Първият мач в Джей Лигата се изиграва на 15 май 1993 г. и противопоставя отборите на бъдещия шампион Верди Кавазаки (сега Токио Верди) и Йокохама Маринос (сега Йокохама Ф. Маринос). Футболът бързо набира популярност в Япония и се нарежда до най-обичаните спортове – сумо, бейзбол и голф. Отборите привличат мнозина известни и вече преминали пиковия момент на кариерата си футболисти като Христо Стоичков, Зико, Драган Стойкович и др. Националната телевизия излъчва на живо по един мач на кръг, а стадионите започват да се пълнят. През 1994 г. е постигната рекордната средна посещаемост – 19 598 зрители.
Бумът на Джей Лигата обаче крае твърде кратко, като още през 1996 г. посещаемостта започва да спада. Според някои спадът в интереса към лигата се дължи на добавянето на нови осем отбора в периода 1994 – 1998 г. Отборите продължават да плащат високи заплати на чуждестранните си звезди, а заради финансовата криза в страната много от спонсорите се оттеглят. Така например се стига до сливането на два градски съперника – Йокохама Маринос и Йокохама Флюгелс, като Флюгелс престава да съществува, а новият отбор приема името Йокохама Ф. Маринос.
Ръководството на Лигата решава да вземе мерки и излиза с две нови идеи. Първата е Стогодишният план, според който до стотното издание на Джей Лигата през 2092 г. в страната трябва да съществуват сто професионални отбора. Освен това отборите са окуражени да участват и в други видове спорт, както и да се опитват да намерят местни спонсори и да развиват отношенията си с местната власт, местни компании и граждани. Така те ще могат да разчитат на местните, а не на национални спонсори. Втората промяна е свързана с начина на провеждане на първенството. Основана е Джей Лига Дивизия 2 с девет отбора от Японската футболна лига и един от Джей Лига Дивизия 1. Промени настъпват и във формата – при равенство в редовното време следват продължения със златен гол и дузпи, а от 1999 г. са премахнати дузпите, а през 2003 г. – и продълженията, като е въведена системата за точкуване с три, една и нула точки за победа, равенство и загуба. През 2005 г. е премахната и системата на провеждане на шампионата, състояща се от две първенства на година, като шампионът се определя в мач между шампионите в двата от тях (подобно на турнирите Апертура и Клаусура в Южна Америка); шампионатът вече се състои от мачове на разменено гостуване в рамките на една календарна година.
Важни моменти от развитието на Джей Лига Дивизия 1
Въведена е точковата система – за победа се присъждат три точки, за загуба след изпълнение на дузпи – една точка и за загуба в редовното време – 0 точки.
Върнат е форматът на провеждане с две първенства за една година.
Променена е точковата система – три точки за победа в редовното време, две точки за победа в продълженията, една точка за победа след изпълнения на дузпи и нула точки за загуба.
Прието е създаването на Джей Лига Дивизия 2 от следващия сезон. В резултат на това в края на първенството се провежда турнир с участието на най-слабите четири отбора от Джей Лигата за изминалите два сезона и Кавазаки Фронтале, като последните две места заемат Кавазаки Фронтале и Консадоле Сапоро и затова следващия сезон те участват в Дивизия 2. По този начин Консадоле Сапоро става първият отбор, отпаднал от Джей Лига Дивизия 1.
Йокохама Маринос и Йокохама Флюгелс се обединяват по името Йокохама Ф. Маринос.
Сформирана е Джей Лига Дивизия 2 с десет отбора.
Премахнато е изпълнението на дузпи при равенство след продълженията, правилото за златен гол остава.
Променена е точковата система – три точки за победа в редовното време, две точки за победа в продълженията, една точка за равенство и нула точки за загуба.