Johannes Joergensen est né en 1866 à Svendborg, sur l'île de Fionie. De famille protestante non pratiquante, doté d'un caractère mélancolique et grand amoureux de la nature, il rejoint à 16 ans le lycée Nørrebros de Copenhague. C'est dans cette ville qu'il commença à fréquenter des artistes. Il s'intéressa un temps à la théosophie et aux nihilistes russes et il était fasciné par Georg Brandes qui voulait dissiper les "ténèbres du christianisme"
Dès son enfance, il montra un grand intérêt pour la poésie qui lui permettait d'exprimer ses rêves et ses pensées et qui resta toute sa vie son mode d'expression favori.
Devenu collaborateur et ensuite rédacteur de la revue Taarnet (Tour), il publia ses œuvres poétiques caractérisées par un langage métaphorique d'inspiration symboliste, se trouvant cependant en opposition avec les défenseurs de ce courant, parmi lesquels les frères Georg et Edvard Brandes, rédacteurs du quotidien liberal-radical Politiken, qui exprimaient des jugements très négatifs envers les poètes de Taarnet.
En 1902 il traduisit les Fioretti en danois et l'année suivante il publia un livre où il décrivit des sites franciscains de son parcours de pèlerin. En 1907, il publia la biographie de saint François d'Assise. Après les ouvrages de Paul Sabatier, le succès de cet ouvrage joua un rôle considérable dans l'engouement pour le Poverello dans le monde catholique et bien au-delà. Il lui valut aussi d'être nommé citoyen d'honneur d'Assise en 1922 et de Svendborg en 1936.
Il rédigea d'autres biographies de saints, dont celles de Sainte Catherine de Sienne et de Saint Jean Bosco. Il resta toute sa vie très attachée à la nature, qu'il célébra dans ses poèmes.
En 1913 il se sépara de sa femme Amalie Ewald, avec laquelle il avait eu sept enfants, et en 1937, deux ans après la mort de celle-ci, il se remaria avec l'autrichienne Helena Klein et il s'installa à Assise qu'il ne quitta qu'entre 1943 et 1945 pour se rendre à Vadstena, en Suède pour travailler à sa biographie de sainte Brigitte de Suède. En 1952, il décida de retourner définitivement à Svendborg, où il vécut jusqu'à sa mort, le à l'âge de 90 ans. Il fut enterré au cimetière de Svendborg.
Ove Klausen, Introduktion til Johannes Jørgensens forfatterskab, efterskift i Johannes Jørgensen, Tråden ovenfra. 1999.
Stig Holsting og Oluf Schönbeck (red.), Fagerø. En antologi om Johannes Jørgensen og hans forfatterskab. 2006
Teddy Petersen, Et menneske kommer derhen, hvor det vil. Biografi. 2006. (ISBN87-7887-391-6)
Henrik Denman, Johannes Jørgensen litteraturen. Bøger og artikler på dansk 1893-2007. 2008
W. Glyn Jones, Han blev aldrig italiener. Johannes Jørgensens forfatterskab. 2008.
Giovanni Jørgensen e il francescanesimo : atti del XXXV Convegno internazionale, Assisi, 11-13 ottobre 2007 in occasione del cinquantesimo anniversario della morte, 1956-2006, organizzato dalla Società internazionale di studi francescani e dal Centro interuniversitario di studi francescani, Spoleto, Fondazione centro italiano di studi sull'Alto Medioevo, 2008.