Quận San Juan là một quận thuộc tiểu bang Utah, Hoa Kỳ. Quận lỵ đóng ở Monticello6. Quận được đặt tên theo sông San Juan. Dân số theo điều tra năm 2010 của Cục điều tra dân số Hoa Kỳ là 14746 người.
Theo Cục điều tra dân số Hoa Kỳ, quận này có diện tích 20550 km2, trong đó có 290 km2 là diện tích mặt nước.