Il visite Paris, Montpellier, voyage en Italie, en Allemagne ; il occupe à son retour les premières places dans sa ville natale, et est choisi pour médecin par le roi d'Espagne Philippe IV. Ses travaux sur la ville antique d'Epomanduodurum (l'actuelle Mandeure dans le (Doubs) permettent d'attirer l'attention sur ces vestiges[3].
Il étudie le tombeau de Childéric Ier et publie Anastasis Childerici I. Francorum regis. Il s'intéresse à la fleur de lys et publie Lilium francicum veritate historica, botanica, et heraldica illustratrum. Il considère que l'abeille est le plus ancien symbole de la monarchie française[4].
Asitiae in puella helvetica mirabilis physica exetasis, Besançon, sans date, probablement 1607. Le titre signifie Examen médical d'une extraordinaire abstention d'aliments chez une jeune fille suisse. La jeune fille en question, une certaine Apollonia Skreier, était réputée jeûner depuis cinq ans[5].
Recueil des Traittez de Paix, Treves et Neutralité entre les couronnes d’Espagne et de France. Seconde Edition. Anvers, Plantin [Balthazar Moretus], 1645. In-12, [1 (titre)], [1 bl.], [1 (titre frontispice de Galle)], [1 bl.], [8 (avis au lecteur, privilège, table)], 392, [50 (index et marque typographique in fine)] p. (première édition en 1643 et éditions ultérieures en 1650 et 1664).
Recueil des traittez de paix, treves et neutralité entre les couronnes d'Espagne et de France. : Troisième édition. Augmentée par le dernier traitté de paix fait en l'Isle des faisans, l'an M.DC.LIX., Anvers, Plantin, (lire en ligne)
des écrits politiques où il soutient les droits de l'Espagne et de l'Autriche contre la France.
Anastasis Childerici Francorum regis : Officina Plantiniana, Anvers, 1655.
Lilium francicum veritate historica, botanica, et heraldica illustratrum. Antverpiae [Anvers] : ex officina Plantiniana Balthasaris Moreti, 1658
↑La Franche-Comté n'est rattachée au royaume de France par le Traité de Nimègue qu'en 1678, cinq ans après sa mort ; Jean-Jacques Chifflet n'est donc pas français, mais comtois
↑Mandeure, une ville antique sur le Doubs, Archéologie en Franche-Comté, DRAC Franche-Comté, 2011, p. 12, ISSN 2109-7585 (Lire en ligne)
↑Bernard de Vregille, « Le Vesontio de Jean-Jacques Chifflet : Histoire d'une histoire », dans Laurence Delobette et Paul Delsalle (dir.), Autour des Chifflet : aux origines de l'érudition en Franche-Comté, Presses universitaires de Franche-Compté, 2007, p. 115, en ligne sur OpenEdition et sur Google Books.
Bernard de Vregille, « Le Vesontio de Jean-Jacques Chifflet (1618) : histoire d'une "Histoire" », dans Laurence Delobette et Paul Delsalle (dir.), Autour des Chifflet : aux origines de l'érudition en Franche-Comté : actes du Colloque d'Avignon, mai 2010, Besançon, Presses universitaires de Franche-Comté, coll. « Les cahiers de la MSH Ledoux. Série Transmission, identité, métissage » (no 1), , 257 p. (ISBN978-2-84867-174-1, DOI10.4000/books.pufc.27719), p. 113-134.
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