A hatalom hamar észrevette, hogy Csoóri nem tartozik feltétlen hívei közé. Írásaiban kritizálta a diktatúra személyiség- és társadalomromboló hatását, különös tekintettel a vidéki emberek sorsára. Gyakran volt megfigyelés és szilencium alatt, néha évekig. Nem kaphatott komolyabb elismerést, díjakat. Budapesten élt, ahol a Belvárosi kávéházban jöttek össze barátaival, többek között Jancsó Miklóssal, Orbán Ottóval, Konrád Györggyel, Kósa Ferenccel.
Első versei 1953-ban jelentek meg, nagy feltűnést keltve a Rákosi-korszakot bíráló hangvételükkel. Ezekben, valamint első kötetében (Felröppen a madár, 1954) még leginkább Petőfi realista közéletiségét követte. Költészete az 1960-as évekre forrott ki igazán. A Kádár-korszak ellenzékének egyik legmarkánsabb képviselőjévé vált. A hetvenes évekre alakult ki költészetének jellegzetes karaktere, amelynek legfőbb ismérvei: a képekből áradó metafizikai sugárzás, a váratlan és meglepő asszociációk sora, a mindenkor személyes hangvétel mint hitelesítő jegy és a közösségi elkötelezettség. Szakolczay Lajos így fogalmazott: „Zrínyi kezéből vette ki a kardot, s Kosztolányi selyemsálát csavarta a nyakára.”Görömbei András szerint „költőként az a legnagyobb irodalomtörténeti érdeme, hogy összetéveszthetetlenül egyéni színnel vitte tovább költészetünknek azt a fő vonulatát, melyet elődei és kortársai Balassi BálinttólNagy Lászlóig megteremtettek.” Mint monográfusa fogalmaz, a Csoóri-vers „sokrétegű, (…) gazdag képvilágú, érzékletes közvetlenséget és szürrealisztikus asszociációkat együtt mozgató, a természetet és a kozmoszt az emberi ügyek részévé és jelképévé avató, ritmusában nyugtalanságot és belső nyugalmat egyszerre sugalló”. Verseit számos idegen nyelvre lefordították.
Esszéiben a képi és a logikai megközelítést egyszerre alkalmazza. Irodalmi pályaképek, népköltészeti és történelmi tárgyú művek, nemzeti sorskérdéseinket boncolgató írások, valamint saját életének eseményeit megörökítő esszék százait írta meg és tette közzé a hatvanas évek elejétől. Németh László és Illyés Gyula nyomdokain haladva hozta létre a magyar esszéírás egyik csúcsteljesítményét: „Csoóri esszéi a magyar nemzeti önismeret elmélyítésének, gazdagításának bázisai” (Görömbei András).
Szociográfiát (Tudósítás a toronyból, 1963), szociográfiai jellegű kisregényt (Iszapeső, 1981), gyermekverseket (Lekvárcirkusz bohócai, 1969; Lábon járó verőfény, 1987; Ördögfióka, 2006, Moziba megy a Hold, 2008; Hova megy a hegy?, 2011) is írt. Kósa Ferenc (Tízezer nap; Ítélet; Hószakadás; Nincs idő) és Sára Sándor (Földobott kő; 80 huszár; Tüske a köröm alatt) filmjeinek forgatókönyvírója volt. Összegyűjtött versei 2000-ben láttak napvilágot (A jövő szökevénye),2004-ben megjelent válogatott verseinek gyűjteménye (Elkártyázott köpeny).2007-ben Tizenhét kő a parton címmel jelent meg esszékötete. 2009-ben Harangok zúgnak bennem címen adott ki újabb verseskötetet.
A hatvanas évektől a népi-nemzeti ellenzék vezető egyénisége volt, komoly szerepet vállalt a rendszerváltás előkészítésében. Több alkalommal sújtották szilenciummal, több ezer oldalnyi ügynöki jelentést írtak róla, népszerűsége azonban rendkívül magas volt, előadásain rendszerint zsúfolt termek fogadták. 1990-ben egy néhányak által antiszemitának minősített cikke („Nappali hold”[10]) miatt több írótársa szembefordult vele, a Magyar Írószövetség pedig (amelynek elnökségi és választmányi tagja is volt) nyilvánosan elhatárolódott tőle.[11]
Utolsó éveiben visszavonultan élt. A nyilvánosság előtt utoljára a 85. születésnapja tiszteletére szervezett ünnepségen jelent meg a Petőfi Irodalmi Múzeumban. Hosszan tartó, súlyos betegség után 2016. szeptember 12-én halt meg. Szeptember 21-én temették el az Óbudai temetőben. Az állami szertartáson Balog Zoltán, az Emberi Erőforrások minisztere, Tornai József költő és Kósa Ferenc filmrendező búcsúztatta.
Virágvasárnap. A 60 éves költő 60 verse / Csoóri Sándor; Magyar Bibliofil Társaság, Budapest, 1990
Nappali hold; Püski, Budapest, 1991
Hattyúkkal, ágyútűzben; Kortárs, Budapest, 1994
Senkid, barátod. A szerző válogatása életművéből; Trikolor–Intermix–Patent, Budapest–Ungvár–Debrecen, 1994 (Örökségünk)
Tenger és diólevél. Összegyűjtött esszék, naplók, beszédek 1961–1994. 1–2.; Püski, Budapest, 1994 (Csoóri Sándor életműsorozata)
Ha volna életem; Kortárs, Budapest, 1996
Szálla alá poklokra. Esszék; Felsőmagyarország, Miskolc, 1997
Csoóri Sándor válogatott versei; Unikornis, Budapest, 1998 (A magyar költészet kincsestára)
A jövő szökevénye. Összegyűjtött versek; Kossuth Egyetemi, Debrecen, 2000
Diófalomb és gyertyafény; Balaton Akadémia, Balatonboglár, 2000 (Balaton Akadémia könyvek)
Csöndes tériszony. Új versek; Széphalom Könyvműhely, Budapest, 2001
Így lásson, aki látni akar; Jókai Városi Könyvtár, Pápa, 2001 (Pápai diákok)
Forgácsok a földön. Tanulmányok, esszék, interjúk; Széphalom Könyvvműhely, Budapest, 2001
Elveszett utak; Nap, Budapest, 2003 (Magyar esszék)
Elkártyázott köpeny; Helikon, Budapest, 2004
Visszanéztem félutamról; Helikon, Budapest, 2004
Futás a ködben; Nap, Budapest, 2005
Ünnep a hegyen. Vallomások a szülőföldről; válogatta, szerkesztette: Káliz Sajtos József; Vörösmarty Társaság, Székesfehérvár, 2005
Hetvenöt; válogatta, szerkesztette: Balogh Júlia és Görömbei András; Trifaux, Budapest, 2005
Csoóri Sándor–Szakolczay Lajos: Nekünk ilyen sors adatott. Interjúk, versek, fotók; Írott Szó Alapítvány–Magyar Napló, Budapest, 2006
Ördögfióka. Rajzok-versek gyermekhangra; rajz Ibolya Utcai Általános Iskola diákjai; Ibolya Utcai Általános Iskola, Debrecen, 2006
Tenger és diólevél esszé, 1974–1977; Szent György, Budapest, 2007 (Szent György könyvek)
Tizenhét kő a parton esszék; Nap, Budapest, 2007 (Magyar esszék)
Moziba megy a hold; Cerkabella, Szentendre, 2008
Harangok zúgnak bennem; Nap, Budapest, 2009
A pokol könyöklőjén; Helikon, Budapest, 2010
Föld, nyitott sebem. Összegyűjtött versek; Nap, Budapest, 2010 + CD
A szétzilált nemzet esszék; Nap, Budapest, 2010 (Magyar esszék)
Védőoltás. A magyar irodalomról az Ómagyar Mária-siralomtól napjainkig; Nap, Budapest, 2011
Hova megy a hegy? Gyermekversek; Nap, Budapest, 2011
Az elhalasztott igazság beszélgetések, 1971–2010; Nap, Budapest, 2011 (Magyar esszék)
Csoóri Sándor legszebb versei; válogatta, utószó Pécsi Györgyi; AB-art, Bratislava, 2011
Már én se volnék harminc év; Nap, Budapest, 2012
Eltemethetetlen gondok; összeállította: Balogh Júlia; Magyar Közlöny Lap- és Könyvkiadó, Budapest, 2017 (Nemzeti könyvtár)
Csillagkapu. Válogatott gyermekversek; válogatta: Balogh Júlia, utószó Pálfy G. István, zene Sebő-együttes; Erdélyi Szalon–IAT, Szentendre–Budapest, 2018 (Csoóri Sándor életműsorozat) + CD
Csoóri Sándor emlékkönyv. Fehér holló feketében; összeállította: Balogh Júlia, szerkesztette: Pálfy G. István; Erdélyi Szalon–IAT, Szentendre–Budapest, 2018
Éji nap – nappali hold. Naplójegyzetek, töredékek; szerkesztette: Balogh Júlia, Pálfy G. István; Erdélyi Szalon–IAT, Szentendre–Budapest, 2018
1. 1955–1989
2. 1990–2011
Kapaszkodás a megmaradásért. In memoriam Csoóri Sándor; válogatta: Márkus Béla, összeállította, szerkesztette: Gróh Gáspár; Nap, Budapest, 2019 (In memoriam)
Régi vérfoltok vöröslenek. Kötetben meg nem jelent írások, 1960–2008; összeállította: Kovács Attila Zoltán, Urbán László, szerkesztette: Balogh Júlia, Pálfy G. István; Erdélyi Szalon–IAT, Szentendre–Budapest, 2019
Csoóri Sándor összegyűjtött versei; összeállította: Balogh Júlia, szerkesztette: Pálfy G. István; Erdélyi Szalon–IAT, Szentendre–Budapest, 2019 (Csoóri Sándor életműsorozat)
↑MTI közlés Az információ autentikus forrásból származó hiteles közlés. A közlést tartalmazó e-mailt archiváltuk, szövegét az önkéntes ügyfélszolgálatot ellátó szerkesztők a 2016091310008207 ügyszám alatt olvashatják. Aki meg szeretne bizonyosodni az információ valódiságáról, lépjen kapcsolatba a hozzáféréssel rendelkező önkéntesek valamelyikével!
Cs. Nagy Ibolya: A cselekvő gondolat esszéi; A közélettől a magányig; A szülőföldélmény Csoóri Sándor költészetében; Énkép: bársonnyal, ciánnal; Utazás az éjszakában = Cs. N. I.: Kérdez az idő, Felsőmagyarország Kiadó, Miskolc, 2002. 201-246.
Elek István: Rendszerváltoztatók húsz év után, Magyar Rádió Zrt. és Heti Válasz Lap- és Könyvkiadó Kft., 2009. (Interjú, 296–303.)
Csoóri Sándor bibliográfia; összeáll. Agócs Sándor; Hitel, Bp., 1990
Kiss Ferenc: Csoóri Sándor; Magvető, Bp., 1990
A lélek senkiföldjén. Csoóri Sándor köszöntése; összeáll., szerk. Szakolczay Lajos; Széphalom Könyvműhely, Bp., 1992
Ignotusz Anonimusz: A titkok titka. Variációk. Elküldött „levelek” Csoóri Sándor, Glatz Ferenc, Heller Ágnes, Lengyel László, Soros György részére; Szultán BT, Bp., 1997
Vasy Géza: A nemzet rebellise; Vörösmarty Társaság, Székesfehérvár, 2000
Kiszely Gábor: Szellem a célkeresztben. Csoóri Sándor és a politikai rendőrség ügynökei; Magyar Egyetemi Kiadó, Bp., 2007