Almqvist var bland annat tränare för BK Häcken åren 1983, 1989–1993 och 2006. 1992 tog han laget upp i allsvenskan. Han tränade Helsingborgs IF 1994–1997 med andraplatsen i allsvenskan 1995 som höjdpunkt, och var därefter tränare i IFK Göteborg från sommaren 1998 till sommaren 1999.[2][3] Hans sista uppdrag var som scout och bollplank till huvudtränaren Per-Ola Ljung i Helsingborgs IF under 2018.[4]
Reine Almqvist erhöll ingen lön i form av pengar för sitt tränaruppdrag i Västra Frölunda IF 2007–2008. Klubben ersatte honom endast i form av bensinpengar. Denna uppgörelse var en följd av föreningens svaga ekonomi som Almqvist inte ville belasta än mer.[5]