Nacque nel 1820 a Salamanca, dove si laureo in medicina. Si trasferì a Madrid nel 1844, dove si è occupato di giornalismo politico e di altre posizioni ufficiali sotto i ministeri liberali. Aguilera è diventato direttore del Museo Archeologico Nazionale a Madrid, dove morì il 1 Luglio 1881.
Aguilera ha avuto una notevole popolarità, con una raccolta poetica intitolata Ecos Nacionales (1849). La sua opera Elegías Armonias Y (1863) ha avuto meno successo rispetto alla precedente. Altre sue opere sono: Sátiras (1874), Estaciones del año (1879), Inspiraciones (1865, poesia) e Poesias (1880, poesia).