José Pacheco Pereira nasceu no Porto, na Rua de Santos Pousada, no seio de uma família de classe média. Neto do pintor Gonçalo Pacheco Pereira, filho de Álvaro Gonçalo de Lima Pacheco Pereira (Porto, Bonfim/Cedofeita, 4 de agosto de 1921 - 5 de maio de 2012), Licenciado em Filosofia pela Faculdade de Letras da Universidade do Porto, que foi docente do ensino superior (ISCTE e UAL)[3][4] e de História e Filosofia no ensino secundário, e de sua mulher (Porto, Bonfim, Igreja de Nossa Senhora da Conceição, 20 de março de 1948) Maria Celina Machado (Porto, Bonfim, 5 de julho de 1920/1 - Porto, Vitória, 17 de junho de 1996/7), funcionária pública nos Correios, Telégrafos e Telefones (CTT).[5]
É bisneto por bastardia do 5.º Senhor de Aveloso e 5.º Senhor do Préstimo, dos antigos Alcaides-Mores do Castelo de Vila de Rei. Sua avó paterna era espanhola. É irmão de Beatriz Pacheco Pereira e cunhado de Mário Dorminsky, e de Maria Manuela Machado Pacheco Pereira, administrativa. Como antepassado ilustre tem Diogo Lopes Pacheco, um dos assassinos de D. Inês de Castro. Casou no Porto, a 7 de novembro de 1975 com Isabel Maria de Seabra Correia Soares (Ovar, São Vicente de Pereira Jusã, 11 de setembro de 1949), filha de Manuel Correia Soares e de sua mulher Maria Ludovina Godinho de Seabra, da qual teve um único filho, José Gonçalo Soares Pacheco Pereira (Porto, 1985), licenciado em Economia pela Faculdade de Economia da Universidade Nova de Lisboa com um MBA pela Boston University School of Management, casado com Maria João de Sousa Tadeu.[6]
Por volta de 1965 conheceu Eugénio de Andrade, que veio a influenciar bastante a sua formação, dando-lhe a ler e a discutir muitos livros e poemas.[7]
Pacheco Pereira iniciou na juventude a sua actividade política, na oposição ao Estado Novo. Zita Seabra afirma que Pacheco Pereira a terá contactado com vista à sua eventual adesão ao Partido Comunista.[9] Esta informação é, no entanto, negada por Pacheco Pereira:[10]
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Talvez o melhor exemplo é uma história retirada do livro da Zita Seabra, que se percebe no contexto, porque era assim que uma comunista do PCP pensava em 1965, — (como é que era possível que alguém conhecesse Marx e não quisesse fazer parte do glorioso partido da classe operária?), — mas que contém suficientes incongruências cronológicas para não ser tomada a sério. Aliás, já a desmenti várias vezes, inclusive numa entrevista recente ao "i", mas lá está na minha «biografia» da Wikipedia e um pouco por todo o lado. Só quem não viveu aqueles tempos é que pode pensar que os mais de seis anos passados entre o princípio da história e o seu fim não fossem seis séculos em que tudo mudou e tudo estava mudado.
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Viria a aderir ao PCP (m-l) em 1972, de inspiração maoísta, fundando a Secção Norte desse mesmo partido. Já publicara então o seu primeiro livro, As lutas operárias contra a carestia de vida em Portugal: a greve geral de Novembro de 1918, editado em 1971. Este livro seria apreendido e proibido de circular pela PIDE, a qual, pouco depois, instaurou um processo ao autor, sob a direção do inspetor António Rosa Casaco.[11] Após uma rusga da PIDE à sua casa, a 30 de abril de 1973, viveu na clandestinidade, da qual só sairia completamente após o golpe de 11 de março de 1975.[12]
Pacheco Pereira recolheu, classificou, organizou e estudou de forma sistemática documentação sobre a vida política portuguesa, tendo lançado a revista Estudos sobre o comunismo: Boletim de estudos interdisciplinares sobre o comunismo e os movimentos comunistas (inspirada pela revista Communisme, de Annie Kriegel e Stéphane Courtois) em 1983. Foi director da revista, de cujo conselho de redacção faziam parte, para além do próprio Pacheco Pereira, Fernando Rosas, Rogério Rodrigues, Maria Goretti Matias, António Moreira, José Alexandre Magro («Ramiro da Costa») e Manuel Sertório.[15] Com João Carlos Espada e Manuel Villaverde Cabral, fundou em 1984 o Clube da Esquerda Liberal.
Em 1986 apoiou activamente a primeira eleição presidencial de Mário Soares.[16] Foi deputado pelo Partido Social Democrata durante quatro legislaturas (1987–1991, 1991–1995, 1995–1999 e 2009–2011), tendo sido eleito da primeira vez como independente, pois só se filiaria no PSD em 1988.[17] Acabaria por ser líder parlamentar[18] e presidente da comissão política distrital de Lisboa deste partido.[19] Foi membro da Delegação da Assembleia da República à Assembleia da NATO e Presidente do Subcomité da Europa de Leste e da ex-URSS da Comissão Política da Assembleia do Atlântico Norte. Foi também Vice-Presidente do Instituto Luso-Árabe para a Cooperação.[carece de fontes?]
Já em 1995 seria o cabeça de lista do PSD pelo círculo eleitoral de Aveiro, nas eleições legislativas que culminaram na vitória do Partido Socialista, então dirigido por António Guterres. Pacheco Pereira enfrentou nessa eleição, entre outros, Paulo Portas e Carlos Candal. A disputa desse círculo foi uma das mais polémicas, sendo a razão dessa polémica o Breve manifesto anti-Portas em português suave, da autoria de Carlos Candal. Em 2002, foi cabeça de lista pelo círculo eleitoral do Porto, nas eleições legislativas que culminaram com a vitória do Partido Social Democrata, então dirigido por Durão Barroso. Contudo, por ser na altura deputado europeu, não assumiu o cargo de deputado na Assembleia da República. Foi Vice-Presidente do Parlamento Europeu entre 1999 e 2004.
Em 2004 foi nomeado embaixador de Portugal na UNESCO. Um mês após a divulgação de que iria ocupar este cargo, quando se soube que Santana Lopes iria substituir Durão Barroso como primeiro-ministro, demitiu-se por não querer ficar na dependência funcional de um governo que pretendia criticar. Voltou a ser eleito deputado (pelo PSD, como cabeça de lista por Santarém) nas eleições legislativas de 2009.
É colaborador regular da imprensa escrita. Actualmente é cronista do jornal "Público" e da revista "Sábado", tendo sido no passado colaborador do "Semanário" e do "Diário de Notícias". Também é comentador político na televisão, nomeadamente na Circulatura do Quadrado na TVI24 (até janeiro de 2019 num programa semelhante, Quadratura do Círculo, na SIC Notícias, programa que por sua vez sucedeu ao Flashback da TSF) tendo na década de 1990 participado no programa Viva a Liberdade! da SIC, juntamente com Miguel Sousa Tavares e António Barreto. Também participou, em 2008, no programa Minuto a minuto, do Rádio Clube e faz actualmente o programa Ponto/Contraponto na SIC Notícias, um programa de comentários sobre comunicação social, media, jornais, rádios, blogues, livros e televisão. Na blogosfera, assina os blogues Abrupto, Estudos sobre o Comunismo e Ephemera.
Desde 2013, é sócio correspondente da Classe de Letras da Academia das Ciências de Lisboa (3.ª Secção - Filosofia, Psicologia e Ciências da Educação).[22]
A sua biblioteca instalada desde 2003 na Marmeleira, com cerca de 110 000 títulos, é possivelmente a maior biblioteca privada portuguesa. Foi criada uma associação entre abril e maio de 2017 com 120 associados. Pacheco Pereira está a estudar a possibilidade de a converter numa fundação.[23][24] Em 2017 lançou o site Ephemera, que pretende ajudar a difundir o seu arquivo — no site aparece uma história do arquivo, as suas raízes na biblioteca da família Pacheco Pereira, uma descrição dos principais fundos e colecções, eventos, trabalhos de investigação, exposições e publicações.
"O um dividiu-se em dois": Origens e enquadramento internacional dos movimentos pró-chineses e albaneses nos países ocidentais e em Portugal (1960–1965) (Alêtheia, 2008);
As Armas de Papel. Publicações periódicas clandestinas e do exílio ligadas a movimentos radicais de esquerda cultural e política (1963–1974) (Temas e Debates / Círculo de Leitores, 2013);
O século XIX em Portugal, coordenado por Jaime Reis, Maria Filomena Mónica e Maria de Lurdes Lima dos Santos (Gabinete de Investigações Sociais, 1981);[29]
↑No seu livro Foi Assim (p. 27), Zita Seabra descreve os encontros que tiveram (em 1966) nos seguintes termos: «Só conheci um caso de alguém que entrou na vida política dessa altura depois de ter optado por ler os clássicos e considerar que estava teoricamente preparado para o fazer: foi o José Pacheco Pereira. O meu liceu era a Carolina Michaëlis e todo o movimento associativo existente nos liceus se encontrava lá e no D. Manuel II, pois não tínhamos, para nosso desespero, contactos com os liceus do outro lado da cidade, o Rainha Santa Isabel e o Alexandre Herculano. O José Pacheco Pereira queria entrar para o movimento associativo e ser comunista e procurou-me com esse objectivo. Para poder entrar tinha feito uma enorme preparação teórica e já tinha lido uma série de obras dos clássicos do marxismo-leninismo. Primeiro, encontrámo-nos no Café de São Lázaro e tivemos posteriormente vários outros encontros. Achei aquilo muito estranho e disse-o ao controleiro […], que concordou comigo: ou ele era um génio para ler tanto e preparar-se daquela forma, ou era suspeito. O José Pacheco Pereira, já com uma enorme capacidade de leitura e preocupação intelectual, falava com à vontade d' O Capital de Marx, ou do Materialismo e Empiriocriticismo de Lenine. Nós achámos melhor pô-lo de quarentena, para termos a certeza de que tão estranho comportamento não seria o de um provocador. Nunca chegou a entrar para o PCP: eu deixei de acompanhar o caso, passei nessa altura à clandestinidade e ele não gostou do tempo de espera. Impaciente, criou o seu próprio partido marxista-leninista. Foi caso único.»