Der Ausdruck „Sagan“ hat mehrere Bedeutungen. Im Japanischen heißt es unter anderem Sandstein (砂岩). Dies soll die Klubmentalität widerspiegeln, der aus vielen kleinen Einzelteilen groß und fest wird. Zudem kann der Name im dort ansässigen Dialekt auch einfach nur Tosu in Saga bedeuten. Die dritte Möglichkeit ist, dass der Begriff eine Anlehnung an den italienischen Serienmeister Juventus Turin (japanisch Yuventosu) darstellen soll, was vom Klub jedoch nicht bestätigt wurde.
Seit der Gründung der J. League Division 2 im Jahr 1999 spielte Sagan Tosu zweitklassig, bis ihnen 2011 als Zweitplatzierter der Aufstieg in die J. League Division 1 gelang. Die nächsten Jahre konnte sich die Mannschaft im Mittelfeld der Liga etablieren, bis man nach einem letzten Platz in der Saison 2024 abermals den Gang in die J2 League antreten musste.
Der Verein trägt seine Heimspiele im Best Amenity Stadium in Tosu in der Präfektur Saga aus. Das Stadion auf der Insel Kyūshū hat ein Fassungsvermögen von 24.130 Zuschauern. Eigentümer sowie Betreiber der Sportstätte ist die Stadt Tosu.