Bài viết hoặc đoạn này cần người am hiểu về chủ đề này trợ giúp biên tập mở rộng hoặc cải thiện. Bạn có thể giúp cải thiện trang này nếu có thể. Xem trang thảo luận để biết thêm chi tiết.(tháng 7/2021)
Trường được thành lập trên cơ sở là Trung tâm Đào tạo Bồi dưỡng Cán bộ Y tế Thành phố Hồ Chí Minh. Người đặt nền móng và cũng là người sáng lập trường là Viện sĩ, Tiến sĩ, Bác sĩ Dương Quang Trung.
Nhiệm vụ chính của trường là đào tạo các thế hệ y khoa thuộc chuyên khoa và đa khoa nhằm cung cấp nguồn nhân lực ngành y cho Thành phố Hồ Chí Minh. Hiện nay trường tuyển sinh trong cả nước cũng như nhận cả sinh viên nước ngoài như Lào và Campuchia.
Ngày 15 tháng 3 năm 1989, với Quyết định số 59/CT của Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng đã cho phép thành lập Trung tâm đào tạo bồi dưỡng cán bộ Y tế Thành phố Hồ Chí Minh. Trung tâm chính thức nằm trong hệ thống các trường đại học của Việt Nam. Trung tâm đảm nhận công tác đào tạo điều dưỡng trung cấp và nữ hộ sinh, dược tá.
Tháng 9 năm 1989, Trung tâm sáp nhập thêm cơ sở 520 Nguyễn Tri Phương (do Học viện Quân y chuyển giao). Từ đó, Trung tâm bắt đầu giảng dạy niên khóa đầu tiên.
Ngày 7 tháng 1 năm 2008, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Tấn Dũng đã ký Quyết định số 24/QĐ-TTg đổi tên Trung tâm Đào tạo và Bồi dưỡng Cán bộ Y tế Thành phố Hồ Chí Minh thành Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch.
Hằng năm, trường đều tổ chức lễ tri ân người hiến xác cho trường hay còn gọi là lễ Macchabée, đây cũng là dịp để sinh viên năm nhất chia sẻ với thân nhân người hiến xác. Các xác được hiến sau khi được xử lý sẽ được sử dụng với mục đích nghiên cứu hoặc cho sinh viên thực tập phẫu tích và học giải phẫu trên xác thật. Tại đây, các thi hài đã được khâu lại cẩn thận vết giải phẫu, phủ khăn trắng, choàng chuỗi hoa, xếp thẳng hàng. Trước đó sinh viên đã kết đèn, hoa trang trí căn phòng học thường ngày trở nên trang nghiêm. Đồng thời Bộ môn Giải phẫu đã gửi thiệp mời thân nhân những người hiến xác cho khoa học tham dự buổi lễ.
Trường cũng có truyền thống tốt trong quan hệ quốc tế:
Hợp tác với Pháp trong chương trình đào tạo FFI (thực hiện chức năng bác sĩ nội trú ở Pháp)
FMC (đào tạo Y khoa liên tục)
Chương trình hợp tác với AUF
Chương trình hợp tác với Tổ chức Phát triển Đại học của vương Quốc Bỉ (CUD) giai đoạn thứ 3 (mỗi giai đoạn có kinh phí khoảng 1,5 triệu Euro)
Trường cũng đã ký kết hợp tác toàn diện với đại học Liège (Bỉ), Đại học Johannes Gutenberg - University Mainz (Công hòa Liên bang Đức) và có quan hệ hợp tác với nhiều trường Đại học trên thế giới.
Tiểu học Thực hành Đại học Sài Gòn · Trung học Thực hành Sài Gòn
Khoa
Sư phạm Khoa học Tự nhiên · Toán – Ứng dụng · Khoa học Xã hội và Nghệ thuật · Giáo dục Tiểu học · Giáo dục Mầm non · Ngoại ngữ · Công nghệ thông tin · Quản trị Kinh doanh · Văn hóa và Du lịch · Tài chính – Kế toán · Giáo dục · Công nghệ và Kỹ thuật · Giáo dục Chính trị · Luật · Giáo dục Quốc phòng – An ninh và Giáo dục Thể chất
Trung tâm
Ngoại ngữ - Tin học · Đào tạo và Hợp tác Quốc tế · Học liệu ·
Viện
Khoa học Dữ liệu và Trí tuệ nhân tạo · Nghiên cứu Kinh tế - Xã hội Trường Đại học Sài Gòn
Công nghệ thông tin · Cơ khí chế tạo máy · Điện - điện tử · Công nghệ tự động · Tài chính Kế toán · Quản trị Kinh doanh · Tiếng Anh · Khoa học Cơ bản · Du lịch · Tiếng Hàn · Cơ khí Ô tô
Trung tâm
Đào tạo nguồn nhân lực · Hợp tác Doanh nghiệp · Thông tin Thư viện · Truyền thông và Tư vấn tuyển sinh