אמיל שירר (בגרמנית: Emil Schürer; 2 במאי 1844 – 30 באפריל 1910), היסטוריון ותאולוג גרמני פרוטסטנטי. מגדולי החוקרים של תקופת הבית השני.
שירר נולד באאוגסבורג. למד באוניברסיטת ארלנגן נירנברג, באוניברסיטת הומבולדט, באוניברסיטת היידלברג בשנים 1866-1862.
בשנת 1873 קיבל מינוי של פרופסור לברית החדשה באוניברסיטת לייפציג. ב-1876 ייסד וערך את כתב העת התאולוגי Theologis he Literaturzeitung. בשנים 1910-1881 ערך את כתב העת יחד עם אדולף הרמן. ב-1895 שירר התמנה לפרופסור באוניברסיטת גטינגן.
ספרו של שירר מהווה עד היום בסיס להכרת תקופת הבית השני, יצא לאור בשלושה כרכים. ספרו הוא עיון ביקורתי ביהדות לענפיה השונים. הוא ניתח את ההיסטוריה, מפלגות, מוסדות, כיתות. הוא סוקר את הגאוגרפיה, היסטוריה וארכאולוגיה. שירר הניח כי הכרת היהדות חשובה להבנת הנצרות יוצאת חלציה.
המהדורה הראשונה שלו התפרסמה בשפה הגרמנית בשנים 1890-1886 ונקראה "Geschichte des judischen Volkes im Zeitalter Jesu Christi". המהדורה הרביעית בגרמנית יצאה בשנים 1909-1901 ויצאה לאור במהדורה מחודשת בשפה האנגלית תחת הכותר "The History of The Jewish People in the Age of Jesus Christ : (175 לפני הספירה עד 135 לספירה)", בעריכתם של גזה ורמש ומתיו בלאק, בין השנים 1987-1973. הספר תורגם ליידיש על ידי זליג קלמנוביץ', ונדפס בוילנא בשנות ה-20 של המאה ה-20; ספר זה הקנה לשירר תהילה והקנה לו שם של אחד מגדולי המלומדים הגרמנים בתקופתו; הספר טרם תורגם לעברית.