Euryarchaeota

Euryarchaeota
Halobacterium sp. strain NRC-1, each cell about 5 µm in length.
Phân loại khoa học
Vực:	Archaea
Giới:	Euryarchaeota Woese, Kandler & Wheelis, 1990[1]
Phyla[6]
"Hydrothermarchaeota" "Hadarchaeota" "Methanobacteriota" "Thermoplasmatota" "Halobacteriota" ?Theionarchaea[2][3] ?DPANN[4][5]
Các đồng nghĩa
non Euryarchaeota s.s. Garrity and Holt 2002 Euryarchaeida Luketa 2012 Methaneocreatrices Margulis & Schwartz 1982

Trong hệ thống phân loại của vi sinh vật, Euryarchaeota là một ngành của Archaea.^[7][8][9]

Phát sinh loài

Dựa trên giải phóng LTP dựa trên rRNA 16S 121[10]

Dombrowski et al. 2019,[11] Jordan et al. 2017[12] và Cavalier-Smith2020.[5]

Euryarchaeota    Methanopyri       Methanococci         Thermococci     Thermoplasmata         Methanobacteria       Archaeoglobi       Methanomicrobia     Haloarchaea

Bacteria   Archaea Euryarchaeota     Thermococci       Hadesarchaea         Methanobacteria       Methanopyri     Methanococci             Thermoplasmata       Archaeoglobi       Methanomicrobia       "Nanohaloarchaeota"     Haloarchaea               "Altiarchaeota"   DPANN     Diapherotrites     Micrarchaeota         Undinarchaeota       Aenigmarchaeota         Nanoarchaeota     Parvarchaeota         Mamarchaeota       Pacearchaeota     Woesearchaeota                           Proteoarchaeota   TACK   Asgard     Lokiarchaeota       Odinarchaeota     Thorarchaeota           Heimdallarchaeota   (+α─Proteobacteria) Eukaryota

Phát sinh loài thứ 3 do Annotree^[13] và GTDB phát hành 05-RS95 (17 tháng 7 năm 2020).^[14]

Archaea   "DPANN"     Proteoarchaeota "Filarchaeota"   "Thermoproteota"       Asgardaeota     "Euryarchaeida"   Hydrothermarchaeota "Hydrothermarchaeia" (MBG-E)     Hadarchaeota "Hadarchaeia" (SAGMEG)   "Methanobacteriota" "Acherontia"  Thermococci  "Methanomada"  Methanopyri   Methanococci   Methanobacteria        "Neoeuryarchaeota" "Thermoplasmatota"  "Poseidoniia" (MGII, MGIII)[15]   Thermoplasmata  "Halobacteriota"  Methanonatronarchaeia (SA1)   Archaeoglobi   "Methanoliparia"   "Syntropharchaeia" (ANME-1, ANME-2)   "Methanocellia"   "Methanosarcinia"   Methanomicrobia  Halobacteria    "Euryarchaeota" s.l.

Euryarchaeota s.s.

Xem thêm

• Archaeal Richmond Mine Acidophilic Nanoorganisms (ARMAN)

Tham khảo

1. Woese CR, Kandler O, Wheelis ML (tháng 6 năm 1990). “Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 87 (12): 4576–9. Bibcode:1990PNAS...87.4576W. doi:10.1073/pnas.87.12.4576. PMC 54159. PMID 2112744.
2. Anja Spang, Eva F. Caceres, Thijs J. G. Ettema: Genomic exploration of the diversity, ecology, and evolution of the archaeal domain of life. In: Science Volume 357 Issue 6351, eaaf3883, 11 Aug 2017, doi:10.1126/science.aaf3883
3. Sometines misspelled as Theinoarchaea: Catherine Badel, Gaël Erauso, Annika L. Gomez, Ryan Catchpole, Mathieu Gonnet, Jacques Oberto, Patrick Forterre, Violette Da Cunha: The global distribution and evolutionary history of the pT26‐2 archaeal plasmid family Lưu trữ 2020-06-20 tại Wayback Machine. In: environmental microbiology. sfam 10 Sep 2019. doi:10.1111/1462-2920.14800
4. Petitjean, C.; Deschamps, P.; López-García, P.; Moreira, D. (2014). “Rooting the domain Archaea by phylogenomic analysis supports the foundation of the new kingdom Proteoarchaeota”. Genome Biol. Evol. 7 (1): 191–204. doi:10.1093/gbe/evu274. PMC 4316627. PMID 25527841.
5. ^ Cavalier-Smith, Thomas; Chao, Ema E-Yung (2020). “Multidomain ribosomal protein trees and the planctobacterial origin of neomura (Eukaryotes, archaebacteria)”. Protoplasma. 257 (3): 621–753. doi:10.1007/s00709-019-01442-7. PMC 7203096. PMID 31900730.
6. Castelle CJ, Banfield JF. (2018). “Major New Microbial Groups Expand Diversity and Alter our Understanding of the Tree of Life”. Cell. 172 (6): 1181–1197. doi:10.1016/j.cell.2018.02.016. PMID 29522741.
7. Xem NCBI webpage on Euryarchaeota
8. C.Michael Hogan. 2010. Archaea. eds. E.Monosson & C.Cleveland, Encyclopedia of Earth. National Council for Science and the Environment, Washington DC.
9. Data extracted from the “NCBI taxonomy resources”. National Center for Biotechnology Information. Truy cập ngày 19 tháng 3 năm 2007.
10. 'The All-Species Living Tree' Project.“16S rRNA-based LTP release 121 (full tree)” (PDF). Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database. Bản gốc (PDF) lưu trữ ngày 23 tháng 9 năm 2015. Truy cập ngày 9 tháng 8 năm 2017.
11. Nina Dombrowski, Jun-Hoe Lee, Tom A Williams, Pierre Offre, Anja Spang (2019). Genomic diversity, lifestyles and evolutionary origins of DPANN archaea. Nature.
12. Jordan T. Bird, Brett J. Baker, Alexander J. Probst, Mircea Podar, Karen G. Lloyd (2017). Culture Independent Genomic Comparisons Reveal Environmental Adaptations for Altiarchaeales. Frontiers.
13. Mendler, K; Chen, H; Parks, DH; Hug, LA; Doxey, AC (2019). “AnnoTree: visualization and exploration of a functionally annotated microbial tree of life”. Nucleic Acids Research. 47 (9): 4442–4448. doi:10.1093/nar/gkz246. PMC 6511854. PMID 31081040. Bản gốc lưu trữ ngày 23 tháng 4 năm 2021. Truy cập ngày 4 tháng 12 năm 2021.
14. “GTDB release 05-RS95”. Genome Taxonomy Database.
15. NCBI: Candidatus Poseidoniia (class)

Đọc thêm

Tạp chí khoa học

• Cavalier-Smith, T. (tháng 1 năm 2002). “The neomuran origin of archaebacteria, the negibacterial root of the universal tree and bacterial megaclassification”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 52 (Pt 1): 7–76. doi:10.1099/00207713-52-1-7. ISSN 1466-5026. PMID 11837318.
• Stackebrandt, E. (1 tháng 5 năm 2002). “Report of the ad hoc committee for the re-evaluation of the species definition in bacteriology”. INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY. 52 (3): 1043–1047. doi:10.1099/ijs.0.02360-0. PMID 12054223.^{[liên kết hỏng]}
• Christensen, H.; Bisgaard, M.; Frederiksen, W.; Mutters, R.; Kuhnert, P.; Olsen, J. E. (tháng 11 năm 2001). “Is characterization of a single isolate sufficient for valid publication of a new genus or species? Proposal to modify recommendation 30b of the Bacteriological Code (1990 Revision)”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 51 (Pt 6): 2221–2225. doi:10.1099/00207713-51-6-2221. ISSN 1466-5026. PMID 11760965.
• Gürtler, V.; Mayall, B. C. (tháng 1 năm 2001). “Genomic approaches to typing, taxonomy and evolution of bacterial isolates”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 51 (Pt 1): 3–16. doi:10.1099/00207713-51-1-3. ISSN 1466-5026. PMID 11211268.
• Dalevi, D.; Hugenholtz, P.; Blackall, L. L. (tháng 3 năm 2001). “A multiple-outgroup approach to resolving division-level phylogenetic relationships using 16S rDNA data”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 51 (Pt 2): 385–391. doi:10.1099/00207713-51-2-385. ISSN 1466-5026. PMID 11321083.
• Keswani, J.; Whitman, W. B. (tháng 3 năm 2001). “Relationship of 16S rRNA sequence similarity to DNA hybridization in prokaryotes”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 51 (Pt 2): 667–678. doi:10.1099/00207713-51-2-667. ISSN 1466-5026. PMID 11321113.
• Young, J. M. (tháng 5 năm 2001). “Implications of alternative classifications and horizontal gene transfer for bacterial taxonomy”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 51 (Pt 3): 945–953. doi:10.1099/00207713-51-3-945. ISSN 1466-5026. PMID 11411719.
• Christensen, H.; Angen, O.; Mutters, R.; Olsen, J. E.; Bisgaard, M. (tháng 5 năm 2000). “DNA-DNA hybridization determined in micro-wells using covalent attachment of DNA”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 50 Pt 3: 1095–1102. doi:10.1099/00207713-50-3-1095. ISSN 1466-5026. PMID 10843050.
• Xu, H. X.; Kawamura, Y.; Li, N.; Zhao, L.; Li, T. M.; Li, Z. Y.; Shu, S.; Ezaki, T. (tháng 7 năm 2000). “A rapid method for determining the G+C content of bacterial chromosomes by monitoring fluorescence intensity during DNA denaturation in a capillary tube”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 50 Pt 4: 1463–1469. doi:10.1099/00207713-50-4-1463. ISSN 1466-5026. PMID 10939651.
• Young, J. M. (tháng 7 năm 2000). “Suggestions for avoiding on-going confusion from the Bacteriological Code”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 50 Pt 4: 1687–1689. doi:10.1099/00207713-50-4-1687. ISSN 1466-5026. PMID 10939677.
• Hansmann, S.; Martin, W. (tháng 7 năm 2000). “Phylogeny of 33 ribosomal and six other proteins encoded in an ancient gene cluster that is conserved across prokaryotic genomes: influence of excluding poorly alignable sites from analysis”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 50 Pt 4: 1655–1663. doi:10.1099/00207713-50-4-1655. ISSN 1466-5026. PMID 10939673.
• Tindall, B. J. (tháng 7 năm 1999). “Proposal to change the Rule governing the designation of type strains deposited under culture collection numbers allocated for patent purposes”. International Journal of Systematic Bacteriology. 49 Pt 3: 1317–1319. doi:10.1099/00207713-49-3-1317. ISSN 0020-7713. PMID 10490293.
• Tindall, B. J. (tháng 7 năm 1999). “Proposal to change Rule 18a, Rule 18f and Rule 30 to limit the retroactive consequences of changes accepted by the ICSB”. International Journal of Systematic Bacteriology. 49 Pt 3: 1321–1322. doi:10.1099/00207713-49-3-1321. ISSN 0020-7713. PMID 10425797.
• Tindall, B. J. (tháng 7 năm 1999). “Misunderstanding the Bacteriological Code”. International Journal of Systematic Bacteriology. 49 Pt 3: 1313–1316. doi:10.1099/00207713-49-3-1313. ISSN 0020-7713. PMID 10425796.
• Tindall, B. J. (tháng 7 năm 1999). “Proposals to update and make changes to the Bacteriological Code”. International Journal of Systematic Bacteriology. 49 Pt 3: 1309–1312. doi:10.1099/00207713-49-3-1309. ISSN 0020-7713. PMID 10425795.
• Palys, T.; Nakamura, L. K.; Cohan, F. M. (tháng 10 năm 1997). “Discovery and classification of ecological diversity in the bacterial world: the role of DNA sequence data”. International Journal of Systematic Bacteriology. 47 (4): 1145–1156. doi:10.1099/00207713-47-4-1145. ISSN 0020-7713. PMID 9336922.
• Euzéby, J. P. (tháng 4 năm 1997). “List of Bacterial Names with Standing in Nomenclature: a folder available on the Internet”. International Journal of Systematic Bacteriology. 47 (2): 590–592. doi:10.1099/00207713-47-2-590. ISSN 0020-7713. PMID 9103655.
• Clayton, R. A.; Sutton, G.; Hinkle, P. S.; Bult, C.; Fields, C. (tháng 7 năm 1995). “Intraspecific variation in small-subunit rRNA sequences in GenBank: why single sequences may not adequately represent prokaryotic taxa”. International Journal of Systematic Bacteriology. 45 (3): 595–599. doi:10.1099/00207713-45-3-595. ISSN 0020-7713. PMID 8590690.
• Murray, R. G.; Schleifer, K. H. (tháng 1 năm 1994). “Taxonomic notes: a proposal for recording the properties of putative taxa of procaryotes”. International Journal of Systematic Bacteriology. 44 (1): 174–176. doi:10.1099/00207713-44-1-174. ISSN 0020-7713. PMID 8123559.
• Winker, S.; Woese, C. R. (1991). “A definition of the domains Archaea, Bacteria and Eucarya in terms of small subunit ribosomal RNA characteristics”. Systematic and Applied Microbiology. 14 (4): 305–310. doi:10.1016/S0723-2020(11)80303-6. ISSN 0723-2020. PMID 11540071.
• Woese, C. R.; Kandler, O.; Wheelis, M. L. (tháng 6 năm 1990). “Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 87 (12): 4576–4579. doi:10.1073/pnas.87.12.4576. ISSN 0027-8424. PMID 2112744.
• Achenbach-Richter, L.; Woese, C. R. (1988). “The ribosomal gene spacer region in archaebacteria”. Systematic and Applied Microbiology. 10: 211–214. doi:10.1016/s0723-2020(88)80002-x. ISSN 0723-2020. PMID 11542149.
• McGill, T. J.; Jurka, J.; Sobieski, J. M.; Pickett, M. H.; Woese, C. R.; Fox, G. E. (1986). “Characteristic archaebacterial 16S rRNA oligonucleotides”. Systematic and Applied Microbiology. 7: 194–197. doi:10.1016/s0723-2020(86)80005-4. ISSN 0723-2020. PMID 11542064.
• Woese, C. R.; Gupta, R.; Hahn, C. M.; Zillig, W.; Tu, J. (1984). “The phylogenetic relationships of three sulfur dependent archaebacteria”. Systematic and Applied Microbiology. 5: 97–105. doi:10.1016/s0723-2020(84)80054-5. ISSN 0723-2020. PMID 11541975.
• Woese, C. R.; Fox, G. E. (tháng 11 năm 1977). “Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: the primary kingdoms”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 74 (11): 5088–5090. doi:10.1073/pnas.74.11.5088. ISSN 0027-8424. PMC 432104. PMID 270744.

Sách khoa học

• Bergey's manual of systematic bacteriology. David R. Boone, Richard W. Castenholz, George M. Garrity (ấn bản thứ 2). New York: Springer. 2001. ISBN 0-387-98771-1. OCLC 45951601.

Liên kết ngoài

• Comparative Analysis of Euryarchaeota Genomes Lưu trữ 2010-08-29 tại Wayback Machine (at DOE's IMG system)
• J.P. Euzéby: List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature Lưu trữ 2013-01-27 tại Wayback Machine