Runnel töötas Loomingu toimetuse publitsistikaosakonnas aastail 1966–1971. Alates 1971. aastast on ta vabakutseline kirjanik. Aastatel 1992–1993 oli Runnel esimene kutsutud Tartu Ülikooli vabade kunstide professor, ta oli üks Tartu Ülikooli usuteaduskonna taastajatest 1991. aastal ning aastatel 2004–2008 Tartu Ülikooli kuratooriumi kahe järjestikuse koosseisu liige. Aastal 1992 asutas ta kirjastuse Ilmamaa. Temast sai Eesti ainus professor (ja paarkümmend aastat hiljem ka ainuke akadeemik), kes pole lõpetanud ühtegi kõrgkooli. Runnel on sarja Eesti mõttelugu käivitaja ja peatoimetaja aastast 1995, samuti sarja kümnete köidete koostaja ja saatesõnastaja. Alates 1995. aastast on ilmunud 172 mahukat köidet väärtuslikumast osast eesti mõttevarast läbi aegade.[2]
"Juhan Luiga ja vene küsimus" (Tartu Ülikooli aulas 8. oktoobril 1993 peetud loengu tekst, 1993)
"Üle Alpide" (1997)
"Haruldused" (1998)
"Jooksu pealt suudeldud" (artiklite ja esseede kogumik, 1998)
"Küüni täitmine" (näidend, koos Madis Kõivuga, 1998)
"Mõistatused" (2000)
"Omad" (2002)
"Õpetussõnad" (2003)
"Maakoore pehmenemine" (2003)
"Suureks saamine: laste laulud ammu ja homme" (lasteluule ja lastelaulude valikkogu, 2004). Seda teost müüdi 2004. aastal 6879 eksemplari, millega oli läbimüügilt Eesti aasta 13. raamat, sealjuures suurima läbimüügiga eesti ilukirjandusteos[4].
2024Ferdinand Johann Wiedemanni keeleauhind (järjepideva ja mõjuka panuse eest eesti keele, kirjanduse ja kultuuri rikastamisse ning kindlustamisse luuletajana ja kirjanduselu korraldajana).
Ene Mihkelson. "Mis juhtus aastal 1981?" (H. Runneli reageeringust Kivisildniku tekstile "Eesti Nõukogude Kirjanike Liit 1981. aasta seisuga, olulist") - Postimees, 8. juuli 1996