Risale a questo periodo il saggio di operatività per la Pensione Abramo e Sara alla corte del Faraone, attualmente visibile nel corridoio d'ingresso di Palazzo Comunale di Modena insieme ad altri Premi Poletti[3].
Nel 1876, anno di conclusione del pensionato, si trasferisce a Firenze dove affitta un piccolo studio nella periferia della città, lungo il fiume Mugnone; la sua tela Poppea con Nerone che fa portare la testa di Ottavia riscuote un notevole successo, che gli vale la nomina a professore onorario dell'Accademia di Belle Arti di Modena.
Nel capoluogo toscano viene a contatto con gli esponenti del movimento macchiaiolo, con i quali condivide la spinta naturalistica verso il paesaggio, che per Muzzioli resta comunque secondario rispetto al genere storico e sacro che lo caratterizza in questa fase di attività.
Viaggia tra Napoli e Parigi, dove visita l'Esposizione Universale del 1878; il successo ottenuto dalle sue opere presso le più importanti esposizioni europee gli vale ricche commissioni provenienti da importanti famiglie dell'aristocrazia e borghesia emiliana, che riproduce in ritratti e scene di vita quotidiana, con rievocazioni in stile neosettecentesco o neopompeiano.
Nel 1881 si aggiudica il Premio Cantù dell'importo di 1000 lire[4] per il miglior soggetto storico all'Esposizione nazionale di Milano con Al tempio di Bacco e nel 1882 diviene socio nel Circolo Artistico fiorentino, del quale sarà eletto presidente[5], oltre a essere nominato professore onorario dell'Accademia di belle arti di Firenze.
Nel 1888 partecipa all'Esposizione Emiliana di Bologna con I funerali di Britannico, quadro che suscita le lodi senza riserve della scrittrice Matilde Serao la quale, in un articolo pubblicato sul Corriere di Napoli, sottolinea la capacità dell'autore di creare personaggi ad alta concentrazione espressiva[6].
Nel novembre dello stesso anno viene allestita una personale di Muzzioli con 141 opere[11].
Un'altra importante retrospettiva (Il vero, la storia e la finzione) è allestita a Palazzo Foresti di Carpi nel 2009[12].
Pittore di riconosciuta fama nel panorama artistico contemporaneo, grazie alla sua unicità nella spaziatura tra naturalismo di stampo macchiaiolo e pittura storica.
Abramo e Sara alla corte del faraone (1874-1875) è stata la prima rivelazione del talento dell'artista modenese, in quanto interpretazione rivoluzionaria del soggetto biblico con un Verismo tratto dall'influenza di Domenico Morelli[13], unita dallo studio dei monumenti antichi reso con intento melodrammatico e neopompeiano.
Il tema dell'utilizzo di ambientazioni ricavate dall'antica Pompei è infatti molto apprezzato dalla borghesia del tempo ed è mutuato dalle
opere dell'olandese Lawrence Alma-Tadema, conosciuto all'Esposizione Universale del 1878, che divenne il principale esponente di questo genere che suscita parecchia influenza in Muzzioli (La danza delle spade o Cubistetèira)[14].
La spiccata attenzione al paesaggio e al naturalismo manifestata nella seconda parte della sua attività deriva dalla frequentazione con l'ambiente macchiaiolo, da cui trae la significativa percezione dell'atmosfera e della luce in soggetti ispirati all'ambiente rurale toscano, collocati nell'antichità ma con atteggiamenti propri della vita contemporanea[15].
^Emporio Letterario. Belle Arti e Teatri Firenze, 1885, pp. 110
^Malìa d'oriente Giuseppe Abbiati, Lampi di stampa, Milano, 2018, pp. 184
^Atti del collegio dei professori della R. Accademia di belle arti di Firenze Firenze, 1895, pp. 7
^La notte successiva alla sua morte, alcuni artisti realizzano un'ara lignea alta cinque metri, con alla sommità una statua rappresentante il dolore della città di Modena per la perdita dell'illustre concittadino
^ Graziella Martinelli Braglia, Giovanni Muzzioli (1854-1894): il vero, la storia e la finzione, Allemandi.