u tumorskom tkivu žena sa rakom dojke.[13] Uočen je i nizak postotak RAD23B pozitivnih jedara kod raka dojke visokog stepena.[14]

RAD23B je značajno smanjen metilacijama promotora u ćelijskoj liniji koja potiče od multiplog mijeloma.[9] i smanjen metilacijom promotora u malom udjelu [[rak pluća nemalih ćelija|raka pluća nemalih ćelijaa (NSCLC) tumours.[10]

Čini se da je RAD23B jedan od 26 gena za popravak DNK koji su epigenetički potisnuti kod različitih karcinoma (vidi Epigenetika raka).

Interakcije

[uredi | uredi izvor]

Pokazano je da RAD23B u interakcijama sa PSMD4[15] i ataksinom 3.[16]

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000119318 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000028426 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ van der Spek PJ, Smit EM, Beverloo HB, Sugasawa K, Masutani C, Hanaoka F, Hoeijmakers JH, Hagemeijer A (Oct 1994). "Chromosomal localization of three repair genes: the xeroderma pigmentosum group C gene and two human homologs of yeast RAD23". Genomics. 23 (3): 651–8. doi:10.1006/geno.1994.1554. hdl:1765/3069. PMID 7851894.
  6. ^ a b Masutani C, Sugasawa K, Yanagisawa J, Sonoyama T, Ui M, Enomoto T, Takio K, Tanaka K, van der Spek PJ, Bootsma D (Apr 1994). "Purification and cloning of a nucleotide excision repair complex involving the xeroderma pigmentosum group C protein and a human homologue of yeast RAD23". The EMBO Journal. 13 (8): 1831–43. doi:10.1002/j.1460-2075.1994.tb06452.x. PMC 395023. PMID 8168482.
  7. ^ "Entrez Gene: RAD23B RAD23 homolog B (S. cerevisiae)".
  8. ^ a b Schärer OD (Oct 2013). "Nucleotide excision repair in eukaryotes". Cold Spring Harbor Perspectives in Biology. 5 (10): a012609. doi:10.1101/cshperspect.a012609. PMC 3783044. PMID 24086042.
  9. ^ a b Peng B, Hodge DR, Thomas SB, Cherry JM, Munroe DJ, Pompeia C, Xiao W, Farrar WL (Feb 2005). "Epigenetic silencing of the human nucleotide excision repair gene, hHR23B, in interleukin-6-responsive multiple myeloma KAS-6/1 cells". The Journal of Biological Chemistry. 280 (6): 4182–7. doi:10.1074/jbc.M412566200. PMID 15550378.
  10. ^ a b Do H, Wong NC, Murone C, John T, Solomon B, Mitchell PL, Dobrovic A (2014). "A critical re-assessment of DNA repair gene promoter methylation in non-small cell lung carcinoma". Scientific Reports. 4: 4186. Bibcode:2014NatSR...4E4186D. doi:10.1038/srep04186. PMC 3935198. PMID 24569633.
  11. ^ Hatano K, Kumar B, Zhang Y, Coulter JB, Hedayati M, Mears B, Ni X, Kudrolli TA, Chowdhury WH, Rodriguez R, DeWeese TL, Lupold SE (Apr 2015). "A functional screen identifies miRNAs that inhibit DNA repair and sensitize prostate cancer cells to ionizing radiation". Nucleic Acids Research. 43 (8): 4075–86. doi:10.1093/nar/gkv273. PMC 4417178. PMID 25845598.
  12. ^ Crosby ME, Kulshreshtha R, Ivan M, Glazer PM (Feb 2009). "MicroRNA regulation of DNA repair gene expression in hypoxic stress". Cancer Research. 69 (3): 1221–9. doi:10.1158/0008-5472.CAN-08-2516. PMC 2997438. PMID 19141645.
  13. ^ Matta J, Morales L, Dutil J, Bayona M, Alvarez C, Suarez E (Feb 2013). "Differential expression of DNA repair genes in Hispanic women with breast cancer". Molecular Cancer Biology. 1 (1): 54. doi:10.9777/mcb.2013.10006 (neaktivno 31. 12. 2022). PMC 4189824. PMID 25309843.CS1 održavanje: DOI nije aktivan od 2022 (link)
  14. ^ Linge A, Maurya P, Friedrich K, Baretton GB, Kelly S, Henry M, Clynes M, Larkin A, Meleady P (Jul 2014). "Identification and functional validation of RAD23B as a potential protein in human breast cancer progression". Journal of Proteome Research. 13 (7): 3212–22. doi:10.1021/pr4012156. PMID 24897598.
  15. ^ Hiyama H, Yokoi M, Masutani C, Sugasawa K, Maekawa T, Tanaka K, Hoeijmakers JH, Hanaoka F (Sep 1999). "Interaction of hHR23 with S5a. The ubiquitin-like domain of hHR23 mediates interaction with S5a subunit of 26 S proteasome" (PDF). The Journal of Biological Chemistry. 274 (39): 28019–25. doi:10.1074/jbc.274.39.28019. PMID 10488153. S2CID 1757366.
  16. ^ Wang G, Sawai N, Kotliarova S, Kanazawa I, Nukina N (Jul 2000). "Ataxin-3, the MJD1 gene product, interacts with the two human homologs of yeast DNA repair protein RAD23, HHR23A and HHR23B". Human Molecular Genetics. 9 (12): 1795–803. doi:10.1093/hmg/9.12.1795. PMID 10915768.

Dopunska literatura

[uredi | uredi izvor]

Vanjski linkovi

[uredi | uredi izvor]