Während seines Studiums in Göttingen wurde Wernle 1894 Mitglied der Schwarzburgbund-VerbindungBurschenschaft Germania.[1] 1900 wurde er ausserordentlicher, 1905 ordentlicher Professor an der Universität Basel. Er lehrte neuere Kirchengeschichte, Dogmengeschichte und Geschichte des protestantischen Lehrbegriffs sowie im Nebenfach Neues Testament. Zu seinen Schülern zählte Josef Hromádka.[2] und Eduard Thurneysen. 1916 amtierte er als Rektor. Per Ende Wintersemester 1927/1928 wurde er krankheitshalber emeritiert.
Thomas K. Kuhn: Theologisch-historische Leidenschaften: Paul Wernle (1872–1939). In: Im Spannungsfeld von Gott und Welt. Beiträge zu Geschichte und Gegenwart des Frey-Grynaeischen Instituts in Basel 1747–1997. Hrsg. von Andreas Urs Sommer, Basel 1997, S. 135–158.
↑Hermann Goebel (Hrsg.): Mitgliederverzeichnis des Schwarzburgbundes. 8. Aufl., Frankfurt am Main 1930, S. 148 Nr. 3482.
↑Dorothea Neumärker: Josef L. Hromádka. Theologie und Politik im Kontext des Zeitgeschehens. Chr. Kaiser Verlag, München 1974, ISBN 3-459-00907-1, S. 36.