Hệ thống phân loại cá là một hệ thống gồm các cấp phân loại từ thấp đến cao để phân loại các loài cá, ở các hệ thống phân loại cá hiện nay, ngoài các cấp phân loại chính, còn có thể gặp các cấp phân loại phụ.
Những chỉ tiêu hình thái thường được dùng trong phân loại cá: