HMGB4
|
---|
|
Ідентифікатори
|
---|
Символи
| HMGB4, dJ1007G16.5, high mobility group box 4 |
---|
Зовнішні ІД |
OMIM: 617285 MGI: 1916567 HomoloGene: 83321 GeneCards: HMGB4
|
---|
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція |
• GO:0001948, GO:0016582 protein binding • DNA binding • transcription factor binding • DNA binding, bending
|
---|
Клітинна компонента |
• клітинне ядро • хромосома • цитоплазма
|
---|
Біологічний процес |
• activation of innate immune response • DNA recombination • ремоделювання хроматину • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • regulation of signaling receptor activity • positive regulation of autophagy • GO:0007571 розвойовий процес • positive regulation of interleukin-6 production • positive regulation of tumor necrosis factor production • positive regulation of innate immune response • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • cell chemotaxis • positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade • positive regulation of NIK/NF-kappaB signaling
|
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Ортологи |
---|
Види |
Людина |
Миша |
---|
Entrez | |
|
---|
Ensembl |
|
|
---|
UniProt |
|
|
---|
RefSeq (мРНК) |
| |
---|
RefSeq (білок) |
| |
---|
Локус (UCSC) |
Хр. 1: 33.86 – 33.86 Mb
| Хр. 4: 128.15 – 128.15 Mb
|
---|
PubMed search |
[1]
| [2] |
---|
Вікідані |
|
HMGB4 (англ. High mobility group box 4) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. [3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 186 амінокислот, а молекулярна маса — 22 490[4].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MGKEIQLKPK | | ANVSSYVHFL | | LNYRNKFKEQ | | QPNTYVGFKE | | FSRKCSEKWR |
SISKHEKAKY | | EALAKLDKAR | | YQEEMMNYVG | | KRKKRRKRDP | | QEPRRPPSSF |
LLFCQDHYAQ | | LKRENPNWSV | | VQVAKATGKM | | WSTATDLEKH | | PYEQRVALLR |
AKYFEELELY | | RKQCNARKKY | | RMSARNRCRG | | KRVRQS |
Задіяний у такому біологічному процесі як поліморфізм.
Білок має сайт для зв'язування з ДНК.
Локалізований у ядрі, хромосомах.
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
|
---|
(1) Основні домени |
---|
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP) | |
---|
(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH) | |
---|
(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP) | |
---|
(1.4) NF-1 | |
---|
(1.5) RF-X | |
---|
(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH) | |
---|
|
|
(2) Цинк-координовані домени ДНК |
---|
(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4) | підродина 1 | |
---|
підродина 2 | |
---|
підродина 3 | |
---|
підродина 4 | |
---|
підродина 5 | |
---|
підродина 6 | |
---|
підродина 0 | |
---|
|
---|
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4 | |
---|
(2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців | |
---|
(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер | |
---|
(2.5) Цинкові пальці іншого складу | |
---|
(2.6) WRKY | |
---|
|
|
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль |
---|
(3.1) Гомеобокс | |
---|
(3.2) Парний бокс | |
---|
(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль | |
---|
(3.4) Фактори теплового шоку | |
---|
(3.5) Триптофановий кластер | |
---|
(3.6) Домен транскрипційний енхансер | |
---|
|
|
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом |
---|
(4.1) RHR | |
---|
(4.2) STAT | |
---|
(4.3) p53 | |
---|
(4.4) MADS | |
---|
(4.6) TATA | |
---|
(4.7) Високомобільна група | |
---|
(4.9) Grainyhead | |
---|
(4.10) Домен холодового шоку | |
---|
(4.11) Runt | |
---|
|
|
(0) Інші фактори транскрипції |
---|
(0.2) HMGI(Y) | |
---|
(0.3) Pocket домен | |
---|
(0.5) AP2/EREBP-подібні | |
---|
(0.6) Інші | |
---|
|
|