San Francisco là một đô thị hạng 4 của tỉnh Cebu, Philippines. Theo điều tra dân số năm 2007, đô thị này có dân số 44.588 người.
Hầu như toàn bộ San Francisco nằm ở đảo Pacijan. Một phần của barangay Esperanza cũng bao gồm đảo Tulang ở phía bắc. Cả hai đảo Pacijan và Tulang thuộc nhóm đảo Camotes.
San Francisco được chia thành các đơn vị hành chính gồm 15 khu dân cư (khu phố) (barangay).