Chỉ có số ít nhạc phẩm của Mozart được đánh số opus là một số sáng tác của ông được xuất bản lúc sinh thời, nên các nhà nghiên cứu không dùng cách này trong thống kê và xếp loại các nhạc phẩm của ông.
Các nhạc phẩm của Mozart đã được Ludwig von Köchel biên soạn cẩn thận, xuất bản từ lâu thành danh mục Kơt-xai (Köchel Verzeichnis, viết tắt là KV), trong đó, các nhạc phẩm xếp theo thứ tự thời gian sáng tác, nghĩa là theo trình tự "ngày sinh" của chúng. Tuy nhiên, qua 150 năm lưu hành, danh mục này đã bị một số nhà xuất bản sửa đổi, dẫn đến sự mơ hồ về một số kí hiệu KV.
Hơn nữa, đối với phần lớn người ưa thích âm nhạc, thì kí hiệu KV là khô khan. Do đó, những tác phẩm âm nhạc của Mozart được kèm theo tên thể loại dễ hiểu hơn nhiều; chẳng hạn "KV 183" rõ ràng là khó hiểu hơn nhiều so với tên gọi "Giao hưởng số 25".
Dưới đây là danh sách các sáng tác âm nhạc của Mozart xếp theo thể loại.
Giao hưởng số. 31 in D major, "Paris", K. 297/300a (1778)
Giao hưởng số. 32 in G major, "Overture in the Italian style", K. 318 (1779)
Giao hưởng số. 33 in B♭ major, K. 319 (1779)
Giao hưởng số. 34 in C major, K. 338 (1780)
Giao hưởng số. 35 in D major, "Haffner", K. 385 (1782)
Giao hưởng số. 36 in C major, "Linz", K. 425 (1783)
Giao hưởng số. 37 in G major, K. 444 (1783)
Giao hưởng số. 38 in D major, "Prague", K. 504 (1786)
Ba bản giao hưởng cuối cùng (số 39 - 41) được hoàn thành trong khoảng 1788, nhưng chúng không được xuất bản lúc sinh thời và chỉ xuất bản và công diễn sớm nhất vào năm 1789 ở Leipzig.
Giao hưởng số. 39 in E♭ major, K. 543 (1788)
Giao hưởng số. 40 in G minor, K. 550 (1788)
Giao hưởng số. 41 in C major, "Jupiter", K. 551 (1788)
Các bản hòa tấu dương cầm với dàn nhạc giao hưởng của Mozart được đánh số từ 1 đến 27. Bốn bản hòa tấu đầu đã đánh số là những tác phẩm đầu tiên. Cấu trúc chính của những bản hòa tấu này là sự sắp xếp các bản sonata cho đàn có bàn phím của nhiều nhà soạn nhạc đương thời (như Raupach, Honauer, Schobert, Eckart, C. P. E. Bach). Ngoài ra còn có ba bản hòa tấu không đánh số, kí hiệu K.107, được chuyển thể từ các bản sonata cho dương cầm của J. C. Bach. Các bản hòa tấu 7 và 10 lần lượt là các tác phẩm dành cho hai và ba đàn dương cầm đồng tấu. Hai mươi mốt bản còn lại liệt kê dưới đây, là những tác phẩm gốc dành cho dương cầm độc tấu với dàn nhạc. Trong số đó, mười lăm bản được viết trong các năm từ 1782 đến 1786, trong khi trong năm năm tiế Mozart chỉ viết được thêm hai bản hòa tấu dương cầm mà thôi.
Năm bản hòa tấu vĩ cầm của Mozart được viết ở Salzburg vào khoảng năm 1775, ngoại trừ bản đầu tiên vào khoảng năm 1773. Các bản nhạc này được chú ý bởi vẻ đẹp của giai điệu và việc sử dụng khéo léo các đặc điểm biểu cảm và kỹ thuật của vĩ cầm, mặc dù - điều rất đặc biệt - chính Mozart chưa bao giờ là một nghệ sĩ vĩ cầm giỏi.
Các bản hòa tấu của ông cho kèn Cor được ưa thích và biểu diễn rộng rãi nhất so với các bản thuộc thể loại này của nhiều tấc giả khác. Bốn nhạc phẩm sau đây rất hay được những nghệ sĩ kèn cor chuyên nghiệp chọn biểu diễn. Bốn nhạc phẩm này vốn được Mozart viết cho người bạn ông là Joseph Leutgeb. Trong đó, bản hòa tấu số 4 được viết để thể hiện tài nghệ điêu luyện của nghệ sĩ độc tấu đương thời trên những loại kèn Cor thời đó không có van điều khiển.