Khi Trung tâm Thuơng mại Thế giới sụp đổ; các loại vật liệu xây dựng, đồ điện tử và nội thất đã bị nghiền nát và tỏa ra khắp khu vực Khu Tài chính của Hạ Manhattan. Năm tháng sau vụ tấn công, bụi từ các tòa nhà sụp đổ vẫn tiếp tục tràn ngập không khí tại Ground Zero. Nhiều cư dân New York sau đó đã có báo cáo về việc mắc phải các bệnh về đường hô hấp.[1] Nhiều người đã chết do các bệnh tật của vụ tấn công hơn các nạn nhân sự kiện.[2][3]
Nhiều chương trình y tế khác nhau đã thành lập để giải quyết những tác động sức khỏe đang diễn ra sau vụ tấn công. Chương trình Y tế Trung tâm Thương mại Thế giới, cung cấp xét nghiệm và điều trị cho những nhân chứng và nạn nhân sự kiện, đã hợp nhất nhiều chương trình y tế sau khi Đạo luật Y tế và Bồi thường James Zadroga 9/11 trở thành luật vào tháng 1 năm 2011.[4]
Tính đến tháng 12 năm 2017, các loại bệnh phổ biến nhất được Chương trình Y tế Trung tâm Thương mại Thế giới tiếp nhận là viêm xoang mũi, trào ngược dạ dày thực quản, hen suyễn, ngưng thở khi ngủ, ung thư, hậu chấn tâm lý, tắc nghẽn phổi mãn tính, trầm cảm và rối loạn lo âu. Các loại ung thư phổ biến nhất là ung thư da và ung thư tuyến tiền liệt. Chương trình y tế cũng thường xuyên công bố các thống kê của mình trên website chính thức.[5]