CCDC186
| CCDC186 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | CCDC186 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | MGI: 2445022 HomoloGene: 9963 GeneCards: CCDC186 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 10: 114.12 – 114.17 Mb | Chr 19: 56.78 – 56.81 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
CCDC186 je protein koji je kod ljudi kodiran genom CCDC186.[5] Gen CCDC186 je poznat i kao CTCL – tumor povezan antigenima, sa pristupnim brojem NM_018017.[6]
Aminokiselinska sekvenca
[uredi | uredi izvor]Dužina polipeptidnog lanca je 898 aminokiselina, a molekulska težina 103 687[7]
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MSETDHIAST | SSDKNVGKTP | ELKEDSCNLF | SGNESSKLEN | ESKLLSLNTD | ||||
| KTLCQPNEHN | NRIEAQENYI | PDHGGGEDSC | AKTDTGSENS | EQIANFPSGN | ||||
| FAKHISKTNE | TEQKVTQILV | ELRSSTFPES | ANEKTYSESP | YDTDCTKKFI | ||||
| SKIKSVSASE | DLLEEIESEL | LSTEFAEHRV | PNGMNKGEHA | LVLFEKCVQD | ||||
| KYLQQEHIIK | KLIKENKKHQ | ELFVDICSEK | DNLREELKKR | TETEKQHMNT | ||||
| IKQLESRIEE | LNKEVKASRD | QLIAQDVTAK | NAVQQLHKEM | AQRMEQANKK | ||||
| CEEARQEKEA | MVMKYVRGEK | ESLDLRKEKE | TLEKKLRDAN | KELEKNTNKI | ||||
| KQLSQEKGRL | HQLYETKEGE | TTRLIREIDK | LKEDINSHVI | KVKWAQNKLK | ||||
| AEMDSHKETK | DKLKETTTKL | TQAKEEADQI | RKNCQDMIKT | YQESEEIKSN | ||||
| ELDAKLRVTK | GELEKQMQEK | SDQLEMHHAK | IKELEDLKRT | FKEGMDELRT | ||||
| LRTKVKCLED | ERLRTEDELS | KYKEIINRQK | AEIQNLLDKV | KTADQLQEQL | ||||
| QRGKQEIENL | KEEVESLNSL | INDLQKDIEG | SRKRESELLL | FTERLTSKNA | ||||
| QLQSESNSLQ | SQFDKVSCSE | SQLQSQCEQM | KQTNINLESR | LLKEEELRKE | ||||
| EVQTLQAELA | CRQTEVKALS | TQVEELKDEL | VTQRRKHASS | IKDLTKQLQQ | ||||
| ARRKLDQVES | GSYDKEVSSM | GSRSSSSGSL | NARSSAEDRS | PENTGSSVAV | ||||
| DNFPQVDKAM | LIERIVRLQK | AHARKNEKIE | FMEDHIKQLV | EEIRKKTKII | ||||
| QSYILREESG | TLSSEASDFN | KVHLSRRGGI | MASLYTSHPA | DNGLTLELSL | ||||
| EINRKLQAVL | EDTLLKNITL | KENLQTLGTE | IERLIKHQHE | LEQRTKKT |
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
Gen
[uredi | uredi izvor]Lokacija
[uredi | uredi izvor]CCDC186 ima hromosomsku lokaciju 10q25.3 i veličine je 53.750 baza orijentiranih na minus lanac. PSORTII protein k - NN predviđanje je pokazalo da je C10orf118 65,2% vremena jedarni, 17,4% citosolni, 8,7% mitohondrijski, 4,3% sekretornog sistema vezikula i 4,3% endoplazmatskoretikulumski.[8]
Ekspresija
[uredi | uredi izvor]
Analiza ekspresije gena kod ljudi i drugih vrsta ukazuje da je C10orf118 sveprisutno izražen u svim tipovima tkiva u različitim razvojnim fazama. EST profil iz NCBI-a pokazao je najveću ekspresiju u ćelijskim linijama koštane srži, bubrega i prostate. Podjela prema zdravstvenom stanju ukazuje na visoku ekspresiju C10orf118 u karcinomu mjehura i karcinomu prostate.[10]
Protein
[uredi | uredi izvor]Opća svojstva
[uredi | uredi izvor]Protein CCDC186 (NP_060487) je dug 898 aminokiselina. Predviđena molekulska težina je 103,7 kdal, a izoelektrična tačka 5,92.[11]
Kompozicija
[uredi | uredi izvor]Serin/treonin specifična protein-kinazna regija je zapažena sa aminokiselinama 710-747. Kompozicijska analiza otkrila je da je C10orf118 prolinski (1,1%) siromašan, bogat glutamatom (14,1%) i lizinom (12,0%) .[12]
Interakcije
[uredi | uredi izvor]Utvrđeno je da CCDC186 protein stupa u interakciju s proteinima PLEKAH5, Ezrom, GAMMAHV.ORF23 i SMAD3.[13][14]
Homologija
[uredi | uredi izvor]Ortologne sekvence CCDC186 nisu pronađene u bakterijama, arhejama, protistima ili biljkama. CCDC186 nema ljudskih paraloga. Datiranje divergencije za ortologne sekvence u velikoj je korelaciji sa sličnošću sekvenci, po tome što se postotak identiteta smanjuje kako se vraća kroz vrijeme. Blisko povezani ortolozi uključuju sisare i ptice a umjereno povezani ortolozi uključuju i druge kičmenjake, kao što su ribe, gmizavci i vodozemci. Ortologne sekvence n koje se međusobno vezuju prvenstveno se opažaju u beskičmenjaka.[11][15]
| Broj sekvence | Rod i vrsta | Uobičajeno ime | Datiranje divergencije (prije miliona godina) | Pristupni broj | Dužina sekvence | Identitet sekvence | Sličnost sekvence | E-vrijednost |
| 1 | Homo sapiens | C10orf118 | 0 | NM_018017 | 898 aa | 100% | 100% | 0% |
| 2 | Nomascus leucogenys | Sjeverni bijeloobrazni gibon | 19,9 | XP_003255542 | 898 aa | 98% | 98% | 0% |
| 3 | Chinchilla lanigera | Dugoreoa činčila | 90,9 | XP_013371303 | 906 aa | 90% | 94% | 0% |
| 4 | Mus musculus | Kućni miš | 90,9 | NP_739563 | 917 aa | 84% | 91% | 0% |
| 5 | Tursiops truncatus | Bocoliki delfin | 97,5 | XP_004318425 | 599 aa | 60% | 68% | 0% |
| 6 | Loxodonta africana | Afrički žbunasti slon | 105 | XP_010596062 | 805 aa | 90% | 91% | 0% |
| 7 | Egretta garzetta | Mala čaplja | 320,5 | XP_009634185 | 914 aa | 75% | 83% | 0% |
| 9 | Chelonia mydas | Zelena morska kornjača | 320,5 | XP_007056391 | 920 aa | 76% | 83% | 0% |
| 10 | Xenopus tropicalis | Zapadna kandžasta žaba | 355,7 | XP_004919435 | 878 aa | 71% | 83% | 0% |
| 11 | Astyanax mexicanus | Meksička tetra | 429,6 | XP_007259323 | 987 aa | 71% | 82% | 5,00E-09 |
| 12 | Oryzias latipes | Japanska rižasta riba | 429,6 | XP_011486278 | 991 aa | 58% | 71% | 0% |
| 13 | Callorhinchus milii | Australijska ajkula-duh | 482,9 | XP_007903851 | 931 aa | 65% | 79% | 0% |
| 14 | Strongylocentrotus purpuratus | Morski jež | 747,8 | XP_011675415 | 884 aa | 39% | 58% | 7,00E-84 |
| 15 | Octopus bimaculoides | Kalifornijski dvopjegasti oktupus | 847 | XP_014782587 | 1221 aa | 42% | 60% | 3,00E-127 |
| 16 | Aplysiomorpha | Morski zec | 847 | Nije nađeno u BLAST-u | 1384 aa | 42% | 63% | 3,00E-145 |
| 17 | Orussus abietinus | Osa | 847 | XP_012288999 | 1057 aa | 36% | 55% | 5,00E-100 |
| 18 | Atta cephalotes | Mrav listosjekač | 847 | XP_012054311 | 1154 aa | 35% | 55% | 9,00E-93 |
| 19 | Helobdella robusta | Pijavica | 847 | ESO07814 | 997 aa | 29% | 47% | 1,00E-50 |
| 20 | Caenorhabditis elegans | Nematoda | 847 | NP_871700 | 743 aa | 26% | 34% | 1,00E-25 |
| 21 | Trichoplax adhaerens | N/A | 936 | EDV25816 | 976 aa | 26% | 46% | 2,00E-11 |
Motivi
[uredi | uredi izvor]| Motivba informacija[16] | Položaj(i) |
| Mjesto N-glikozilacije | 33-36, 40-43, 109-112, 867-870 |
| Fosforilacijsko mjesto ovisno o cAMP- i cGMP protein-kinazi | 238-241, 583-586, 794-797 |
| Fosforilacijsko mjesto kazein-kinaze II | 2-5, 10-13, 31-34, 36-39, 126-129, 130-133, 135-138, 139-142, 157-160, 228-231, 241-244, 256-259, 405-408, 440-443, 459-462, 490-493, 515-518, 611-614, 617-620, 625-628, 671-674, 690-693, 734-737, 869-872, 879-882 |
| Obrazac leucinskog zatvarača | 588-609, 870-891 |
| Mjesto N-miristoilacije | 32-37, 75-80, 86-91, 183-188, 721-726, 728-733, 745-750, 810-815, 828-833 |
| Fosforilacijsko mjesto protein-kinaze C | 12-14, 35-37, 49-51, 146-148, 228-230, 243-245, 250-252, 278-280, 347-349, 371-373, 405-407, 417-419, 490-492, 500-502, 581-583, 592-594, 596-598, 682-684, 690-692, 825-827, 869-871, 895-897 |
| Fosforilacijsko mjesto tirozin-kinaze | 134-141, 514-522 |
| Culen porodični profil | 443-552 |
| K-Boksni domenski profil | 526-619 |
| Nebulin onavljajući profil | 521-531 |
| Serinom bogata regija | 710-747 |
| Profil Rad50 domena cinkove kuke | 460-562 |
| ATP-sintaza B/B' CF(0) | 405-433 |
| C-terminalni domen alfa-2-makroglobulin RAP | 524-705 |
| Tropomiozin | 334-577 |
Predviđa se da će CCDC186 proći kroz više posttranslacijskih modifikacija, uključujući predviđeno vezivanje O-beta-GlcNAc, fosforilaciju, jedarni eksportni signal, glikaciju lizina, GlcNAc O-glikozilaciju, N-glikozilaciju i mjesto lokacije NetCorona.[17]
Klinički značaj
[uredi | uredi izvor]Prethodna istraživanja pokazuju da je otvoreni okvir čitanja C10orf118 povezan s kožnim T-ćelijskim limfomomskim tumorskim antigenom L14-2.[18] The protein CCDC186 is also found at higher than normal levels in the breast cancer cell line BC 8701.[19]
Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000165813 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000035173 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Oduru S, Campbell JL, Karri S, Hendry WJ, Khan SA, Williams SC (juni 2003). "Gene discovery in the hamster: a comparative genomics approach for gene annotation by sequencing of hamster testis cDNAs". BMC Genomics. 4 (1): 22. doi:10.1186/1471-2164-4-22. PMC 161800. PMID 12783626.
- ^ "Entrez Gene: C10orf118 chromosome 10 open reading frame 118".
- ^ "UniProt, Q7Z3E2". Pristupljeno 30. 8. 2021.
- ^ "PSORT II Prediction". psort.hgc.jp. Pristupljeno 24. 4. 2016.
- ^ geo. "Home - GEO - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 8. 5. 2016.
- ^ "Home - UniGene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 24. 4. 2016.
- ^ a b "SDSC Biology Workbench". seqtool.sdsc.edu. Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 24. 4. 2016.
- ^ Greška kod citiranja: Nevaljana oznaka
<ref>; nije naveden tekst za reference s imenom: 1 - ^ "* in Literature citations". www.uniprot.org. Pristupljeno 24. 4. 2016.
- ^ https://www.uniprot.org/uniprot/Q7Z3E2
- ^ "BLAST: Basic Local Alignment Search Tool". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 24. 4. 2016.
- ^ "Motif Scan". myhits.isb-sib.ch. Pristupljeno 8. 5. 2016.
- ^ "Welcome to CBS". www.cbs.dtu.dk. Pristupljeno 24. 4. 2016.
- ^ de la Peña M, García-Robles I (septembar 2010). "Intronic hammerhead ribozymes are ultraconserved in the human genome". EMBO Reports. 11 (9): 711–6. doi:10.1038/embor.2010.100. PMC 2933863. PMID 20651741.
- ^ D’Angelo, M. L. (2013). "Identification of the "Uncharacterized Protein C10orf118" in Breast Cancer Cells and Its Role on the Hyaluronan Metabolism". Matrix Pathobiology, Signaling and Molecular Targets.
Dopunska literatura
[uredi | uredi izvor]- Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (novembar 2000). "DNA cloning using in vitro site-specific recombination". Genome Research. 10 (11): 1788–95. doi:10.1101/gr.143000. PMC 310948. PMID 11076863.
- Hartmann TB, Thiel D, Dummer R, Schadendorf D, Eichmüller S (februar 2004). "SEREX identification of new tumour-associated antigens in cutaneous T-cell lymphoma". The British Journal of Dermatology. 150 (2): 252–8. doi:10.1111/j.1365-2133.2004.05651.x. PMID 14996095. S2CID 42495130.
- Wiemann S, Arlt D, Huber W, Wellenreuther R, Schleeger S, Mehrle A, Bechtel S, Sauermann M, Korf U, Pepperkok R, Sültmann H, Poustka A (oktobar 2004). "From ORFeome to biology: a functional genomics pipeline". Genome Research. 14 (10B): 2136–44. doi:10.1101/gr.2576704. PMC 528930. PMID 15489336.
- Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I, del Val C, Arlt D, Hahne F, Bechtel S, Simpson J, Hofmann O, Hide W, Glatting KH, Huber W, Pepperkok R, Poustka A, Wiemann S (januar 2006). "The LIFEdb database in 2006". Nucleic Acids Research. 34 (Database issue): D415-8. doi:10.1093/nar/gkj139. PMC 1347501. PMID 16381901.