Im 16. Jahrhundert bewertete der Jesuitenmissionar Franz Xaver den Charakter der Japaner hoch und schrieb einen Brief nach Rom mit der Hoffnung auf eine Universität in der japanischen Hauptstadt.
Einem Wunsch von PapstPius X. folgend, wurden von der Ordensleitung drei Jesuiten nach Japan berufen. Am 18. Oktober 1908 kam Joseph Dahlmann SJ mit Henri Boucher SJ, vorheriger Leiter einer Jesuitenakademie in Schanghai, und dem Amerikaner James Rockliff SJ, ein in Österreich ausgebildeter gebürtiger Engländer und ehemaliger Superior in einer Jesuitenprovinz in den Vereinigten Staaten, in Yokohama an.[5] 1911 gründeten sie die rechtsfähige Stiftung und den Schulträger „Jōchi Gakuin“. 1913 erfolgte die Gründung der Hochschule als Jōchi Daigaku, später Sophia-Hochschule, auf der Grundlage des Fachschulerlasses durch Hermann Hoffmann SJ. 1928 erlangte diese auch die staatliche Anerkennung des Universitätsstatus aufgrund des Universitätserlasses.[5] Im Jahre 2004 überwiegen die Studentinnen, doch fand die Einführung der Koedukation erst 1957 statt.
Der Name Sophia wurde 1926 aus dem Sedes Sapientiae (Sitz der Weisheit) der Lauretanischen Litanei abgeleitet (die Grundbedeutung von Sophia ist auf Griechisch „Gottes Weisheit“). Der erste Rektor war der deutsche Philosoph Hermann Hoffmann SJ.
Bis 1948 lag die Sophia-Universität in der Verantwortung der Niederdeutschen Provinz des Jesuitenordens, seitdem in der neugegründeten japanischen Vizeprovinz des Ordens. Das Erzbistum Köln unter Joseph Kardinal Frings finanzierte in den 1950er Jahren den weiteren Ausbau der Universität[6], ebenso wie die deutsche Regierung unter Konrad Adenauer sowie Unternehmen wie Volkswagen, Zeiss und Krupp.[5]
Etwa 1.500 Hochschuldozenten unterrichten auf vier Campus (Yotsuya, Mejiro Seibo, Ichigaya, Shakujii) über 12.000 Studenten in Bachelor-, Master- und PhD-Programmen. Die Hochschule verfügt über einen japanischsprachigen und einen englischsprachigen Campus. Auf dem japanischen Campus machen die Fakultäten für Fremdsprachen den größten Anteil aus. Für die deutsche Sprache gibt es drei Fakultäten: deutsche Sprache, deutsche Literatur und Germanistik.[7] Mit 148 Partnerinstituten in 35 Nationen ist sie eine besonders international geprägte Universität.
Inoguchi Kuniko (* 1952), Professorin für Rechtswissenschaften, ständige Vertreterin Japans bei der Abrüstungskonferenz in Genf und Staatsministerin für geschlechtliche Gleichstellung und Staatsministerin für Jugendangelegenheiten und Maßnahmen gegen die sinkende Geburtenrate
José Llompart SJ (1930–2012), Professor für Rechtsphilosophie und Strafrecht
Klaus Luhmer SJ (1916–2011), Professor für Pädagogik, langjähriger Verwaltungsleiter (Kanzler) der Sophia-Universität
Adolfo Nicolás SJ (1936–2020), von 1971 bis 2002 Professor für systematische Theologie; seit 2008 Generaloberer der Societas Jesu (Jesuitenorden)
Bruno Bitter (Hersg.): Sophia Universitaet, 1913–1938, Tokio 1938
Peter Milward: The History of Sophia, In: Yanase, Musuo (Hg.): The Future Image of Sophia University: Looking Toward the 21st Century. Tokio: Sophia University, 1989, S. 55–75.
S. Noma (Hrsg.): Sophia University. In: Japan. An Illustrated Encyclopedia. Kodansha, 1993. ISBN 4-06-205938-X, S. 1446.
Theodore Geppert: „The Early Years of Sophia University“, Tokio 1993
100 Jahre Sophia-Universität Tokio, Sonderheft der Zeitschrift Weltweit. Das Magazin der Jesuitenmission 2013 Digitalisat
↑Norbert Trippen: Josef Kardinal Frings (1887-1978): Sein Wirken für die Weltkirche und seine letzten Bischofsjahre. F. Schöningh 2005, Kap. 5 Die Förderung der Sophia-Universität