De retour au Canada en 1958, il devient publicitaire avant d'entrer à l'Office national du film du Canada en tant que cinéaste-scénariste. Il réalisera plusieurs films, dont 4 longs métrages de fiction et plusieurs documentaires. En 1959 il est l'un des fondateurs de la revue littéraire Liberté.
En 1962 il participe activement à la création du Mouvement laïque de langue française (MLF) dont il sera l'ultime président en 1967. Cette même année il rédige le scénario du pavillon thématique de l'Exposition universelle de Montréal, L'homme dans la Cité,
Il publie différents essais pendant que se déroule la Révolution tranquille, rédige dix romans, un journal, un roman jeunesse et trois albums pour enfants. Le roman Salut Galarneau ! (1967), en particulier, condense exemplairement une série de thématiques d'autonomisation ou d'émancipation du sujet, où l'on retrouve un écho différé du manifeste Refus global de 1948. De façon générale, ses romans explorent « les possibilités de l'identité québécoise »[1].
Depuis plus de 40 ans Godbout tient une chronique littéraire dans le magazineL'Actualité. Il est également membre du comité éditorial des Éditions du Boréal depuis 1985.
En , il a suscité une vive controverse sur l’avenir démographique du Québec à la suite d’une entrevue accordée à Michel Vastel dans le magazine L’Actualité[2]. Reprenant l’essentiel de ses propos dans Le Devoir du [3], Godbout a reçu l’appui du démographe Michel Paillé[4]. Dans les inquiétudes de Godbout, Paillé a vu «des fondements démographiques»[5].
Jacques Godbout a été invité comme conférencier et professeur à l'Université Carleton (Ottawa), à l'Université Meiji de Tokyo, à l’Université Berkeley de Californie et dans son Alma mater, l'Université de Montréal.
De 1962 à 2002, plusieurs de ces films ont obtenu des prix dans des festivals internationaux, entre autres à Venise, Chicago, Biarritz, Cannes, Nyon, Toronto et Montréal.
Jacques Godbout reçoit un EUROFIPA à Cannes en 1994, et le Grand prix de la SCAM à Paris en 1997.
2002 - Doctorat honorifique de l'Université d'Ottawa pour « souligner la contribution exceptionnelle de Jacques Godbout au rayonnement de la culture québécoise et canadienne »[6].
↑Jean-Pierre Lapointe, « La formulation de l’imagerie culturelle américaine dans les romans de Jacques Godbout », Études françaises, vol. 27, no 2, , p. 75 (lire en ligne)
Alex Demeulenaere: La question sociale dans l’œuvre d’Yvon Rivard et de Jacques Godbout, Zeitschrift für Kanada-Studien, 66. Wißner, Augsburg 2017 (ISSN0944-7008) pp 9 – 20 en ligne
Jean-Marie Klinkenberg: Une étude de “Salut Galarneau!”. Boréal, coll. Les classiques québécois expliqués, Montréal 1997
Jean-Pierre Lapointe, « La formulation de l’imagerie culturelle américaine dans les romans de Jacques Godbout », Études françaises, vol. 27, no 2, , p. 75-83 (lire en ligne)