Diese Liste verzeichnet die Hauptstädte der Präfekturen (-to/-dō/-fu/-ken) Japans, formaler die Gemeinden, in denen sich der Sitz der Präfekturverwaltung (都道府県庁所在地to/dō/fu/ken-chō shozaichi) befindet, wie er vom jeweiligen Präfekturparlament durch Satzung (jōrei) bestimmt wurde.
In vielen, aber nicht in allen Fällen ist die Hauptstadt auch die größte Stadt einer Präfektur (Ausnahmen Stand 2020: Fukushima, Gunma, Shizuoka, Mie, Yamaguchi).
Anmerkung: die Flächen- und Bevölkerungsanteile sind nicht voll vergleichbar, da der Zeitpunkt der verwendeten Angaben für verschiedene Präfekturen etwas variiert. Der Stand der Einwohnerzahlen liegt um den 1. März 2021, der der Flächenangaben um 1. Januar 2023; für genaue Datumsangaben siehe die Einzelartikel.
Kōjimachi, Tokio bis 1947, als die ehemaligen Bezirke der Stadt Tokio zu „Sonderbezirken“ auf Gemeindeebene wurden und dabei neu organisiert wurden, der Bezirk Kōjimachi wurde Teil des Bezirks Chiyoda
Tokio, Tokio bis 1943, als die Stadt Tokio abgeschafft und ihre 35 Bezirke zu direkten Untergliederungen der neu organisierten Präfektur wurden (siehe Tōkyō-tosei)
Yokkaichi, Mie, Mie (vorher Anotsu), 1872 bis 1873, als die Präfekturverwaltung zurück nach Anotsu (alter Name von Tsu) im Kreis Anō verlegt wurde; aber die Umbenennung der Präfektur nach dem Landkreis blieb.
Iwatsuki, Saitama, Saitama (vorher Urawa, Iwatsuki und andere), 1871 durch Erlass der Meiji-Regierung (Dajōkan) gesetzlich vorgesehen, aber letztlich nicht umgesetzt, die Präfekturverwaltung blieb in Urawa im Kreis Adachi;[2] bloß die (Um)Benennung der vergrößerten/fusionierten Präfektur nach dem Landkreis blieb.