SIM2
Ідентифікатори
Символи
SIM2 , HMC13F06, HMC29C01, SIM, bHLHe15, single-minded family bHLH transcription factor 2, SIM bHLH transcription factor 2
Зовнішні ІД
OMIM : 600892 MGI: 98307 HomoloGene: 3716 GeneCards: SIM2
Онтологія гена
Молекулярна функція
• GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • protein heterodimerization activity • protein dimerization activity • DNA binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Клітинна компонента
• нуклеоплазма • ядерні тільця • клітинне ядро
Біологічний процес
• multicellular organism development • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • диференціація клітин • embryonic pattern specification • transcription, DNA-templated • lung development • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • нейробіологія розвитку
Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види
Людина
Миша
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (мРНК)
RefSeq (білок)
Локус (UCSC)
Хр. 21: 36.7 – 36.75 Mb
н/д
PubMed search
[ 1]
[ 2] Вікідані
SIM2 (англ. Single-minded family bHLH transcription factor 2 ) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 21-ї хромосоми.[ 3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 667 амінокислот , а молекулярна маса — 73 219[ 4] .
Послідовність амінокислот
10 20 30 40 50
MKEKSKNAAK TRREKENGEF YELAKLLPLP SAITSQLDKA SIIRLTTSYL
KMRAVFPEGL GDAWGQPSRA GPLDGVAKEL GSHLLQTLDG FVFVVASDGK
IMYISETASV HLGLSQVELT GNSIYEYIHP SDHDEMTAVL TAHQPLHHHL
LQEYEIERSF FLRMKCVLAK RNAGLTCSGY KVIHCSGYLK IRQYMLDMSL
YDSCYQIVGL VAVGQSLPPS AITEIKLYSN MFMFRASLDL KLIFLDSRVT
EVTGYEPQDL IEKTLYHHVH GCDVFHLRYA HHLLLVKGQV TTKYYRLLSK
RGGWVWVQSY ATVVHNSRSS RPHCIVSVNY VLTEIEYKEL QLSLEQVSTA
KSQDSWRTAL STSQETRKLV KPKNTKMKTK LRTNPYPPQQ YSSFQMDKLE
CGQLGNWRAS PPASAAAPPE LQPHSESSDL LYTPSYSLPF SYHYGHFPLD
SHVFSSKKPM LPAKFGQPQG SPCEVARFFL STLPASGECQ WHYANPLVPS
SSSPAKNPPE PPANTARHSL VPSYEAPAAA VRRFGEDTAP PSFPSCGHYR
EEPALGPAKA ARQAARDGAR LALARAAPEC CAPPTPEAPG APAQLPFVLL
NYHRVLARRG PLGGAAPAAS GLACAPGGPE AATGALRLRH PSPAATSPPG
APLPHYLGAS VIITNGR
Кодований геном білок за функцією належить до білків розвитку .
Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція , регуляція транскрипції , диференціація клітин , нейрогенез , альтернативний сплайсинг .
Білок має сайт для зв'язування з ДНК .
Локалізований у ядрі .
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res . 14 : 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI :10.1101/gr.2596504
Osoegawa K., Okano S., Kato Y., Nishimura Y., Soeda E. (1996). A 19-kb CpG island associated with single-minded gene 2 in Down syndrome chromosomal region. DNA Res . 3 : 175—179. PMID 8905236 DOI :10.1093/dnares/3.3.175
Yamaki A., Kudoh J., Shimizu N., Shimizu Y. (2004). A novel nuclear localization signal in the human single-minded proteins SIM1 and SIM2. Biochem. Biophys. Res. Commun . 313 : 482—488. PMID 14697214 DOI :10.1016/j.bbrc.2003.11.168
(1) Основні домени
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)(1.4) NF-1 (1.5) RF-X (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1) Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4 )
підродина 1 підродина 2 підродина 3 підродина 4 підродина 5 підродина 6 підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4 (2.3) Cys2 His2 з доменом цинкових пальців(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер(2.5) Цинкові пальці іншого складу (2.6) WRKY
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс (3.2) Парний бокс (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль(3.4) Фактори теплового шоку(3.5) Триптофановий кластер (3.6) Домен транскрипційний енхансер
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR(4.2) STAT(4.3) p53 (4.4) MADS(4.6) TATA(4.7) Високомобільна група (4.9) Grainyhead (4.10) Домен холодового шоку (4.11) Runt
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y) (0.3) Pocket домен (0.5) AP2/EREBP-подібні(0.6) Інші