The All-Species Living Tree

El projecte 'The All-Species Living Tree' Project és una col·laboració entre diversos grups/instituts acadèmics, com ARB, SILVA i LPSN, amb la finalitat de realitzar una base de dades de seqüències d'ARNr 16S de totes les espècies conegudes d'eubacteris i arqueus.^[1] Inicialment també es recol·lectaven les seqüències 23S,^[2] però es va deixar de fer. Actualment hi ha més d'11.000 espècies alineades i diverses més estan sent afegides així que noves espècies van sent descobertes, cultivades i seqüenciades.

Arbre

L'arbre va ser creat per ML sense bootstrap: conseqüentment la interrelació entre diversos fílums no està realment clara (com és el cas dels firmicuts). Els eucariotes no estan representats en l'anàlisi.

Domain Archaea	Crenarchaeota (Thermoprotei) Euryarchaeota Methanopyrus Eurythermea Thermoplasmatales Thermococcaceae Neobacteria Archaeoglobaceae Methanococcales Methanobacteriales Methanomicrobia Halobacteriaceae
Domain Eubacteria	Thermotogales Thermodesulfobiaceae (Firmicutes) Synergistaceae {Clostridiale Família XV Incertae Sedis} (Firmicutes) Dictyoglomus Thermoanaerobacterales subclade I (Firmicutes) Thermoanaerobacteraceae (Firmicutes) Aquificales Thermodesulfobacteriaceae Caldicellulosiruptor (Firmicutes) Elusimicrobium Caldisericum Thermoanaerobacterales subclade II (Firmicutes) Firmicutes (subclade) Clostridia (polifilètic) Fusobacteriales Bacilli Halanaerobiales (Firmicutes) Vampirovibrio (Deltaproteobacteria) Cyanobacteria Gloeobacter Synechococcales Nostocales [Hormogoneae] Oscillatoriophyceae [Chroobacteria] Thermaerobacter (Firmicutes) Actinobacteria Chloroflexi Dehalococcoidetes Caldilinea Anaerolineaceae Ktedonobacteria Thermomicrobia Chloroflexi Planctobacteria 'Candidatus Poribacter' Planctomycetes Phycisphaera mikrensis Planctomycetales Chlamydiales Lentisphaerae Verrucomicrobia Opitutae Chthoniobacteraceae Verrucomicrobiales Sphingobacteria Gemmatimonas Fibrobacter Caldithrix Chlorobi Ignavibacterium album Chlorobiaceae Bacteroidetes Rhodothermaceae [Salinibacteria] Bacteroidia Deinococci Syntrophorhabdus (Deltaproteobacteria) Nitrospiraceae Thiobacteria Epsilonproteobacteria Deltaproteobacteria Chrysiogenaceae Deferribacteraceae Spirochaetales Acidobacteria Holophagae Bryobacter aggregatus Acidobacteriaceae Zetaproteobacteria (clade: Mariprofundus ferrooxydans) Rhodobacteria Alphaproteobacteria Chromatibacteria Gammaproteobacteria (parafilètic) Betaproteobacteria

Referències

1. Yarza, P.; Richter, M.; Peplies, J. R.; Euzeby, J.; Amann, R.; Schleifer, K. H.; Ludwig, W.; Glöckner, F. O.; Rosselló-Móra, R. «The All-Species Living Tree project: A 16S rRNA-based phylogenetic tree of all sequenced type strains». Systematic and Applied Microbiology, 31, 4, 2008, pàg. 241–250. DOI: 10.1016/j.syapm.2008.07.001. PMID: 18692976.
2. Yarza, Pablo; Ludwig, Wolfgang; Euzéby, Jean; Amann, Rudolf; Schleifer, Karl-Heinz; Glöckner, Frank Oliver; Rosselló-Móra, Ramon «Update of the All-Species Living Tree Project based on 16S and 23S rRNA sequence analyses». Systematic and Applied Microbiology, 33, 6, 2010, pàg. 291–299. DOI: 10.1016/j.syapm.2010.08.001. PMID: 20817437.

Enllaços externs

• http://www.arb-silva.de/projects/living-tree (anglès)