ATG101

ATG101
Dostupne strukture
PDBPretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova

4WZG, 5C50

Identifikatori
AliasiATG101
Vanjski ID-jeviOMIM: 615089 MGI: 1915368 HomoloGene: 11072 GeneCards: ATG101
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 12 (čovjek)
Hrom.Hromosom 12 (čovjek)[1]
Hromosom 12 (čovjek)
Genomska lokacija za ATG101
Genomska lokacija za ATG101
Bend12q13.13Početak52,069,246 bp[1]
Kraj52,077,495 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 15 (miš)
Hrom.Hromosom 15 (miš)[2]
Hromosom 15 (miš)
Genomska lokacija za ATG101
Genomska lokacija za ATG101
Bend15|15 F1Početak101,182,153 bp[2]
Kraj101,188,826 bp[2]
Ontologija gena
Molekularna funkcija• GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
• vezivanje identičnih proteina
• GO:0032403 protein-containing complex binding
Ćelijska komponenta• citoplazma
• citosol
• phagophore assembly site
• endoplasmic reticulum membrane
Biološki proces• Autofagija
• macroautophagy
• autophagosome assembly
• regulation of macroautophagy
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

60673

68118

Ensembl

ENSG00000123395

ENSMUSG00000037204

UniProt

Q9BSB4

Q9D8Z6

RefSeq (mRNK)

NM_021934
NM_001098673

NM_026566

RefSeq (bjelančevina)

NP_001092143
NP_068753

NP_080842

Lokacija (UCSC)Chr 12: 52.07 – 52.08 MbChr 15: 101.18 – 101.19 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Autofagno srodni protein 101, znan i kao ATG101 je protein koji je kod ljudi kodiran genom C12orf44 (otvoreni okvir čitanja hromosoma 12).[5]

Autofagija je proces stvaranja vakuole oko proteina i nukleinskih kiselina koje treba razgraditi u lizosomima. Transkribirana sekvenca iRNK kao C12orf44 ima 1.287 parova baza, a nakon translacije sekvenca je duga tek 218 aminokiselina. Protein ATG101 je lokaliziran u citoplazmi, ali se može naći i vezan za strukturu poznatu kao fagofor, uključenu u autofagiju. Gen je visoko konzerviran među sisarima, kao i kod većine eukariota. Smatra se da je u direktnoj interakciji sa proteinom povezanim sa ATG13 u kompleksu ULK1, što može biti važno za aktiviranje fagofora.

Aminokiselinska sekvenca

[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 218 aminokiselina, a molekulska težina 25.003 Da.[6].

1020304050
MNCRSEVLEVSVEGRQVEEAMLAVLHTVLLHRSTGKFHYKKEGTYSIGTV
GTQDVDCDFIDFTYVRVSSEELDRALRKVVGEFKDALRNSGGDGLGQMSL
EFYQKKKSRWPFSDECIPWEVWTVKVHVVALATEQERQICREKVGEKLCE
KIINIVEVMNRHEYLPKMPTQSEVDNVFDTGLRDVQPYLYKISFQITDAL
GTSVTTTMRRLIKDTLAL

Funkcija

[uredi | uredi izvor]

ATG101 je novootkriveni važan protein vezan za autofagiju, među mnogim drugim proteinima odgovornim za ovaj proces, koji je dobro konzerviran među većinom eukariotskih organizama. Međutim, ATG101 nije homologan niti jednom od drugih ATG proteina. ATG101 stupa u interakciju s esencijalnim proteinom autofagije ATG13 u sisara, koji je u interakciji sa proteinom ULK1.[7] Smatra se da je ULK1 (kinaza 1 slična unc-51) važna za aktiviranje makroautofagije kod sisara. Predlaže se da ATG101 štiti ATG13 od proteasomske degradacije, stabilizujući nivo ATG13 koji se nalazi u ćelijama i regulira nivoe makroautofagije.[8] Prema objavljenim radovima, za ATG101 se smatra da se lokalizira na izolacijskoj membrani, poznatoj i kao fagofor. Ova vezanost za fagofor mogla bi objasniti mjesto palmitoilacije koje se nalazi na trećoj aminokiselini, a to je cistein. Fagofori su odgovorni za prepoznavanje i okolne materijale koji se trebaju razgraditi u lizosomu, formiranjem membrane koja potpuno okružuje materijale koji se razgrađuju.

Svojstva proteina

[uredi | uredi izvor]
Protein DUF1649 nepoznate funkcije
Identifikatori
SimbolDUF1649
Međusobno poravnavanje konzerviranih sekvenci različitih sisara, uključujući psa, govedo, miša, pacova i čimpanze.
Struktura proteina kontrolne tačke sklopa vretena Mad2, predviđena za 95% sličnosti ATG101.
Ovo je najbliža poznata procjena strukture novog proteina ATG101.

Protein ATG101 sadrži domen DUF1649 (domen nepoznate funkcije 1649).

ATG101 je visoko konzerviran među većinom kičmenjaka, uključujući i životinje, poput miševa, čiji se zajednički predak s ljudima divergirao prije 65 do 85 miliona godina. Ovo može biti dokaz da je ATG101 značajan na način da mora ostati strukturno konzerviran, kako bi zadržao funkciju. U sekvenci DNK za ATG101 poznata su samo dva misens jednonukleotidna polimorfizma (SNP), što pokazuje da ne postoje druge verzije ovog proteina, što također ukazuje na njegovu strukturnu važnost.

U ovoj konceptnoj translaciji može se vidjeti mjesto palmitoilacije na trećoj aminokiselini, kao i moguće mjesto fosforilacije prikazano kao okruženo zagradama. Aminokiseline su poredane iznad kodirajuće regije iRNK, koja je također numerirana sa strane. U ATG101, ovaj protein je bogat valinom.

Ekspresija gena

[uredi | uredi izvor]

Nema konkretnih podataka o uspostavljanju ATG101 u bilo kojem određenom području. Gledajući više skupova ekspresije i kod ljudi i kod miševa, pretpostavlja se da je sveprisutno iekspimiran u tkivima.

Gensko susjedstvo

[uredi | uredi izvor]
  • GRASP GRP1 (opći receptor za fosfoinozitide 1)-vezani skelski protein[9] -

Kodovi općeg receptorskog proteina koji je relativno nepoznat, koji se nalazi na istom lancu kao i C12orf44, kako se vidi dolje, obuhvaća 8924 bp.

  • NR4A1(potporodica 4 jedarnih receptora, grupa A, član 1).

Ovaj gen kodira nervni faktor rasta IB koji je član natporodice steroidnih hormona štitnjače –retinoida. Ekspresija je inducirana fitohemaglutininom u ljudskim limfocitima i serumskom stimulacijom zadržanih fibroblasta. Kodirani protein djeluje kao faktor jedarne transkripcije. Translokacija proteina iz jedra u mitohondrije izaziva apoptozu. Lokacija je na istoj strani kao i C12orf44, raspona 8097 bp.

  • OR7E47P (mirisni receptor, porodica 7, potporodica E, pseudogenski član 47)

Olfaktorni receptori stupaju u interakciju s mirisnim molekulama u nosu, kako bi inicirali neuronski odgovor koji pokreće percepciju mirisa. Proteini mirisnih receptora su članovi velike porodice receptora vezanih za G-protein (GPCR) koji proizlaze iz gena za jedan kodirajući egzon. Mirisni receptori dijele strukturu 7-transmembranskih domena s mnogim neurotransmiterima i receptorima hormona i odgovorni su za prepoznavanje i prijenos G-signala posredovanih G proteinima. Smješten nakon C12orf44 na hromosomu 12, nalazi se na istom lancu i ima 946 bp po dužini.

Ovaj gen kodira epitelni keratin koji je slabo eksprimiran u jeziku. Nalazi se na suprotnoj strani od C12orf44 i dug je 23.005 bp.

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000123395 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000037204 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ "Entrez Gene: chromosome 12 open reading frame 44".
  6. ^ "UniProt, Q9BSB4". Pristupljeno 7. 8. 2021.
  7. ^ Mercer CA, Kaliappan A, Dennis PB (juli 2009). "A novel, human Atg13 binding protein, Atg101, interacts with ULK1 and is essential for macroautophagy". Autophagy. 5 (5): 649–62. doi:10.4161/auto.5.5.8249. PMID 19287211.
  8. ^ Hosokawa N, Sasaki T, Iemura S, Natsume T, Hara T, Mizushima N (oktobar 2009). "Atg101, a novel mammalian autophagy protein interacting with Atg13". Autophagy. 5 (7): 973–9. doi:10.4161/auto.5.7.9296. PMID 19597335.
  9. ^ NM_001098673.1. The NCBI handbook [Internet]. Bethesda (MD): National Library of Medicine (US), National Center for Biotechnology Information; 2002 Oct. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Books

Vanjski linkovi

[uredi | uredi izvor]