Theodor Gartner war der Sohn des Regierungsrats Anton Gartner (1803–1873) und dessen Ehefrau Therese Gartner (1816–1882). Die Malerin Hermine Gartner war seine jüngere Schwester.
Theodor Gartner war von 1868 bis 1885 als Mittelschullehrer für Chemie und Physik tätig. Im Jahr 1885 wurde er Professor für romanische Philologie an der Universität Czernowitz. Von 1899 bis 1913 hatte er den neu errichteten Lehrstuhl für Romanische Philologie an der Universität Innsbruck inne.
1887 heiratete er Maria Graber, Tochter des Zoologen Veit Graber. Aus der Ehe gingen ein Sohn und eine Tochter hervor.
1897 wurde er Ehrenmitglied der Burschenschaft Arminia Czernowitz (heute zu Linz).[1]
Helge Dvorak: Biographisches Lexikon der Deutschen Burschenschaft. Band I: Politiker. Teilband 2: F–H. Winter, Heidelberg 1999, ISBN 3-8253-0809-X, S. 104.
Jan Surman: How Romance Studies Shaped the Ukrainian Language and How the Ukrainian-Romanian Conflict Helped to Create Ladinian: A (Very) Entangled History of A-Political Science. In: Johannes Feichtinger, Anil Bhatti, Cornelia Hülmbauer (Hrsg.): How to Write the Global History of Knowledge-Making. Springer, Cham 2020, S. 73–90.