Từ năm 1987 đến năm 1990, Giám đốc Bảo tàng Hồ Chí Minh, Đại biểu Quốc hội nước Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam khóa VIII (1987-1992).
Ngày 19 tháng 5 năm 1990, khi công trình được cắt băng khánh thành buổi sáng thì buổi chiều đồng chí Vũ Kỳ viết đơn xin thôi vai trò lãnh đạo, tự nguyện từ chức Giám đốc Bảo tàng Hồ Chí Minh để dành thời gian nghiên cứu về thân thế và sự nghiệp của Hồ Chí Minh.
Ngày 28 tháng 8 năm 1945, Vũ Kỳ được Trần Đăng Ninh dẫn đến ngôi nhà 48 Hàng Ngang - Hà Nội để nhận nhiệm vụ giúp việc Chủ tịch Hồ Chí Minh, và từ đó trở thành Thư ký thân cận cho đến khi Chủ tịch Hồ Chí Minh qua đời vào ngày 2 tháng 9 năm 1969.
Ông là người đã chứng kiến Chủ tịch Hồ Chí Minh viết Di chúc và được tin cẩn giao cho giữ di chúc này từ năm 1965 cho tới năm 1969.