Föreningen bildades 1970 och har sitt ursprung i Kalmar Godtemplares Idrottsförening, som då tillhörde IOGT, logen 109. Under de första åren bedrevs herrfotboll och gymnastik, 1972 blev föreningen även en av de första att bedriva damfotboll. Sedan 2005 är IFK Kalmar en ren damklubb, och satsar på bredd och elit inom dam- och flickfotboll, företrädesvis på Gröndals IP.
Laget placerade sig på femte plats i Söderettan 2012 och kvalificerade sig därmed till den första upplagan av Elitettan. IFK Kalmar klarade sig dock inte kvar utan åkte ur Elitettan 2013, men vann division 1 Östra Götaland 2014.
I Elitettan 2015 blev IFK Kalmar trea. Säsongen 2016 slutade dock med en åttondeplats. Säsongen 2017 blev IFK Kalmar tvåa i Elitettan och kvalificerade sig för allsvenskt spel. Föreningens första allsvenska säsong 2018 slutade dock med en sista plats och nedflyttning.[1] År 2019 var man således tillbaka i Elitettan och blev femma. Säsongen 2020 hamnade laget på fjärde plats. Följande säsong 2021 blev IFK Kalmar tvåa i Elitettan och återigen uppflyttade till Damallsvenskan och denna gång, säsongen 2022, höll man sig kvar genom att ta elfte plats.[2]