TMEM98
| TMEM98 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | TMEM98 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | OMIM: 615949 MGI: 1923457 HomoloGene: 9185 GeneCards: TMEM98 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 17: 32.93 – 32.95 Mb | n/a | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [2] | [3] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Transmembrabski protein 98 je jednoprolazni membranaki protein koji je kod ljudi kodiran genom TMEM98.[4][5] Funkcija ovog proteina još uvijek nije poznata. TMEM98 je poznat i kao UNQ536/PRO1079.[6]
Gen
[uredi | uredi izvor]Ovaj gen se nalazi na plus lancu hromosoma 17 u lokusu 17q11.2.[5] Prostire se iz baznih parova 31,254,928 to 31,272,124.[7]
Varijante
[uredi | uredi izvor]Dvije su poznate varijante transkripta, koje kodiraju TMEM98. Varijanta jedan odgovara dužoj od ove dvije, a ima osam egzona i duga je 1.808 baza.[8] Varijantna dva kodira isti protein, ali je nešto kraća kod egzona 2 i nedostaje joj egzon 3; duga je 1732 baze.[9] Ova nedostajuća regija odgovara dužini od 85 baznih parova pri kraju 5'UTR.[9] Variant one is more abundant than Varijanta dva sa 17 puta većom količinom iRNK ekstrahirana je u raznim eksperimentima na ljudskom tkivu.[10]
Kloniranje i ekspresija
[uredi | uredi izvor]Awadalla et al. (2014) identificirali su TMEM98 unutar regije hromosoma 17 povezanih s autosomno dominantnim nanoftalmom (NNO4). Izvijestili su da TMEM98 kodira dvije varijante koje se razlikuju samo po svojim UTR-ovima s pet glavnih mjesta. Oba transkripta kodiraju izvedeni protein od 226 aminokiselina, koji je bogat leucinom (13,3%) i visoko kiseo. RT-PCR analiza otkrila je varijabilnu ekspresiju obje varijante prerade TMEM98 u svim ispitivanim očnim tkivima (endotel [[rožnjača|rožnjače, iris, cilijarno tijelo, bionjače, očni živac, glava vidnog živca i mrežnjača). Analiza baza podataka potvrdila je ekspresiju u nekoliko ovih očnih tkiva i također pokazala ekspresiju u svih 16 ispitivanih neočnih ljudskih tkiva, sa ekspresijom proteina TMEM98 i u jedru i u citoplazmi. Ortolozi TMEM98 otkriveni su u nekoliko kičmenjaka, sa najvećom konzerviranošću kod sisara. Hartz (2014) mapirala je gen TMEM98 na hromosomskoj poziciji 17q11.2 na osnovu poravnanja sekvence TMEM98 (GenBank AL117619) sa genomskom sekvencom (GRCh38).
Molekulska genetika
[uredi | uredi izvor]U velikoj kavkazoidnoj porodici sa pet generacija s mapirtanjem nanoftalmosa na hromosom 17p12-q12 (NNO4), Awadalla et al. (2014) izvršili su sekvenciranje cijelog egzona i identificirali heterozigotnu misens mutaciju u genu TMEM98 (A193P) koja se u potpunosti odvojila od bolesti i nije pronađena u kontrolama.
Sekvenciranjem cijelog egzma i sangera u dvije višegeneracijske porodice, jedna njemačkog porijekla koja živi u SAD-u, a druga mikronezijskog nasljeđa koja živi na Marijanskim otocima, s autosomno dominantnim nanoftalmusom na hromosomskoj sekvenci 17p12-q12, Khorram et al. (2015) identificirali su heterozigotne mutacije u genu TMEM98, koje su se razlikovale od očekivanog fenotipa u svakoj porodici.[11][12]
Evolucija
[uredi | uredi izvor]Paralozi
[uredi | uredi izvor]Nisu poznati paralozi za TMEM98.[7] Iako nisu funkcionalni, postoje dva pseudogena na hromozomima 6 i 14 u Homo sapiens.[13]
Ortolozi
[uredi | uredi izvor]Transmembranski protein 98 izuzetno je konzerviran kod riba, vodozemaca, gmizavaca, ptica i drugih sisara koji nisu ljudi. Samo je malo konzerviran i kod beskičmenjaka, uključujući i insekte, i ne nalazi se kods bakterija, archaea, protista, biljaka ili gljiva
| Rod i vrsta | Uobičajeno ime | Razred | Pristup | Identitet (%) |
|---|---|---|---|---|
| Pan paniscus | Bonobo | Mammalia | XP_003818064.1 | 99% |
| Felis catus | Domaća mačka | Mammalia | XP_003996602 | 99% |
| Mus musculus | Miš | Mammalia | NP_083813.1 | 99% |
| Myotis davidii | Mišouhi šišmiš | Mammalia | ELK33053.1 | 95% |
| Heterocephalus glaber | Goli krtičasti pacov | Mammalia | EHB09150.1 | 94% |
| Anolis carolinensis | Šumski gušter | Reptilia | XP_003222593 | 85% |
| Taeniopygia guttata | Zebrasta zeba | Aves | XP_002193870.1 | 78% |
| Tetraodon nigrovirdis | Zelenopjegava pufer-riba | Actinopterygii | CAG07250.1 | 78% |
| Bombus impatiens | Obični istočni bumar | Insecta | XP_003489307.1 | 42% |
| Harpegnathos saltator | Skakajući mrav | Insecta | EFN84682.1 | 40% |
| Trichinella spiralis | Parazitska nematoda | Annelida | XP_003372303.1 | 37% |
Filogenija
[uredi | uredi izvor]Grafikon postotka promjene tokom vremena kreiran je pomoću vremenskog stabla.[14]
Protein
[uredi | uredi izvor]Obje varijante (jedan i dva) kodiraju isti protein od 226 aminokiselina.[5] Protein ima 24,6 kdal s izoelektričnom tačkom 4,26.[15] i molekulskom težinom od 24.611,[16].
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| METVVIVAIG | VLATIFLASF | AALVLVCRQR | YCRPRDLLQR | YDSKPIVDLI | ||||
| GAMETQSEPS | ELELDDVVIT | NPHIEAILEN | EDWIEDASGL | MSHCIAILKI | ||||
| CHTLTEKLVA | MTMGSGAKMK | TSASVSDIIV | VAKRISPRVD | DVVKSMYPPL | ||||
| DPKLLDARTT | ALLLSVSHLV | LVTRNACHLT | GGLDWIDQSL | SAAEEHLEVL | ||||
| REAALASEPD | KGLPGPEGFL | QEQSAI |
Aminokiselinska sekvenca
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
Domeni
[uredi | uredi izvor]U ovom proteinu nema signalnih peptida.[17] Transmembranski domen dug je 22 aminokiseline, 6-28. Aminokiseline na N-krajnjoj strani nalaze se izvan ćelije, a aminokiseline na C-krajevoj strani su izvan ćelije.[18]
Parologni domen Grap2 i interakcija ciklin-D (pfam13324) obuhvataju 81-151 i vrlo su konzervirani u ortolozima.[19] This region is involved in the regulation of proliferation and cell differentiation using Grap2 and cyclin-d-mediated signaling pathways.[20]
Sekundarna struktura
[uredi | uredi izvor]TMEM98 se sastoji od 7 alfa-heliksa, kako je predvidio NCBI CBLAST, sa e-vrijednošću od 9x10−7.[21]
Regulacija
[uredi | uredi izvor]Nivo iRNK
[uredi | uredi izvor]Promotorska regija duga je is 901 bazni par. Ispod su prikazani najkonzerviraniji predviđeni faktori transkripcije.[22]
| Transkripcijski faktor | Startni | Stop | Lanac | Sekvenca |
|---|---|---|---|---|
| GC-boksni faktori SP1/GC | 58 | 74 | + | gtagGGGGtgtgtgttt |
| C2H2 transkripcijski faktor 5 cinkovog prsta | 102 | 116 | + | tgtatgGGATggagt |
| C2H2 transkripcijski faktor 2 cinkovog prsta | 48 | 70 | - | acacaCCCCctaccctgccatcc |
| Sastavljeni motiv od mjesta vezanja za pluripotenciju ili faktore matičnih ćelija | 151 | 169 | + | gggctctGCATttgtactc |
| Kalcij-odgovorni element | 352 | 362 | + | agaccGAGGca |
| CP2-eritrocitni faktor oslobođen u Drosophila Elf1 II B | 386 | 404 | - | cTCTGccactcactagcta |
| GC-boksni faktori SP1/GC | 500 | 516 | + | gcccgGGGCggggcgca |
| Faktor transkripcije induciran metalom | 505 | 519 | - | gcctGCGCcccgccc |
| Protein 57 KRAB domena cinkovog prsta | 543 | 555 | + | gtcTGCCgcccgg |
| Pleomorfni adenomski gen | 567 | 589 | + | cgGGGGcgcgaggaaggggtgtt |
| Porodica gena CTCF i BORIS, transkripcijski regulatori | 615 | 641 | + | tgccccggccgccgGGGGgcctggcgg |
| Induciran protein C i faktor oslobađanja EGR/faktora nervnog rasta | 695 | 713 | + | gggcgcggGGGCgcgaggc |
| E2F-myc aktivator i regulator ćelijskog ciklusa | 663 | 679 | - | ggcccgcgcCAAAtccc |
| Transkripcijski faktor RNK-polimeraze II | 670 | 676 | - | ccgCGCC |
| Transkripcijski faktor RNK-polimeraze II | 696 | 702 | - | ccgCGCC |
| Jedarni respiracijski faktor 1 | 694 | 710 | - | tcgcGCCCccgcgcccc |
| Selenocistein-tRNK aktivacijski faktor | 725 | 755 | + | ggccgcggcgcttCCCGgcatgctccgctgc |
| Jedarni respiracijski faktor 1 | 758 | 774 | + | gcccGCGCccgcgcccg |
| Histonski jedarni faktor P | 771 | 783 | + | ccCGGActttgcc |
| Jedarni respiracijski faktor 1 | 759 | 775 | - | ccggGCGCgggcgcggg |
| Transkripcijski faktor RNK-polimeraze II | 886 | 892 | - | ccgCGCC |
Moguće matične petlje
UTR 5'ima dvije moguće osovinske petlje. Nalaze se od 279-303 i 342-372. U 3 'UTR postoji moguća petlja sa pertzeljkom locirirana na 1487-1502.[23]
Vezna mjesta mikroRNK Kako je predviđeno programom TargetScan, u 3' UTR, postoji jedno mjesto vezanja miRNK.[24][25] This miRNA, hsa-miR-4782-3p, may play a role in breast cancer.[26]
Proteinska razina
[uredi | uredi izvor]TMEM98 ima četiri predviđena mjesta glikacije, na aminokiselinama 44, 118, 120 i 133.[27] Postoje i mjesta serinske fosforilacije na pozicijama 60, 122, 124, 136, 145 i 191, a treoninska mjesta fosforilacije na 55, 105 i 160.[28] Sva su ova mjesta na N-terminalnoj strani transmembranskog područja i nalaze se unutar ćelijskog citosola.
Klinički značaj
[uredi | uredi izvor]Mutacije u TMEM98 uzrokuju autosomno dominantni nanoftalmus.[29]
Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000006042 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, Gassenhuber J, Glassl S, Ansorge W, Bocher M, Blocker H, Bauersachs S, Blum H, Lauber J, Dusterhoft A, Beyer A, Kohrer K, Strack N, Mewes HW, Ottenwalder B, Obermaier B, Tampe J, Heubner D, Wambutt R, Korn B, Klein M, Poustka A (Mar 2001). "Toward a catalog of human genes and proteins: sequencing and analysis of 500 novel complete protein coding human cDNAs". Genome Res. 11 (3): 422–35. doi:10.1101/gr.GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166.
- ^ a b c "Entrez Gene: TMEM98 transmembrane protein 98".
- ^ Clark HF, Gurney AL, Abaya E, et al. (oktobar 2003). "The secreted protein discovery initiative (SPDI), a large-scale effort to identify novel human secreted and transmembrane proteins: a bioinformatics assessment". Genome Res. 13 (10): 2265–70. doi:10.1101/gr.1293003. PMC 403697. PMID 12975309.
- ^ a b "Ensembl genome browser 75: Homo sapiens - Summary - Gene: TMEM98 (ENSG00000006042)".
- ^ "Homo sapiens transmembrane protein 98 (TMEM98), transcript variant 1, - Nucleotide - NCBI". 23. 6. 2018. journal zahtijeva
|journal=(pomoć) - ^ a b "Homo sapiens transmembrane protein 98 (TMEM98), transcript variant 2, - Nucleotide - NCBI". 23. 6. 2018. journal zahtijeva
|journal=(pomoć) - ^ "AceView: Gene:TMEM98, a comprehensive annotation of human, mouse and worm genes with mRNAs or ESTsAceView".
- ^ Awadalla, M. S., Burdon, K. P., Souzeau, E., Landers, J., Hewitt, A. W., Sharma, S., Craig, J. E. Mutation in TMEM98 in a large white kindred with autosomal dominant nanophthalmos linked to 17p12-q12. JAMA Ophthal. 132: 970-977, 2014. [PubMed]: 24852644
- ^ Khorram, D., Choi, M., Roos, B. R., Stone, E. M., Kopel, T., Allen, R., Alward, W. L. M., Scheetz, T. E., Fingert, J. H. Novel TMEM98 mutations in pedigrees with autosomal dominant nanophthalmos. Molec. Vision 21: 1017-1023, 2015. PubMed: 26392740
- ^ "TMEM98 Gene - GeneCards | TMM98 Protein | TMM98 Antibody".
- ^ "TimeTree :: The Timescale of Life".
- ^ "SDSC Biology Workbench".
- ^ "UniProt, Q9Y2Y6". Pristupljeno 12. 6. 2021.
- ^ "SignalP 4.1 Server".
- ^ "harrier.nagahama-i-bio.ac.jp". Arhivirano s originala, 27. 5. 2021. Pristupljeno 13. 6. 2021.
- ^ "NCBI Conserved Domain Search".
- ^ Xia C, Bao Z, Tabassam F, Ma W, Qiu M, Hua S, Liu M (juli 2000). "GCIP, a novel human grap2 and cyclin D interacting protein, regulates E2F-mediated transcriptional activity". J. Biol. Chem. 275 (27): 20942–8. doi:10.1074/jbc.M002598200. PMID 10801854.
- ^ "Welcome to NCBI Related Structure Search".
- ^ "Genomatix - NGS Data Analysis & Personalized Medicine". Arhivirano s originala, 2. 12. 2021. Pristupljeno 13. 6. 2021.
- ^ "The Mfold Web Server | mfold.rit.albany.edu".
- ^ "TargetScanHuman 6.2".
- ^ Agarwal, Vikram; Bell, George W.; Nam, Jin-Wu; Bartel, David P. (12. 8. 2015). "Predicting effective microRNA target sites in mammalian mRNAs". eLife (jezik: engleski). 4: e05005. doi:10.7554/eLife.05005. ISSN 2050-084X. PMC 4532895. PMID 26267216.
- ^ Persson H, Kvist A, Rego N, et al. (januar 2011). "Identification of new microRNAs in paired normal and tumor breast tissue suggests a dual role for the ERBB2/Her2 gene". Cancer Res. 71 (1): 78–86. doi:10.1158/0008-5472.CAN-10-1869. PMID 21199797.
- ^ "NetGlycate 1.0 Server".
- ^ "NetPhos 2.0 Server".
- ^ Awadalla, M. S.; Burdon, K. P.; Souzeau, E; Landers, J; Hewitt, A. W.; Sharma, S; Craig, J. E. (2014). "Mutation in TMEM98 in a Large White Kindred with Autosomal Dominant Nanophthalmos Linked to 17p12-q12". JAMA Ophthalmology. 132 (8): 970–7. doi:10.1001/jamaophthalmol.2014.946. PMID 24852644.