TMEM69
| TMEM69 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | TMEM69 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | MGI: 3045357 HomoloGene: 9531 GeneCards: TMEM69 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 1: 45.69 – 45.69 Mb | Chr 4: 116.41 – 116.41 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Transmembranski protein 69 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom TMEM69 sa hromosoma 1.[5] A notable feature of the protein encoded by TMEM69 is the presence of five transmembrane segments.[6]
Polazne informacije
[uredi | uredi izvor]| Pristupni broj | Lokacija | Identifikatori | M.W. | pI |
|---|---|---|---|---|
| iRNK: NM_016486.3
protein: NP_057570.2 [5] |
1p34.1 | HSPC229, C1orf154, FLJ21029, LOC51249 | 27,6 kDa | 10,3 |
Funkcija
[uredi | uredi izvor]Naučna zajednica još uvijek ne razumije tačnu funkciju TMEM69. Međutim, smatra se da ima ulogu proteina skele u kompleksu receptora prerađenog G-proteina u Xenopus tropicalis. Pokazalo se da formira klaster sa xtGPR54-2 genom IPP i GPBP1 u skeli_41.[7] Ovaj kompleks je dio G-protein spregnutog receptora koji djeluje kao receptor za vezivni ligand, kispeptin u plazmamembrani moždanih ćelija.[7]
Aminokiselinska sekvenca
[uredi | uredi izvor]Dužina polipeptidnog lanca je 247 aminokiselina, a molekulska težina 27.551 Da.
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MLRFIQKFSQ | ASSKILKYSF | PVGLRTSRTD | ILSLKMSLQQ | NFSPCPRPWL | ||||
| SSSFPAYMSK | TQCYHTSPCS | FKKQQKQALL | ARPSSTITYL | TDSPKPALCV | ||||
| TLAGLIPFVA | PPLVMLMTKT | YIPILAFTQM | AYGASFLSFL | GGIRWGFALP | ||||
| EGSPAKPDYL | NLASSAAPLF | FSWFAFLISE | RLSEAIVTVI | MGMGVAFHLE | ||||
| LFLLPHYPNW | FKALRIVVTL | LATFSFIITL | VVKSSFPEKG | HKRPGQV |
Protein
[uredi | uredi izvor]TMEM69 je dug 247 aminokiselina. Prisutno je pet transmembranskih segmenata, kao i domen nepoznate funkcije, DUF3429, koji obuhvata aminokiseline 91-232.[8]
Gen
[uredi | uredi izvor]Gen TMEM69, lociran na hromosomskoj regiji 1p34.1, pokrivajući 7,24 kb.[9] Nalazi se na plus lancu u genomskoj sekvenci od 46152886 do 46160121 i kodira primarni iRNK transkript koji sadrži tri egzona, a dužina je 6262 bp. Predviđeno je da gen TMEM69 kodira tri alternativna transkripta .[10]
Gensko susjedstvo
[uredi | uredi izvor]| Gen | Lokacija | Orijentacija | Funkcija | |
| GPBP1L1 (GC-bogati promotor-vezijući protein 1-liki 1) | 1p34.1 | minus | Regulacija tranakripcijw[11] | |
| CCDC17 (Protein sa upredenom zavojnicom 17) | 1p34.1 | minus | Bez informacuja funcionalnosti | |
| MAST2 (Mikrotubulama pidružena serin/treonin kinaza 2) | 1p34.1 | plus | Funkcije u multiproteinskom Kompleksu u sazrevanju spermatozoida. Regulira sintezu IL-12 izazvanu lipopolisaharidima u makrofagovima [12]|| | |
| [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/3652 IPP (Unutarcisternski polipeptid promoviran česticama | 1p34-p32 | minus | Interakcija sa aktinom[13] |
Predviđena svojstva
[uredi | uredi izvor]Svojstva TMEM69 koja su predviđena pomoću bioinformatučkih alata:
- Molekulska težina: 27,6 KDa.[9]
- Izoelektrična tačka: 10,3[14]
- Posttranslacijske modifikacije: Višestruka mjesta fosforilacije predviđena su iz NetPhos programa na ExPASy . NetPhos ih je predvidio sedam za aminokiselinu serin: na pozicijama 12, 27, 33, 85, 93, 183 i 234; jedno za treonin na poziciji 26 i dva za tirozin: na pozicijama 57 i 159.[15] NetGlyc na ExPASy je predvidio pet glikacijskih mjesta na pozicijama 7, 60, 73, 156 i 239.
- [[transmembranski domen|Transmembranski segmenti: TMEM69 sadrži pet transmembranskih regiona koji se nalaze na pozicijama 97–117, 122–142, 159–179, 185–205 i 216–236.[16]
Ekspresija
[uredi | uredi izvor]TMEM69 se eksprimira sveprisutno na niskim nivoima u cijelom ljudskom tijelu, iako podaci EST profila otkrivaju da je TMEM69 posebno izražen u neuroendokrinim tkivima kao što su jetra, amigdala, hipokampus i hipotalamus.[17] Utvrđeno je da je TMEM69 eksprimiran u vrijednostima nižim od normalnih kod pacijenata koji pate od ateroskleroze.[18]
Homologija
[uredi | uredi izvor]Ortolozi
[uredi | uredi izvor]Gen TMEM69 duboko je očuvan u nekoliko životnih oblika. Iako pokazuje najveću očuvanost među ortolozima sisavaca, zajedno s drugim hordati kao što su ribe, ptice i vodozemci, postoji određena očuvanost kod biljaka, insekata, gljiva i bakterija.[8]
| Rod i vrsta | Uobičajeno ime | Pristupni brok | Identitet sekvence | Dužina (AA) | |
| Macaca fascicularis | Rakojedi makak | EHH61428.1 | 89% | 246 | |
| Callithrix jacchus | Repati majmun | XP_002750811.1 | 83% | 249 | |
| Mus musculus | Kućni miš | AAI06179.1 | 69% | 245 | |
| Xenopus tropicalis | Afrička kandžasta žaba | NP_001016103.1 | 49% | 253 | |
| Rattus norvegicus | Pacov | EDL90276.1 | 70% | 247 | |
| Oryctolagus cuniculus | Kunić | XP_002715715 | 74% | 250 | |
| Anolis carolinensis | Gušter | XP_003220264.1 | 50% | 257 | |
| Danio rerio | Zebrica | XP_685684.1 | 49% | 249 | |
| Salmo salar | Losos | NP_001134056.1 | 50% | 259 | |
| Daphia pulex | Vodena buha | EFX84634.1 | 35% | 208 | |
| Ostreococcus tauri | Zelena alga | XP_003081614.1 | 34% | 166 | |
| Pseudomonas putida W619 | Zemna bakterija | YP_001748891.1 | 32% | 152 | |
| Schizophyllum commune | Gljiva | XP_003035659.1 | 27% | 363 |
Paralozi
[uredi | uredi izvor]Nisu pronađeni paralozi za TMEM69.
Konzerviranost
[uredi | uredi izvor]TMEM69 je dobro konzerviran u različitim organizmima. Iako se većina ortologa nalazi kod placentnih sisara, neki ortolozi se nalaze u bakterijama i gljivama. Najudaljeniji ortolog za koji je utvrđeno da ima sličnost sekvence sa TMEM69 je Pseudomonas putida W619, koja je vrsta zemljišne bakterije.[19] Posebno dobro konzerviran čak i kod najudaljenijih ortologa, uključujući Pseudomonas putida W619, najveći je dio drugog transmembranski domen|transmembranskog segmenta]] TMEM69. U strogim ortolozima svih pet transmembranskih domena je očuvano.[20] Konzervirani domeni pronađeni unutar TMEM69, dio su DUF3429, porodice nekarakterističnih proteina pronađenih u bakterijama i eukariotima.[8]
Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000159596 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000055900 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ a b "Entrez Gene: TMEM69 Transmembrane Protein 69". Pristupljeno 22. 4. 2012.
- ^ "Expasy: SOSUI". Arhivirano s originala, 15. 5. 2012. Pristupljeno 15. 4. 2012.
- ^ a b "Molecular Evolution of Multiple Forms of Kisspeptins and GPR54 Receptors in Vertebrates". Arhivirano s originala, 14. 4. 2013. Pristupljeno 22. 4. 2012.
- ^ a b c "BLAST". Pristupljeno 16. 2. 2012.
- ^ a b "TMEM69". Pristupljeno 2. 2. 2012.
- ^ "Transcript VariantsTMEM69". Arhivirano s originala, 3. 3. 2012. Pristupljeno 13. 2. 2012.
- ^ "NCBI:Gene". Pristupljeno 13. 4. 2012.
- ^ "NCBI:Gene". Pristupljeno 13. 4. 2012.
- ^ "NCBI:Gene". Pristupljeno 13. 4. 2012.
- ^ "Computer pI/Mw". Arhivirano s originala, 28. 3. 2010. Pristupljeno 11. 4. 2012.
- ^ "NetPhos". Pristupljeno 13. 4. 2012.
- ^ "UniProtKB". Pristupljeno 22. 2. 2012.
- ^ "GeneCards". Pristupljeno 18. 4. 2012.
- ^ "GEOProfiles". Pristupljeno 22. 2. 2012.
- ^ "Ensembl Genome Browser: TMEM69". Pristupljeno 22. 4. 2012.
- ^ "Biology Workbench: CLUSTALW". Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 22. 4. 2012.
Ovaj članak uključuje tekst iz Nacionalne medicinske biblioteke Sjedinjenih Država, koji je u javnom vlasništvu.