Alfons VI, kralj Leona i Kastilje, dao je Portugalsku grofoviju kao feud u miraz svojoj vanbračnoj kćerki Tereziji, koja je vladala zajedno s mužem Henrikom i zatim zajedno sa sinom Alfonsom. Grofica Terezija je ratovala s polusestrom, leonskom kraljicom Urakom, neuspješno pokušavajući proširiti svoju grofoviju i osloboditi se leonskog suzerenstva. Portugalski grofovi su bili:
Grof Alfons se okrunio za kralja 1139. godine. Od tada kralj Leona više nije suzeren Portugala.
Ferdinand I je svojom nasljednicom imenovao svoje jedino dijete, Beatriciju, koju je udao za kastiljsko-leonskog kralja Ivana I. Međutim, Beatricija i Ivan nisu se uspjeli izboriti za krunu koju im portugalsko plemstvo nije htjelo prepustiti iz straha od ponovne aneksije Leonu. Pobunu protiv Beatricije i Ivana vodio je Ferdinandov vanbračni polubrat Ivan, kojeg je plemstvo priznalo za kralja.
Kralj Sebastijan je nestao u bici, te ga je naslijedio kardinal Henrik, brat njegovog djeda. Kriza je bila neminovna, pošto je kralja Henrika papa Grgur XIII, udružen s Habsburgovcima, odbio osloboditi njegovih zavjeta i dozvoliti mu brak. Po Henrikovoj smrti izbio je građanski rat u Portugalu. Krunu je sebi na kraju osigurao kastiljsko-aragonski kralj Filip II i I, koji je tako zavladao cijelim Pirinejskim poluostrvom.
Portugalsko plemstvo, nezadovoljno vladavinom Filipa III koji je Portugal počeo pretvarati u provinciju Španije, odlučilo ga je zbaciti. Na prijestolje su postavili Ivana, unuka i nasljednika infante Katarine, koji je također bio patrilinearni potomak kralja Ivana I. Na prijestolje je stupila dinastija Bragança, ogranak dinastije Avis.
Godine 1932. umro je posljednji kralj, Emanuel II. On je bio posljednji potomak kraljice Marije II rođen u Portugalu. Pošto su pravo na nasljeđivanje krune imale samo osobe s portugalskim državljanstvom, današnji pretendent je Duarte Pio de Orléans e Bragança, potomak apsolutističkog kralja i uzurpatora Mihaela.