Rentré en France, il décide de se vouer entièrement à la composition et reçoit divers prix (SACEM, André Jolivet, etc.) Le Festival international de Round Top l'invite plusieurs fois comme compositeur en résidence et crée plusieurs de ses œuvres : Kammerkonzert, Book of Angels et son Quatuor avec piano.
En 1998, il reçoit la Bourse Fulbright qui lui permet de repartir aux États-Unis avant d'être nommé compositeur en résidence dans la région Nord-Pas-de-Calais pendant deux ans et demi[4]. De nombreuses œuvres sont écrites et créées pendant cette période, parmi lesquelles Apparition de la Cité d'or, composée comme pièce imposée de piano au concours de médaille d'or. Sa Première Symphonie est créée à Radio France en 2000 tandis que son second opéra Médée de Thessalonique - sur un livret de Frédéric Lenormand - (Commande d'État, production de La Clef des Chants en coproduction avec l'Ars Nova Ensemble) est créé au théâtre d’Arras dans une mise en scène de Vincent Goethals avec l'ensemble Ars Nova dirigé par Philippe Nahon, le rôle-titre étant tenu par Nicole Kuster[5].
Christophe Looten a mis au point en 1981 une échelle de sons jamais utilisée consciemment auparavant et non répertoriée : le mode bi-pentaphonique. Elle résulte de la superposition (avec deux notes communes) de deux hexaphones à structure intervallique identique et non rétrogradable. L'utilisation de cette échelle (transposable sur les 12 degrés) est source d'une grande richesse tant sur le plan expressif que sur celui de la structure de l'œuvre. Constituée de 10 sons (les deux manquants sont absolument exclus tant qu'une modulation ne les a pas réintroduits), elle redonne au compositeur qui écrit une musique non tonale toutes les possibilités structurelles, rhétoriques et symboliques qu'offrait le langage tonal. Looten se sert de cette échelle depuis 1981, date à laquelle il a recommencé la numérotation de son catalogue.
Première Symphonie, Commande de Radio-France (2000)
In lumine Lumen, Symphonie concertante pour violon et orchestre, commande de l'Ambassade de France à l'occasion de “Luxembourg, Capitale européenne de la Culture” (1995)
Book of Angels, double concerto pour violon, violoncelle et orchestre (1994)
Les Mains ailées, concerto pour violon et orchestre (1992)
Kammerkonzert, pour violon et orchestre (1991)
Triplum
Antanaclasis, pour 3 solistes instrumentaux et 4 groupes (1986)
Regards, pour double chœur et grand orchestre (1984)
Deutsche Motetten, 9 chœurs a cappella (dans différentes formations) (2016)
Ecce beatam lucem, motet pour 40 voix a cappella [5 double-chœurs SSAATTBB] (2014)
Cinq Canons, pour chœur de femmes a cappella (2014)
Invictus, pour 8 voix de femmes a cappella (2013)
Quatre versets alléluiatiques, pour 8 voix a cappella (2013)
Grand Pater noster, pour 8 voix a cappella (2012), composé pour l'ensemble Sequenza 9.3. Le texte du "Notre père" est chanté en latin, grec, swahili, maori et japonais.
Audi tellus, pour double chœur a cappella et 4 solistes du rang (2006)
Christophe Looten (trad. de l'allemand), Richard Strauss "moi, je fais l'Histoire de la musique", Paris, Fayard, 2022, 305p.
Christophe Looten (trad. de l'allemand), Johannes Brahms par ses lettres, Paris, Actes-Sud, , 490 p. (ISBN978-2-330-08033-4)
Christophe Looten (trad. de l'allemand), Bons Baisers de Bayreuth : Richard Wagner par ses lettres, Paris, Fayard, , 403 p. (ISBN978-2-213-67107-9, BNF43536375),
Visites à Richard Wagner, préface, présentation et notes de la réédition des Souvenirs de Judith Gautier - Éditions Le Castor Astral, 1992, 185 p. (ISBN2-85920-203-X)(BNF35601979)
Organiser le chaos, pour l’élaboration d’un système de composition musicale, Mélanges de la Casa de Velázquez, 1987.
et des articles consacrés à des opéras célèbres :
Lohengrin, opéra wagnérien?, programme de Lohengrin, Opéra de Paris, 1997
Parsifal, Hercule et Saint Augustin, programme de Parsifal, théâtre du Châtelet, 1997
Exotique exotisme, programme de Turandot, Opéra de Paris, 1998
L’inquiétante étrangeté, programme de L’Enfant et les Sortilèges, Opéra de Paris, 1998
Le japonisme est-il un exotisme ?, programme de Madame Butterfly, Opéra de Paris, 1998
Jouer n’est pas un jeu, programme de La Dame de Pique, 1999
De Busoni et l’astronomie, Journal du théâtre du Châtelet, 2000
La plus subtile des subtilités, programme d’Arabella, théâtre du Châtelet, 2000
Avec ou sans chapeau ?, programme de La Femme silencieuse, théâtre du Châtelet, 2001
L’arc en ciel des concepts, programme d’Ariadne auf Naxos, théâtre du Châtelet, 2002
Les fils de Tirésias, programme des Troyens, théâtre du Châtelet, 2003
Les éléphants n’ont pas d’ailes, programme d’Ariadne auf Naxos, Opéra de Paris, 2003
Mère ! Mère !, programme de Tannhäuser, théâtre du Châtelet, 2004
La force des paroxysmes, programme de Elektra, Opéra de Paris, 2005
L’invention de détails, programme du Ring des Nibelungen, théâtre du Châtelet, 2005
La puissance du Très-Haut te prendra sous son ombre, sur La Femme sans ombre de Richard Strauss
Tat Tvam Asi, sur Les Fées de Richard Wagner
Trois fois 1 égale 1, sur le Triptyque de Puccini
Richard Wagner, compositeur baroque (et sa traduction en allemand (Richard Wagner, Barokkomponist) parue dans Jenseits von Bayreuth (ISBN978-3-7705-5686-1)