The Neptunes a sorti une compilation hip-hop et RnB intitulée The Neptunes Present... Clones avec des collaborations de Busta Rhymes, Kelis, Jay-Z, Clipse, ainsi que cinq albums au sein de leur propre groupe de hip-hop nommé N.E.R.D, à savoir : In Search of..., Fly or Die, Seeing Sounds, Nothing et No-one Ever Really Dies.
Pharrell et Chad se rencontrent en camp de vacances à l'école The Gifted and Talented de Virginia Beach, où Williams était batteur, et Hugo jouait du saxophone[1]. Ils étaient aussi ensemble dans une fanfare ; Pharrell jouait de la timbale et Chad conduisait la fanfare. En 1990, Chad et Pharrell forment un groupe à quatre de « type RnB » avec Shay Haley et Mike Etheridge, qu'ils nomment « The Neptunes ». Après avoir participé à un concours local de talents, ils sont découverts par Teddy Riley, dont le studio était situé près de l'école de Pharrell[2]. Après le lycée, ils signent avec Riley comme groupe[3].
Avec Riley, Pharrell écrit des versets pour la chanson Rump Shaker de Wreckx-N-Effect (1992). En 1994, Hugo et Williams s'établissent formellement comme un duo de producteurs et jouent l'assistance sur la chanson Tonight's The Night de l'album homonyme de BLACKstreet. Trois ans plus tard, ils continuent occasionnellement la production. Certaines productions comme New Beginning de SWV (1996) et Total (1996), ressemblent quelque peu à leur style musical d'origine. Leur première production majeure est Superthug de N.O.R.E. en 1998, qui atteint la 36e place du Billboard Hot 100, et leur fait gagner l'intérêt pour la première fois. Le duo travaillera alors beaucoup avec Kelis, pour son premier album, Kaleidoscope qui est leur première production intégrale, et pour Ol' Dirty Bastard et son album Got Your Money.
En 2001, The Neptunes attire l'intérêt mondial avec I'm A Slave 4 U de Britney Spears, qui atteint la première place des classements en Europe et en Amérique du Sud. En 2003, ils publient l'album The Neptunes Present... Clones.