Bối cảnh của trò chơi dựa theo những sự kiện có thật trong Thế chiến thứ hai, cụ thể là giai đoạn từ năm 1941 (màn chính thức đầu tiên) đến năm 1944 (màn chính thức cuối cùng), trong đó người chơi được tự chỉ huy một đội đặc công nhỏ của Đồng Minh tiến hành các nhiệm vụ [bí mật được giao để ngăn cản nỗ lực chiến tranh của Phe Trục (cụ thể là Đức Quốc Xã và Đế quốc Nhật Bản (có một vài nhiệm vụ đội đặc công phải phối hợp với người dân bản địa và một số đơn vị thường của phe Đồng Minh).
Commandos 2: Men of Courage được đề cao vì những cải tiến so với phiên bản đầu tiên, bao gồm khả năng lấy và sử dụng vũ khí của đối phương và khám phá bên trong các căn nhà, ba chiến sĩ đặc công mới (Lupin, Natasha, Whiskey), các chiến sĩ cũ đều có thêm nhiều tính năng và khả năng mặc đồng phục của binh sĩ và lính thợ phe Trục để tránh bị nhận dạng.
Mục này nói về cốt truyện của trò chơi điện tử chiến thuật thời gian thực có phỏng theo Lịch sử Chiến tranh thế giới thứ hai, không hẳn là sự kiện lịch sử có thật
Tháng Năm năm 1941, hai chiến sĩ đặc công là Paul Toledo và Natasha Nikochevski tiến hành nhiệm vụ lấy Máy Engima và tài liệu mật mã quan trọng từ căn cứ tàu ngầm của Hải quân Đức quốc xã đặt ở thành phố La Rochelle, Pháp. (Màn 1: Night of the Wolves). Sau khi hoàn thành nhiệm vụ, Natasha rời căn cứ, trong khi Toledo được lệnh ở lại với máy Enigma cùng với chú chó Wishkey để hỗ trợ các chiến sĩ đặc công khác (Jack O'Hara, Thomas Hancock, James Blackwood & René Duchamp), họ sẽ tiếp cận căn cứ vào khoảng giữa buổi sáng để giải thoát thủy thủ đoàn của một tàu ngầm Anh quốc.
^Dodson, Joe (tháng 9 năm 2002). “Commandos 2: Men of Courage (PS2)”. Game Revolution. CraveOnline. Bản gốc lưu trữ ngày 26 tháng 11 năm 2004. Truy cập ngày 24 tháng 10 năm 2018.
Ở một tương lai xa xăm, sự dâng lên đột ngột và không thể lí giải của mực nước biển đã nhấn chìm hầu hết nền văn minh của nhân loại xuống đáy biển sâu thẳm