Aeroméxico Connect werd in 1988 opgericht als Servicios Aéreos Litoral en werd op 1 december 1990 een dochteronderneming van Aeroméxico.[1] De maatschappij groeide en het routenetwerk en vloot werden flink uitgebreid. In 1997 werden er onder andere Saab 340s in dienst genomen waarvan enkele toestellen van KLM Cityhopper kwamen.[2] Op 22 november 2007 werd de naam veranderd naar Aeroméxico Connect.
Op 6 september 2001 stopte een motor van een Saab SF-340 van Aerolitoral. Er werd een noodlanding gemaakt in een veld en het toestel raakte total loss. Er waren enkele lichtgewonden.[8]
Op 21 januari 2010 raakte Aeroméxico Connect vlucht 2051 van de landingsbaan na uit te wijken naar de luchthaven van Tijuana vanwege slecht weer. Het toestel met registratie XA-WAC werd weer gerepareerd en keerde later terug in dienst.[9]
Op 31 juli 2018 crashte Aeroméxico Connect vlucht 2431 tijdens het opstijgen vanuit Durango. Het toestel met registratie XA-GAL brandde volledig uit, maar iedereen heeft het overleefd.[10][11]
Op 5 januari 2023 werd een toestel geraakt door een kogel. Dit gebeurde door kartelleden die in het rond schoten na de arrestatie van Ovidio Guzmán, een zoon van drugsbaron El Chapo.[12]