Rozella (Cryptomycota) su najraniji rod gljiva kod kojih se javllja hitin, najmanje u nekim fazama životnog ciklusa,[4] kao i hitinski ćelijski zid (još jedna oznaka gljiva) i osmotrofija nastali su od zajedničkih predaka Blastocladiomycota i Chytridiomycota, koji i dalje sadrže neke predačke karakteristike, kao što je flagela u fazi zoospora.[5] Skupine gljiva sa karakterističnim tjelesnim hifama, Zoopagomycota, Mucuromycotina i Dikarya, nastale su od zajedničkog pretka prije ~ 700 miliona godina. Zoopagomycota su uglavnom patogeni životinja ili drugih gljiva, Mucuromycotina je mnogo raznolika grupa, uključujući parazite, saprotrofe ili ektomikorizne oblike. Dikarya je grupa koja obuhvata drupe Ascomycota i Basidiomycota, koje čine ~ 98% opisanih vrsta gljiva. Zbog ove bogate raznolikosti, Dikarya uključuje morfološki vrlo različite skupine, od hifa ili jednoćelijskih kvasaca (poput modelnog organizmaSaccharomyces cerevisiae) do složenih višećelijskih gljiva popularno poznatik kao pečurke.
Suprotno životinjama i kopnenim biljkama složene višećelijske redove, uočeni filogenetski odnosi ukazuju na to da su gljive stekle i izgubile višećelijsku organizaciju više puta, prema evoluciji Ascomycota i Basidiomycota.[6]
Filogenijsko stablo prikazuje gljive i njihov bliski odnos prema drugim organizmima na temelju djela Philippea Silara.[7] i mikota prema "The Mycota: A Comprehensive Treatise on Fungi as Experimental Systems for Basic and Applied Research" (Mycota: Sveobuhvatni traktat o gljivama kao eksperimentalnim sistemima za osnovna i primijenjena istraživanja".[8][9] Stablo Holomycota je prema Tedersoo et al.[10][11]
^ abBerbee, Mary L.; James, Timothy Y.; Strullu-Derrien, Christine (8. 9. 2017). "Early Diverging Fungi: Diversity and Impact at the Dawn of Terrestrial Life". Annual Review of Microbiology. 71 (1): 41–60. doi:10.1146/annurev-micro-030117-020324. PMID28525299.
^Stajich, Jason E.; Berbee, Mary L.; Blackwell, Meredith; Hibbett, David S.; James, Timothy Y.; Spatafora, Joseph W.; Taylor, John W. (29. 9. 2009). "The Fungi". Current Biology. 19 (18): R840–R845. doi:10.1016/j.cub.2009.07.004. PMC2913116. PMID19788875.