Născut la București în 1946 ca al doilea fiu între cei trei copii ai unei familii ardelene. Tatăl, refugiat la București din Bistrița în urma Dictatului de la Viena din 1940, a lucrat la o carieră de piatră din Bixad, apoi a fost administrator al proprietății unui inginergerman, Andrei Eckhart, care a fost în 1946 nașul copilului. Mama lui Marga era originară din Mediaș. În 1947 familia a revenit în Transilvania și a cumpărat o casă în Satul Nou sau Neudorf, sat săsesc de lângă Bistrița, unde Andrei Marga și-a petrecut copilăria. El a urmat mai apoi studii reale la liceul „Stefan Ludwig Roth” din Mediaș.
Având nota maximă la examenele de bacalaureat, a fost primit la facultatea de filosofie din Cluj, fără a mai fi nevoie să treacă un examen de admitere. În timpul studiilor universitare a frecventat cercurile studențești și intelectuale care se întruneau regulat la cafeneaua „Arizona” din Cluj. În 1971 a terminat licența în filosofie și sociologie, fiind șef de promoție. A fost mai apoi acceptat ca asistent la facultatea de filosofie, predând cursuri de filosofia istoriei și logica generală,
Distingându-se la învățătură, a fost cooptat încă în vremea studiilor ca membru al Partidului Comunist Român,[4][5] și a fost pentru un timp președinte pe centrul universitar Cluj al uniunii asociațiilor studențești, organizația studențească unică din vremea regimului comunist.
În împrejurările deschiderii politicii externe a României comuniste spre Occident, Marga a fost unul din 75 tineri români trimiși pentru o lună în vizită la familii americane din Statele Unite și, în 1975, a fost beneficiarul unei burse de studii de un an în Germania Federală.[6] Între 1980 și 1994 a efectuat mai multe stagii de studii/documentare la universități din RFG (Erlangen, Münster, Frankfurt am Main) și la Institutul „Max Planck” din Starnberg, RFG.[7] Cu acest prilej Marga a susținut doctoratul în filozofie.
Andrei Marga este autorul a numeroase cărți având ca subiect istoria filosofiei moderne și contemporane, filosofia politică și filosofia religiei. Lucrările sale cele mai importante, din perioada comunistă (dar și de mai târziu), s-au ocupat de filosofii Marcuse și Habermas, exponenți de frunte, ai noii stângi precum și ai școlii de la Frankfurt.
În 1979 a devenit lector, iar după Revoluția din 1989 a fost promovat ca profesor de filozofie contemporană și logică. Ulterior, a fost decan al Facultății de istorie și filozofie, prorector și apoi rector al Universității Babeș-Bolyai din Cluj-Napoca.
În timpul funcționării sale ca rector, vreme de circa 15 ani, a procedat la reforme, inclusiv adoptarea Cartei Universității în 1995, a promovat înființarea a 11 noi facultăți. La propunerea partidului Convenția Democratică, a devenit ministru al Educației Naționale între 5 decembrie1997 și 28 decembrie2000, în cabinetele Ciorbea, Vasile și Isărescu, din partea PNȚCD. După eșecul acestui partid la alegerile din 2000 a deținut pentru scurt timp funcția de președinte al PNȚCD, iar mai apoi s-a înscris în PNL.
În calitate de ministru de resort a lansat programul unei reforme a învățământului, care conținea reforma programului de predare, schimbări în managementul academic și financiar al educației și descentralizarea și reorganizarea cercetării. A promovat forme avansate de cooperare internațională, vizând tranziția completă a României spre sistemul european de educație.
La 15 martie 2011 patriarhul Daniel al Bisericii Ortodoxe Române i-a acordat Crucea patriarhală pentru mireni.[8]
Între 7 mai 2012 și 6 august 2012, a fost ministru de externe al României, în Guvernul Ponta.
În septembrie, cu aprobarea Senatului, a fost numit președinte al Institutului Cultural Român. Deși mutarea abruptă a instituției de la Administrția Prezidențială la Senat fusese apărată în iunie 2012 cu pretextul că s-ar fi dorit un „mecanism transparent și democratic de control parlamentar”,[9] Marga nici nu a participat la audierile în comisiile de cultură și externe din Senat.[10]
Din această funcție, a anunțat în toamna lui 2012 noua strategie culturală a instituției, regăsită într-un document programatic intitulat „Sincronizarea Institutului Cultural Român”.[11] Se viza promovarea mai puternică a realizărilor științifice și tehnice, Marga exemplificând eronat într-o emisiune că un român ar fi inventat caloriferul.[11] De asemenea, a fost anunțată înființarea de așezăminte ale ICR în țară, în timp ce scopul înființării ICR fusese promovarea României în afara țării.
În 9 ianuarie 2012, a reieșit că Marga își numise nepoata (Eunicia Maria Trif) în funcția de secretar general adjunct la ICR, după ce aceasta îi fusese și consilieră la Ministerul Afacerilor Externe.[12][13]
În martie 2013 ICR, sub conducerea sa, a respins finanțarea unor proiecte culturale naționale de rezonanță, precum Festivalul Internațional TIFF de la Cluj, Festivalul de Jazz de la Sibiu, Festivalul de film independent Anonimul și Festivalul Național de Teatru UNITER, alegând în schimb să susțină financiar Gala premiilor VIP.[14]
Este căsătorit cu Delia-Felicia Marga, conferențiar universitar doctor la Facultatea de Științe Economice și Gestiunea Afacerilor din Cluj.
Herbert Marcuse. Studiu critic, Editura Dacia, Cluj, 1980, 250 p.;
Teme hegeliene (în colaborare cu Vasile Musca), Editura Dacia, Cluj Napoca, 1982, 328 p.;
Cunoaștere și sens. Perspective critice asupra pozitivismului, Editura Politică, București, 1984, 256 p.;
Acțiune și rațiune în concepția lui Jürgen Habermas, Editura Dacia, Cluj, 1985, 306 p.;
Raționalitate, comunicare, argumentare, Editura Dacia, Cluj, 1991, 327 p. (retipărită în ediția a doua de Editura Grinta, Cluj-Napoca, 2009);
Introducere în metodologia și argumentarea filosofică, Editura Dacia, Cluj, 1992, 194 p.;
Explorări în actualitate, Editura Apostrof, Cluj, 1995, 187 p.;
Filosofia unificării europene, Editura Apostrof, Cluj, 1995, 257 p.; ediția a II-a, , Editura Apostrof, Cluj, 1997, 392 p.; ediția a III-a, editura Fundației pentru Studii Europene, Cluj, 2003, 436 p.;
Universitatea în tranziție, Editura Apostrof, Cluj, 1996, 209 p.;
Reconstrucția pragmatică a filosofiei, Editura Polirom, Iași, 1998, 193 p.;
Educația în tranziție, Editura Dacia, Cluj, 1999, 126 p.;
Relativismul și consecințele sale, Editura Fundației pentru Studii Europene, Cluj, 1999, 200 p.;
Reforma învatamântului si provocarile noului secol - The reform of education and the challenges of the next century, Colegiul Noua Europa, 2000, 68 p.;
Anii reformei: 1997-2000, Editura Fundației pentru Studii Europene, Cluj, 2001, 200 p.; ediția a II-a, 2007, 570 p.;
Paradigme ale Integrării. Relații internaționale și Studii Europene la Cluj" (în colaborare cu Gyemant Ladislau, Paun Nicolae), Editura Fundației pentru Studii Europene, Cluj-Napoca, 2002, 405 p.;
Introducere în filosofia contemporană, Editura Polirom, Iași, 2002, 560 p.;
Ieșirea din trecut (documente și reflecții), Editura Alma Mater, Cluj, 2002, 264 p.;
Religia în era globalizării, Editura Fundației pentru Studii Europene, Cluj, 2003, 287 p.;
Argumentarea, Editura Fundației pentru Studii Europene, Cluj, 2006, 427 p.;
Filosofia lui Habermas, Editura Polirom, Iași, 2006, 520 p.
Speranța rațiunii. Interviuri, Editura Fundației pentru Studii Europene, Cluj, 2006, 412 p.;
Relativismul și consecințele sale / Relativism and its concequences, ediție bilingvă, Presa Universitară Clujeană, Cluj, 2007, 350 p.;
Diagnoze - Articole și eseuri, Editura Eikon, Cluj, 2008, 550 p.;
Dialoguri (cu David Ward, Henri Paul, Roland Lohkamp, Michel Grimaldi, E.S. Zenon Cardinal Grocholewski, Hans Gert Pöttering, E.S. Christoph Cardinal Schönborn, Î.P.S. Bartolomeu Anania, Robert S. Wistrich, Gianfranco Ghirlanda, Édith Cresson, Hans Küng, René-Samuel Sirat, Gianni Vattimo), Presa Universitară Clujeană, Cluj, 2008, 389 p.;
Frații mai mari. Întâlniri cu Iudaismul, Editura Hasefer, București, 2009, 270 p.;
Absolutul astăzi. Teologia și filosofia lui Joseph Ratzinger, Editura Eikon, Cluj, 2010, 370 p.;
Criză și după criză - schimbarea lumii, Editura Eikon, Cluj, 2012, (a treia ediție), 342 p.;
Argumentarea, Editura Academiei Române, București, 2010, 303 p.;
Profilul și reforma Universității clujene, Presa Universitară Clujeană, 2011, (a treia ediție), 480 p.;
România actuală (Diagnoză), Editura Eikon, Cluj, 2011, 250 p.;
Crizele modernității târzii, Editura Academiei Române, București, 2012, 226 p.;
Cultură, democrație, modernizare, ICR, București, 2013;
Sincronizarea culturii române. Un proiect, Editura Tribuna, Cluj-Napoca, 2013, 268p.;
România într-o lume în schimbare. Interviurile lui Romeo Couți cu Andrei Marga, Editura Ecou Transilvan, Cluj-Napoca, 2013, 242 p.;
Schimbarea lumii (geopolitică, globalizare, cultură), Editura Academiei Rmâne, București, 2013, 256 p.;
Guvernanță și guvernare. Un viraj al democrației?, Editura Compania, București, 2013, 220 p.;
Filosofia critică a „Școlii de la Frankfurt”, Editura Ecou Transilvan, Cluj-Napoca, 2014, 380 p.;
Explorări în prezent, Editura Eikon, Cluj-Napoca, 2014, 410 p.;
Anii inovării. Reforma Universității clujene 1993-2012, Editura Tribuna, Cluj-Napoca, 2014, 250 p.;
Întoarcerea la sens. Filosofia pragmatismului reflexiv, Editura Tribuna, Cluj-Napoca, 2015, 294 p.;
Universitatea veritabilă, Editura Academiei Române, București, 2015, 222 p.;
Ascensiunea globală a Chinei, Editura Niculescu, București, 2015, 262 p.;
Jürgen Habermas - Cunoaștere și comunicare, Editura Politică, București, 1983 (în colaborare);
Manfred Riedel - Comprehensiune sau explicare?, Editura Dacia, Cluj, 1989;
Filosofia Americana - Volumul 1 - Filosofia Americana Clasica; Selectia textelor, prefata si note introductive de Andrei Marga; Editura: All Educational, 2000, 406 p.;
Hans Küng - Judaismul, Editura Hasefer, București, 2005, „Introducere: O cotitură istorică”;
Jürgen Habermas, Joseph Ratzinger - Dialectica secularizării. Despre rațiune și credință, Editura Apostrof, Cluj, 2005, „Introducere: Premisele unei dezbateri epocale: Habermas – Ratzinger”;
Joseph Ratzinger Benedict XVI - Interpretarea biblică în criză, Editura Fundației pentru Studii Europene, Cluj, 2008, „Introducere: Metodologia lui Joseph Ratzinger”;
Joseph Ratzinger Benedict XVI - Europa în criza culturilor, Editura Apostrof, Cluj, 2008, „Introducere: Europa lui Joseph Ratzinger”;
Andrei Marga, Theodor Berchem, Jan Sadlak (eds.) - Living in Truth. A Conceptual Framework for a Wisdom Society and the European Construction, Presa Universitară Clujeană, 2008.
1975-1976, Bursă DAAD, Universitatea din Freiburg im Breisgau și Universitatea din Bielefeld (Germania)
1993, Bursă de cercetare și specializare la Woodrow Wilson Center, Washington DC (SUA)
1996, Bursă de cercetare și specializare la National Endowment for Democracy, Washington DC (SUA)
1975-1994 Burse de cercetare și specializare DAAD, Universitățile din Erlangen, Münster și Frankfurt am Main; Institutul „Max Planck” – Starnberg (Germania)
1999, Mare Ofițer al Ordinului Național al Meritului, Franța[17]
2000, Marea Cruce a Ordinului Național al Meritului, Portugalia[17]
2000, Insigne Aureum (Universitatea din Maribor, Slovenia[17]
2000, Doctor Honoris Causa al Universității „Ion Creangă” din Chișinău[17]
Conform deciziei CNSAS publicată în data de 21 februarie2014, Andrei Marga nu a fost colaborator al securității, dar dădea note informative sub numele de cod "HORIA". Această decizie vine pe fondul publicării în data de 16 august 2012 de documente acuzatoare la adresa acestuia. De menționat este faptul că Andrei Marga tocmai ce fusese îndepărtat cu două săptămâni înainte din Guvernul condus de Victor Ponta. Decizia din 2014 specifică modul de recrutare a lui Marga în luna august1977 ca element de legătură cu un alt personaj cu numele de cod "WERNER". Turnătoriile lui Marga aveau ca țintă pe profesorii și studenții străini care veneau la Cluj.
Decizia CSAS aduce lumină și în ce privește calitatea de informator al securității a Deliei Marga, soția lui Andrei. Dovada se regăsește în notele informative pe care Delia Marga le-a dat în anul 1987 despre o profesoară americană venită la Cluj și care dorea să-l cunoască pe filozoful Constantin Noica:
„Conform obligațiilor ce decurg din legile în vigoare privind relațiile cu cetățenii străini, subsemnata D.M., filolog la Institutul de istorie și arheologie, precizez că în data de 16 iunie 1987 am fost anunțată (seara) telefonic de sosirea pentru un stagiu de studii de două luni a profesoarei K.V din SUA. După o oră, profesoara V mi-a făcut o vizită la domiciliu, unde am primit-o împreună cu soțul meu, Andrei Marga[15]”