La famiglia Carlone, proveniente dal Canton Ticino, era attiva a Genova sin dal XVI secolo, a partire dall'attività di Taddeo Carlone, scultore e architetto. Il padre, Giovanni Battista e lo zio, Giovanni, erano a loro volta pittori. Giovanni Andrea, a differenza del padre, dopo aver lavorato nella sua bottega, si era però formato sugli artisti dell'Italia centrale, operando da apprendista nella bottega romana di Carlo Maratta (da cui apprese il gusto per il classicismo, che unito a quello di Andrea Sacchi fu per lui fonte di ispirazione) e da qui spostandosi in numerose città (Napoli, Palermo, Messina, Venezia, Padova, Ferrara, Bologna, Modena, Parma e Piacenza) e studiando da vicino l'arte umbra.
Storie di Giosuè, affreschi, - Perugia, Chiesa del Gesù, tribuna, tra il 1666 e il 1667.
Quattro Evangelisti, affreschi, pennacchi della cupola, 1667. Episodi dell'Antico Testamento, affreschi, volta del presbiterio, tra il 1668 e il 1669. Presentazione di Maria, affreschi, cappella Bigazzini, 1669. Perugia, Chiesa di San Filippo Neri (Chiesa Nuova)
Vita di San Paolo (1673) sulle pareti e Gloria di San Paolo tra i Dottori della Chiesa (1675) nella cupola, unico affresco che ad oggi risulti portare la sua firma ancora visibile. Perugia, Chiesa di Sant’Ercolano.
Miracoli del Santissimo Sacramento e Storie di Davide, nove quadri ad olio, La Vittoria di Gedeone sui Madianiti, affreschi, - Assisi, Duomo di San Rufino, Cappella del Santissimo Sacramento, tribuna e calotta absidale, 1670.
Virtù che abbatte la discordia e il Trionfo della verità, affreschi, - Genova, Palazzo di Francesco Maria Balbi, due sale, 1670.
Affreschi (ora distrutti), - Perugia, Palazzo dei Priori, anticamera, 1672.
Assunzione della Vergine e le Virtù Teologali, affreschi, Cappella del Santissimo Sacramento, tribuna e calotta absidale, 1673 circa. Elia che chiama il fuoco, affresco, - Assisi, Duomo di San Ruffino, parte anteriore della navata, 1673.
Il Crocifisso di San Francesco Saverio caduto in mare e portato a riva da un granchio, San Francesco Saverio battezza una regina indiana e la Apoteosi del Santo, affreschi, - Roma, Chiesa del Gesù, cappella di San Francesco Saverio, volta, 1673-1678.
Sibilla Eritrea, olio su tela, - Roma, Pantheon, cappella di San Giuseppe, 1674.
Fregio decorativo, affreschi, - Roma, Palazzo Altieri, Sala Verde, 1674-1677.
Gloria di Sant'Agostino, Discesa dello Spirito Santo, Virtù, affreschi, - Genova, Chiesa del convento di San Bartolomeo all'Olivella, 1681.
Doni dello Spirito Santo realizzate nel 1683 per il Salone degli Esercizi Letterari del Collegio dei Gesuiti di Genova, attuale aula magna dell'Università.
Apparizione del Bambino a San Filippo Neri, olio su tela,- Spotorno, Chiesa parrocchiale, 1688.
All'elenco vanno aggiunti gli affreschi, ormai distrutti per un crollo avvenuto nel 1868, realizzati nel tetto dell'Aula Magna del Palazzo dell'Università (ex Collegio dei Gesuiti) di Genova.
^Giovanni Andrea Carlone in bianco e nero. I perduti affreschi con le Imprese di Ercole per il Palazzo Spinola contra San Luca a Genova, di Giacomo Montanari
Ezia Gavazza, Federica Lamera, Lauro Magnani, La pittura in Liguria. Il secondo Seicento, Sagep Editrice, Genova, 1990.
Massimo Bartoletti, Laura Damiani Cabrini, I Carlone di Rovio, Fidia edizioni d'arte, Lugano 1997, 44, 54, 58, 74,78, 85, 184, 190-215, 240-242, 247, 266.
Giorgio Mollisi, La Genova dei Ticinesi. Gli artisti provenienti dal Ticino a Genova dal Medioevo al Settecento, in ArteStoria, anno 5, numero 20, Edizioni Ticino Management, Lugano 2004.
Riccardo Navone, Viaggio nei Caruggi, edicole votive, pietre e portali, Fratelli Frilli Editori, Genova 2007, 247, 375.